Kurz darauf entdeckt die Crew der ''Enterprise'' einen Planeten, welcher von Menschen bewohnt wird. Diese sind im [[19. Jahrhundert]] von einer Rasse namens [[Skagaraner]]n entführt worden und wurden als Sklaven gehalten. Mittlerweile haben sie jedoch die Kontrolle über den Planeten übernommen und unterdrücken die verbleibenden Skagaraner. Die gesellschaftlichen Gegebenheiten jedoch sind vergleichbar mit Zuständen im [[Wilder Westen|wilden Westen]]. Nachdem Archer mit einem Außenteam den Planeten erkundet hat, nimmt er offiziellen Kontakt mit diesen Menschen auf, da Archer meint das , dass diese Menschen ein Recht haben zu erfahren , woher sie stammen. Archer will sich auch für den Schutz der nun unterdrückten Skagaraner einsetzen. Er kann aber die Menschen nicht zu Erde bringen, da die ''Enterprise'' noch immer nach der Waffe der Xindi sucht. Archer verspricht aber Sheriff [[MacReady]], dass die Menschen den Siedlern helfen werden. ({{ENT|Faustrecht}})

Einige Zeit später versucht Tucker mit einigen Verbesserungen am Antrieb, die Leistung des Warpantriebs zu erhöhen. Doch dabei kommt es zu einer Überladung des Antriebs und Tucker wird dabei schwer verletzt. Da Archer ihn für die Mission benötigt, lässt er mit Hilfe von Phlox aus einer [[Biomimetische Lebensform|biomimetischen Lebensform]] einen [[Klon]] des Commanders züchten, um das geschädigte [[Gehirn|Hirngewebe]] zu ersetzen. Dieser bekommt den Namen [[Sim]] und entwickelt sich in kürzester Zeit von einem [[Baby|Säugling]] zu einem Erwachsenen. Zu der Zeit sitzt die ''Enterprise'' in einem Feld fest, in dem sich [[Nukleonisches Partikel]] an der Hülle der ''Enterprise'' sammeln und die ''Enterprise'' ist flugunfähig. Während seiner Entwicklung kommt Sim auf die Idee , mit den beiden Fähren die ''Enterprise'' aus dem Feld hinaus zu ziehen. Da die Zeit knapp wird , ist Sim bereit , die Fähre zu fliegen, doch Archer ist dagegen. Reed und Mayweather steuern darauf die Fähren und ziehen damit die ''Enterprise'' aus dem Feld heraus. Später stellt sich heraus, das Sim die Operation nicht überleben wird. Archer ist gezwungen , Sims Leben zu opfern, um Tuckers Leben zu retten. Nach Sims Tod veranstaltet Archer eine [[Gedenkfeier]] für ihn. ({{ENT|Ebenbild}})

Zur selben Zeit lassen sich die reptilianischen Xindi zu der biologischen Waffe nichts vom Rat diktieren. Durch die Sphärenbauer gelangt eine Gruppe Reptilianer auf die Erde des Jahres [[2004]]. In einem Lagerhaus in der [[Carpenter Street]] in [[Chicago]] sammeln sie über einen menschlichen Mitarbeiter namens [[Loomis (21. Jahrhundert)|Loomis]] die nötigen Informationen, da sie alle [[Blutgruppe]]n der Menschen benötigen. Im [[31. Jahrhundert]] wird dies entdeckt und [[Daniels (Crewman)|Daniels]] informiert Archer darüber. Daniels bringt darauf Archer und T'Pol in die Vergangenheit, damit diese die Xindi finden. Die beiden finden heraus, dass Loomis für die Reptilianer arbeitet und ihnen die Opfer beschafft. Die beiden können Loomis in Gewahrsam nehmen und so erfahren die beiden , wo sich die Xindi befinden. Es gelingt Archer, die Xindi zu überwältigen, jedoch können zwei von ihnen mit der Biowaffe entkommen. Als Loomis auf sich aufmerksam macht, betäubt T'Pol ihn. Es gelingt den beiden, die anderen Xindi zu töten und die Entwicklung der Biowaffe zu stoppen. Mit Hilfe von Daniels reisen beide ins 22. Jahrhundert zurück und nehmen sämtliches Material und die Xindi-Leichname mit. Unterdessen wird im [[21. Jahrhundert]] der bewusstlose Loomis von der [[Polizei]] verhaftet. ({{ENT|Carpenter Street}})

