Im Delta-Quadranten mussten seine Crew und die der [[USS Voyager|''Voyager'']] nicht zuletzt aufgrund wegen hoher Verluste an Menschenleben menschenleben und der Zerstörung des Marquisschiffes durch die Kollosion mit dem Kazon-Kreuzer, zusammenarbeiten., um einen Weg zurück in den [[Alpha-Quadrant]]en zu finden.

Chakotay willigte ein, dass seine Crew auf der ''Voyager'' dienen soll, eine andere Wahl hatte er kaum. Er selbst bekam den [[Rang]] [[Lieutenant Commander]] (wurde jedoch, wie in der Sternenflotte üblich, nur mit "Commander" angeredet) und wurde [[erster Offizier]] auf der Voyager.Nach anfänglichen Schwierigkeitn der beiden Parteien, arbeiteten sie im Laufe der Zeit gut zusammen, manche heirateten sogar: [[Tom Paris]] mund [[B'llana Torres]].