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Zur Vorbereitung einer Außenmission auf einem [[Vissianisches Raumschiff|vissianischen Schiff]] impft er Commander Tucker. Dabei erklärt er ihm, wie die [[Fortpflanzung]] mit drei [[Geschlecht]]ern funktionieren könnte. ({{ENT|Cogenitor}})
Nachdem man den Auftrag erhält, den von Aliens entführten Transporter ''[[Arctic One]]'' abzufangen, zieht Reed Dr. Phlox zu Rate, da die Entführer offenbar [[Borg|Aliens]] sind, die ihre Körper mit kybernetischen Implantaten verbessert haben. Als Reed meint, dass er sich Technologie nur außerhalb seines Körpers vorstellen kann, fragt ihn Phlox Phloxm ob er nicht wollen würde, dass sein Herz durch ein künstliches Organ ersetzt wird, wenn er andernfalls sterben würde. Während der Behandlung der Tarkaleaner, werden diese plötzlich zu Borg-Drohnen und greifen Phlox an. Dabei wird er mit Nanosonden infiziert und beginnt an einem Gegenmittel zu arbeiten. Schließlich gelingt es ihm , die Nanosonden durch eine starke Bestrahlung mit [[Omicronstrahlung]] abzutöten. Während er mit dem [[Borg-Kollektiv|Gruppenbewusstsein]] verbunden ist, hört er immer wieder eine numerische Sequenz, die er an T'Pol weitergibt und die sich als Wegbeschreibung zur Erde entpuppt. ({{ENT|Regeneration}})
Phlox ruft T'Pol auf die Krankenstation. Als sie eintrifft, ist er gerade dabei, seine Haustiere zu füttern. Er berichtet der Vulkanierin, dass Tucker die von ihr erlernte Neuropressur bei [[Amanda Cole]] angewendet hat. Nun klagt diese über leichte Kopfschmerzen und Phlox vermutet, dass diese von einem Fehler Tuckers bei der Neuropressur herrühren könnten. Er bittet T'Pol mit dem Commander darüber zu sprechen, damit ist sie einverstanden. Als er jedoch vorschlägt, sie könnte versuchen seine Fehler rückgängig zu machen, verlässt sie wortlos die Krankenstation. Später behandelt er den Fremden, der an Bord gebracht wird, kann jedoch nicht viel für ihn tun. Er hält den Fremden bewusstlos, da dieser große Schmerzen hat und ist nicht sehr einverstanden damit, dass der Captain trotzdem unbedingt mit ihm sprechen will. Kurze Zeit später macht sich der Alien auf und will die Enterprise zerstören, dazu betäubt er Phlox nach kurzem Kampf mit einem Hypospray. Nachdem der Fremde gestoppt wurde, kann der Arzt nichts mehr für ihn tun, und er stirbt. ({{ENT|Der Vorbote}})