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Als die ''Voyager'' von fremden Schiffen angegriffen wird, ruft er Janeway auf die Brücke. Später stellt er fest, dass Geräte von dem Schiff gebeamt wurden. Nachdem sich die Angreifer zurückziehen, fordert er Schadensberichte von allen Decks an. Nachdem Neelix und Paris auf einem Planeten Teile ihrer gestohlenen Ausrüstung entdecken und den Händler an Bord bringen, befragt Chakotay diesen. Als er den Namen von [[Tau]], der ihm die Waren verkaufte, preisgibt, lässt Chakotay ihn mit diesen Waren gehen. Später leitet er die Rettungsaktion für Captain Janeway, die von Tau enttarnt wurde. Janeway gelingt es den Hauptcomputer zu markieren, sodass er hochgebeamt werden kann. Anschließend leitet er eine Rettungsaktion für Janeway ein, die erfolgreich durchgeführt wird. ({{VOY|Apropos fliegen}})
Chakotay begibt sich mit Neelix und Tom Paris auf eine Außenmission, um Protomaterie zu sammeln. Beim Versuch diese an Bord zu beamen, wird Neelix getötet und Chakotay fliegt das Shuttle zum Schiff zurück. Anschließend ist er auf der Krankenstation anwesend, als der Doktor Neelix' Tod feststellt. Jedoch kann Seven of Nine ihn mithilfe ihres Borg-Wissens reanimieren. Gemeinsam mit Paris und Torres entwickelt er anschließend ein Verfahren um die Protomaterie sicher an Bord beamen zu können. Zur Sicherheit führt er eine Simulation auf dem Holodeck durch. Dabei erkennt er, dass der Transporterstrahl eine Feedbackschleife erzeugte, die das Plasma entzündete. Am Ende der Simulation offenbart ihm Neelix, dass er im Leben nach dem Tod nicht im wundervollen Wald war, an den er glaubte. Später will Neelix meditieren, um Antworten auf seine Fragen zu erhalten. Daher begibt er sich mit Neelix auf Visionensuche. Er möchte diese Visionen mit Neelix weiter auswerten. Dieser lehnt es jedoch ab und versucht sich zu töten, indem er sich in den Nebel beamt. Chakotay begibt sich daraufhin in den Transporterraum und versucht Neelix zu überzeugen, sich nicht umzubringen. ({{VOY|Leben nach dem Tod}})
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