[[2258]] erhält die Sternenflotte einen Notruf von [[Vulkan (Neue Zeitlinie)|Vulkan]]. Die Sternenflotte schickt darauf eine Flotte von Schiffen, darunter auch die USS ''Enterprise'' (NCC-1701) unter dem Kommando von [[Captain]] [[Christopher Pike (Neue Zeitlinie)|Christopher Pike]] nach Vulkan, um den Notruf nachzugehen. Der [[Romulaner]] [[Nero]] greift dort den Planeten an und vernichtet mit seinem Schiff, der [[Narada|''Narada'']], die ankommende Flotte. Nur die Enterprise bleibt vorerst von Nero verschont. Nero will sich an der Föderation und vor allem an [[Spock]] rächen, da er diesen für die Vernichtung seiner Heimatwelt [[Romulus]] verantwortlich macht. Mit Hilfe von [[Rote Materie|roter Materie]] erzeugt Nero im Kern des Planeten ein [[schwarzes Loch]] und lässt den Planeten Vulkan implodieren. Nachdem Vulkan vernichtet ist, plant Nero das selbe mit der Erde, da er sich nun an der Menschheit rächen will. Nero greift darauf die Erde mit der ''Narada'' an und will ein Loch in den Planetenkern bohren. Doch [[James T. Kirk (Neue Zeitlinie)|James T. Kirk]] und der [[Spock (Neue Zeitlinie)|junge Spock]] können Nero aufhalten. Bevor Nero seine Pläne in die Tat umsetzt kann, wird die ''Narada'' mit Hilfe eines weiteren mit roter Materie erzeugten schwarzen Lochs vernichtet werden. Für die Rettung der Erde wird Kirk ausgezeichnet und zum neuen Captain der ''Enterprise'' ernannt. ({{Film|11}})

Nach der Zerstörung von Vulkan beginnt die [[Sternenflotte]] damit, verstärkt unbekannte Regionen außerhalb des Föderationsraumes zu erkunden. Bei einer dieser Erkundungsreisen wird die [[SS Botany Bay|SS ''Botany Bay'']] mitsamt [[Khan Noonien Singh (Neue Zeitlinie)|Khan Noonien Singh]] und seiner Besatzung gefunden. [[Admiral]] [[Alexander Marcus]], der Oberbefehlshaber der Sternenflotte, lässt Khan aufwecken. Sein Plan ist es, Khans überlegenen Fähigkeiten zu nutzen, um für die Sternenflotte neue [[Waffe]]n zu entwickeln, denn ein [[Krieg]] mit dem [[Klingonisches Reich|klingonischen Imperium]] steht kurz bevor. Admiral Marcus zwingt Khan zur Zusammenarbeit, indem er ihm droht, den Rest seiner Mannschaft zu töten. Er gibt Khan den [[Deckname]]n <q>John Harrison</q> und teilt ihn [[Sektion 31]] zu, einer geheimen Abteilung der Sternenflotte. Doch Khan will seine Anhänger befreien und um dies zu veranlassen verursacht dieser einen [[Anschlag]] auf das [[Kelvin Gedenkarchiv]] in [[London]] bei dem das Archiv zerstört wird. Da sich nun alle ranghohen Offiziere im [[Sternenflottenhauptquartier|Hauptquartier der Sternenflotte]] versammeln, verübt Khan einen weiteren Anschlag auf des Hauptquartier, wo viele Offiziere, darunter auch Pike ums Leben kommen. Von Marcus bekommt Kirk den Auftrag Khan aufzuspüren und zu töten. Als Kirk Khan einfängt, erfährt dieser die Wahrheit von Khan über Marcus Pläne. Da Kirk Khan nicht getötet hat, will Marcus Kirk und Khan mitsamt der ''Enterprise'' vernichten. Mit der [[USS Vengeance|USS ''Vengeance'']] greift Marcus die ''Enterprise'' an und beschädigt diese schwer. Später gelingt es Khan im [[Orbit]] der Erde die Kontrolle über ''Vengeance'' zu erlangen und Marcus zu töten. Doch Khan will auch Kirk und die ''Enterprise'' vernichten und darauf die Herrschaft über die Erde übernehmen. Doch es gelingt der ''Enterprise'' die ''Vengeance'' zu zerstören, allerdings stürzt das Schiff in [[San Francisco]] ab und richtet dort schwere Schäden an. Nach den Ereignis werden Khan und seine Anhänger in [[Stasis]] versetzt, damit diese keine Schaden mehr anrichten können. ({{Film|12}})