Als Junge kümmerte er sich um seinen Großvater, der unter durch einen [[Gen]]defekt ausgelöste Halluzinationen litt. Der Gendefekt konnte bei Chakotay noch vor seiner Geburt unterdrückt werden, später jedoch wurde er von Wesen aktiviert, die versuchten, mit der ''Voyager'' in Kontakt zu treten (''[[VOY]]: "[[Der Fight]]"'').

Er regte sich als Kind oft darüber auf, dass sein Stamm sich nicht wie andere Stämme an das [[24. Jahrhundert]] anpasste(''[[VOY]]: "[[Tattoo]]"'').