Änderungen
→Delta-Quadrant
{{alt| Als Janeway und Paris in einer Subraumspalte gefangen werden, leitet Chakotay die Rettungsversuche von der ''Voyager'' aus. Später begleitet er das Außenteam, um Janeway und Paris zu retten. Jedoch wird dies von Janeway vereitelt, um die planetare Katastrophe zu verhindern. ({{VOY|Subraumspalten}})}}
Bald darauf leitet er ein [[Außenteam]], dass vermeintliche [[Dilithium]]-Lagerstätten auf einem Planeten untersucht. Nachdem Neelix von einem Vidiianer angegriffen wird, lässt er das Außenteam auf die Krankenstation beamen und assistiert dem Doktor bei der Rettung von Neelix. Während Janeway das Außenteam leitet, welches Neelix' Lungen sucht, kommandiert er die ''Voyager''. Er informiert Janeway darüber, dass der Fremde von der Oberfläche mit einem Raumschiff geflohen ist und nicht mit dem [[Traktorstrahl]] aufgehalten werden konnte. ({{VOY|Transplantationen}})
Auch wenn er nicht immer dieselbe Meinung wie [[Captain]] [[Kathryn Janeway|Janeway]] hat, wird er im Laufe der Zeit zum engsten Vertrauten des Captains.