Nach dem Ende von ''Deep Space Nine'' war er 1999 noch kurzzeitig für {{S|VOY}} tätig, jedoch beendete er seine Arbeit nach nur zwei Folgen. Grund dafür war ein Zerwürfnis mit seinem langjährigen Kollegen [[Brannon Braga]], da er sich nicht genug in den kreativen Prozess eingebunden fühlte. Eine Besserung der Beziehung zwischen den beiden setzte erst wieder nach dem Ende von Voyager ein. Moore verließ das [[Star-Trek-Franchise|''Star-Trek''-Franchise]] und widmete sich anderen Projekten.