[[2373]] erfolgt der zweite Versuch, die Erde zu assimilieren, den die Borg-Königin persönlich begleitet. Durch die [[Erfahrung]]en von Picard und dem Einsatz der Flotte kann der Kubus in der [[Borgangriff (2373)|Schlacht]] im [[Orbit]] der Erde zerstört werden. Die Borg-Königin kann der Zerstörung in einer [[Borg-Sphäre|Sphäre]] entkommen und führt eine [[Zeitreise]] ins Jahr [[2063]] durch, um so den [[Erstkontakt zwischen Menschen und Vulkaniern]] zu verhindern. In dieser Zeit ist die Erde durch die Folgen des [[Dritter Weltkrieg|dritten Weltkriegs]] zu geschwächt ist, um den Borg ernsthaften Widerstand zu leisten. Die [[USS Enterprise (NCC-1701-E)|USS ''Enterprise''-E]] kann der Sphäre durch den erzeugten [[Zeitwirbel]] folgen und diese dann zerstören. Kurz zuvor gelangt die Königin unbemerkt gemeinsam mit einer unbekannten Zahl von Borg-Drohnen auf die ''Enterprise'' und kann diese daraufhin teilweise assimilieren. Nachdem die ''Enterprise'' [[Evakuierung|evakuiert]] wurde, versucht Picard, den zuvor von den Borg gefangen genommenen Data aus dem [[Maschinenraum|Hauptmaschinenraum]] zu befreien. Was die Borg-Königin zuvor mit Picard versucht hat, will sie nun mit Data vollziehen – er soll ihr neuer Gleichgestellter werden. Dieser ist aber nur für <q>0,68 Sekunden</q> versucht, ihr Angebot anzunehmen. Letztlich wird die Borg-Königin auch bei ihrem zweiten Versuch, die Erde zu assimilieren besiegt und zunächst durch [[Plasmakühlmittel]] ihrer organischen Komponenten beraubt und dann durch Picard getötet, indem er ihr [[Rückgrat]] zerbricht. ({{Film|8}})

Die [[USS Voyager|USS ''Voyager'']] trifft [[2375]] im [[Delta-Quadrant]]en erneut auf die Borg-Königin. Nachdem ein Versuch der [[Liste von Crewmitgliedern der USS Voyager|Crew]] der ''Voyager'', eine [[Transwarpspule]] zu erbeuten, zunächst erfolgreich ist, mus muss [[Seven of Nine]] zurückgelassen werden. Sie wird zu [[Unimatrix 01]] gebracht, wo Seven auf die Borg-Königin trifft. Entgegen Sevens Erwartungen wird sie nicht reassimiliert, vielmehr klärt sie die Borg-Königin darüber auf, dass sie absichtlich auf die ''Voyager'' geschickt worden sei, um mehr von den Menschen zu lernen. Dies soll ihr bei einem erneuten Versuch, die Erde zu assimilieren, helfen. Sie versucht, Seven davon zu überzeigen, selbstständig in das Kollektiv zurückzukehren. Es gelingt Seven jedoch mit Hilfe der Crew der ''Voyager'' zu fliehen. ({{VOY|Das ungewisse Dunkel, Teil I|Das ungewisse Dunkel, Teil II}})

Nachdem Janeway, Tuvok und Torres assimiliert wurden, stellt die Königin fest, dass sie die drei nicht hören kann und sucht nach der Ursache. Sie kann zunehmend Kontakt mit Tuvok aufnehmen, bis dieser ihre Befehle befolgt. Es gelingt Torres und Janeway aufzuhalten, jedoch haben diese das Virus bereits freigesetzt und die Königin verliert Stimmen. Sie fragt eine Drohne, weshalb sie sich vom High-Bewusstsein getrennt hat. Diese greift die Königin an, wird jedoch durch ein Kraftfeld aufgehalten und abgeführt. Sie spricht daraufhin mit Janeway und verlangt deren Kooperation. Um diese zu erzwingen, zerstört sie einige Borgschiffe mit abtrünnigen Drohnen. Jedoch lässt sich Janeway davon nicht beeindrucken. Die Königin begibt sich selbst nach Unimatrix Zero, um sich ein Bild von dieser Welt zu machen. Nach ihrer Rückkehr berichtet sie Janeway, dass sie nicht versteht, wie man eine wilde Umgebung der Perfektion der Borg vorziehen kann. Sie hält es für eine irrelevante Simulation. Anschließend droht sie Janeway damit, ihr Nanovirus, dass das modifiziert wurde, freizusetzen, um die mutierten Drohnen zu vernichten. Sie setzt dieses Virus in Unimatrix Zero frei und zerstört diese dadurch. Janeway übermittelt der ''Voyager'' daraufhin eine Nachricht, in der sie Chakotay und Seven of Nine eine verschlüsselte Botschaft übermittelt, die Interlinkfrequenz von Unimatrix Zero zu unterbrechen. Nachdem es gelingt, das Nanovirus freizusetzen und abtrünnige Drohnen eine Borg-Sphäre übernehmen, greift die ''Voyager'' mit einer abtrünnigen Borg-Sphäre den Kubus an und befreit das Außenteam. Als die Königin sieht, dass ihr Kubus die Schlacht verliert, löst sie dessen [[Selbstzerstörung]] aus. ({{VOY|Unimatrix Zero, Teil II}})

In den Romanen [[Heldentod]] und [[Ferne Ufer]] wird ein Royal-Protokoll erwähnt, dass das die Bildung einer neuen Borgkönigin initiertinitiiert, wenn die vorrige vorige zerstört wird, oder man außer Reichweite des großen Kollektives ist.