In einer alternativen Zeitlinie wird die ''Enterprise'' von einer Anomalie getroffen. Der Captain bringt T'Pol in Sicherheit, aber er wird von der Anomalie erfasst. Er wacht darauf in der Krankenstation auf, wo Phlox ihm mitteilt, dass er von einem unbekannten Erreger infiziert worden ist. Dieser Erreger existiert außerhalb der Zeit und der Doktor findet kein Heilmittel dagegen. Durch den Virus wird Archers Kurzzeitgedächtnis gelöscht. Da Archer nicht mehr in der Lage ist , die ''Enterprise'' zu kommandieren, ernennt die Sternenflotte T'Pol zum neuen Captain des Schiffes. Bei einem Angriff der Xindi wird die ''Enterprise'' durch eine Fehlentscheidung T'Pols schwer beschädigt. Die Crew ist nun nicht mehr in der Lage, die Xindi aufzuhalten. Diese vernichten mit ihrer Superwaffe die Erde, den [[Mars]], [[Alpha Centauri]] und die [[Vega-Kolonie]]. Alle Kolonien der Menschen werden ausgelöscht. Weniger als 6000 Menschen überleben diese Auslöschung durch die Xindi. Die letzten überlebenden Menschen fliegen nach [[Ceti Alpha V]], um sich dort eine neue Heimat fernab der Xindi zu erschaffen. Die ''Enterprise'' und weitere Schiffe der Sternenflotten bewachen vom Orbit aus den Planeten.

[[2165]] besucht Phlox den Planeten, er erklärt, dass er ein Heilmittel gegen den Erreger von Archers Krankheit gefunden hat. Die Drei begeben sich darauf an Bord der ''Enterprise''. Phlox benötigt die Energie aus dem [[Warpreaktor]] , um Archer zu heilen. Die ersten Tests verlaufen erfolgreich. Er stellt fest, dass sich die Erreger nicht nur in der Gegenwart auflösen, sondern auch in der Vergangenheit. T'Pol sieht darin eine Möglichkeit , die Geschichte zu verändern. Als der Doktor gerade anfangen will, greifen die Xindi an und beschädigen die ''Enterprise'' schwer. Die einzige Möglichkeit, die Erreger zu vernichten, besteht nun darin, die [[Selbstzerstörung]] des Schiffes zu aktivieren. Bei der Überladung des Warpkerns werden Phlox und T'Pol von den Xindi getötet. Im letzten Moment gelingt es dem schwer verletzten Archer, die Vernichtung durchzuführen. Die Energiemengen bei dieser Explosion vernichten die Erreger aus der Geschichte, damit wird auch diese alternative Zeitlinie aufgelöst. ({{ENT|Dämmerung}})

Die Gefahr ist zwar gebannt, jedoch ruft die Krise eine neue Welle der [[Xenophobie|fremdenfeindlichen]] Bewegung hervor. Diese allgemeine Stimmung richtet sich dabei nicht speziell gegen die Xindi, sondern allgemein gegen Außerirdische , aber auch gegen diejenigen, die man für die Probleme mit ihnen verantwortlich macht – die Sternenflotte. Dabei scheint allerdings die Gewalt kaum eine Rolle zu spielen, lediglich vereinzelte Kneipenschlägereien flammen hier und da auf. Der Rest beschränkt sich auf Demonstrationen, welche aber bald rückläufig scheinen. ({{ENT|Zuhause}})