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Er wächst in einer [[Kolonie]] nahe der [[Cardassianische Union|cardassianischen Grenze]] auf, wo auch andere Mitglieder seines [[Stamm]]es, des [[Kautschukbaumvolk]]es, leben. ({{VOY|Tattoo}})
Als Junge kümmert er sich um seinen [[~/Person/VOY/5x19/1|Großvater]], der unter [[Halluzination]]en leidet, welche durch einen [[DNA|Gen]]defekt ausgelöst sind. Der Gendefekt kann bei Chakotay noch vor seiner [[Geburt]] unterdrückt werden, später jedoch wird er von Wesen aktiviert, die versuchen, mit der [[USS Voyager|USS ''Voyager'']] in [[Erstkontakt|Kontakt]] zu treten. ({{VOY|Der Fight}})
Er regt sich als [[Kind]] oft darüber auf, dass sein Stamm sich nicht wie andere Stämme an das [[24. Jahrhundert]] anpasst. Sein Vater, der die alten Traditionen seines [[Volk]]es pflegt, ist darüber sehr enttäuscht. ({{VOY|Tattoo}})