Es gibt einige Unklarheiten bezüglich Chakotays [[Dienstgrad]] auf der ''Voyager''. Sein provisorisches Dienstgradabzeichen ähnelt dem eines regulären [[Lieutenant Commander]]s, und tatsächlich gibt es andere Belege dafür<!--z.B. B'Elanna Torres-->, dass die provisorischen Abzeichen der Maquis dem regulären System nachempfunden sind. Der Dienstgrad würde auch mit seinem letzten regulären Sternenflottendienstgrad übereinstimmen. Tatsächlich gibt Chakotay selbst seinen Dienstgrad in {{e|In Fleisch und Blut}} jedoch ausdrücklich mit [[Commander]] an, und es gibt auch keine einzige Gelegenheit während der ganzen Serie, bei der Chakotay als Lieutenant Commander angesprochen oder vorgestellt wird oder sich selbst als solcher vorstellt. Auch im Serienvorspann erscheint er in den ersten drei Staffeln als <q>Commander Chakotay</q> (später entfällt der Dienstgrad), allerdings werden im Vorspann auch Torres und Paris jeweils als <q>Lieutenant</q> bezeichnet.

Chakotay gibt in {{e|Die Kooperative}} an Vegetarier zu sein. Neelix bestätigt dies in {{e|Arbeiterschaft, Teil I}}. In {{e|Menschliche Fehler}} jedoch serviert eine holographische Nachbildung von ihm [[Seven of Nine]] ein gebratenes Hühnchen.