[[Datei:Alexander muss gehen.jpg|thumb|Martok schickt Alexander von seinem Schiff.]]

Nachdem er Captain Sisko und seine Crew von einem Planeten abgeholt hat, setzt er Kurs auf [[Sternenbasis 375]]. Dort erhält er einige neue Crewmitglieder, darunter Worfs Sohn [[Alexander Rozhenko]]. Anschließend wird er nach [[Donatu V]] befohlen, um dort [[Konvoi]]s gegen Angriffe der Jem'Hadar zu sichern. Es gelingt der ''Rotarran'' zwei Jem'Hadar-Angriffsjäger zu zerstören und den Konvoi sicher zu eskortieren. Nachdem Alexander in der Messe mit [[Ch'Targh]] aneinander gerät, kommt es zu einem Messerkampf, den Worf jedoch unterbindet. Martok ist darüber nicht glücklich, denn Ch'Targh hätte Alexander nicht ernsthaft verletzt und wird so nicht von der Crew akzeptiert werden. Er spricht auch mit Alexander und will wissen, wieso er auf dem Schiff ist. Sofort erwidert Alexander, dass er dem Klingonischen Reich dienen will. Doch Martok akzeptiert das nicht, da dies nur ein Slogan ist. Der General will vielmehr wissen, was er in seinem Herzen fühlt. Anstatt eine Antwort zu geben, fragt Alexander, ob Martok jedem neuen Crewmitglied diese Frage stellt. Der entgegnet, dass das nicht nötig ist, da er in ihren Gesichtern sieht, dass sie klingonische Krieger sind und dem Ruf des Kahless antworten. Alexander versichert, dass das bei ihm auch der Fall ist. Doch Martok nimmt ihm das nicht ab und erklärt, dass Alexander zwar sich selbst belügen kann, aber nicht ihn. Er ist sich sicher, dass er nicht den Ruf des Kriegers hört. Dann stellt der General erneut die Frage, weshalb Alexander auf dem Schiff ist. Doch der Junge entgegnet, dass er es lieber nicht sagen will, da es eine Privatangelegenheit ist. Enttäuscht erklärt Martok, dass der Junge genauso verschlossen ist, wie sein Vater. Wütend erwidert Alexander, dass das nicht wahr ist. Martok würgt die Diskussion sofort ab und erklärt, dass es zwischen ihm und seinem Vater nur einen Unterschied gibt, dass er Worf braucht und auf Alexander verzichten kann. Doch der Junge entgegnet, dass er nur eine Chance will, um sich zu beweisen. Darauf entgegnet Martok, dass er die Chance gerade hatte und dabei versagte. Dann teilt er Alexander mit, dass Worf darum gebeten hat, dass der Junge auf ein anderes Schiff versetzt wird. Außer sich vor Wut entgegnet Alexander, dass er dazu kein Recht hatte. Doch Martok stellt klar, dass er jedes Recht hat, sowohl als vorgesetzter Offizier als auch als sein Vater. Dann erklärt er dem Jungen, dass er um 23:17 Uhr auf die ''Par'tok'' gebeamt wird. Nachdem dies geklärt ist, fordert Martok Alexander auf, zu gehen und zu packen. Nachdem sich Worf und Alexander doch noch ausgesprochen haben, nimmt Martok Alexander in sein Haus auf. ({{DS9|Söhne und Töchter}})

Martok hat während des Dominion-Krieges das [[Kommando]] über die [[IKS Rotarran|IKS ''Rotarran'']] und die [[9. Flotte]]. Im Laufe des Krieges kann er viele Erfolge in [[Schlacht]]en erzielen und ist im ganzen Reich ein geachteter [[Krieger]]. Dies missfällt jedoch Gowron, der daraufhin Martok in immer ausweglosere Schlachten schickt, aus denen er jedoch trotzdem noch siegreich hervorgeht. Als Worf daraufhin Gowrons Handlungen kritisiert und damit seine [[Ehre]] in Frage stellt, wird Gowron von Worf in einem [[Duell]] [[Tod|getötet]]. Martok wird schließlich zum Kanzler des Reichs ernannt, da Worf auf die Kanzlerwürde – welche ihm zustehen würde – verzichtet. ({{DS9|Kampf mit allen Mitteln}})