Die ''Enterprise'' entdeckt einige Wochen später das führerlose Schwesterschiff [[USS Defiant (NCC-1764)|USS ''Defiant'']]. Als sie wenig später an Bord gehen, entdecken sie, dass sich die gesamte Besatzung gegenseitig umgebracht hat. Nachdem die ''Defiant'' per [[Interphase]] in ein unbekanntes [[Spiegeluniversum|Paralleluniversum]] abdriftet, kann sich Captain Kirk nicht mehr rechtzeitig hinüberbeamen. Da kurze Zeit später auch noch die [[Tholianer]] aufgrund der Grenzüberschreitung der ''Enterprise'' in das Geschehen eingreifen, kann Kirk erst in letzter Sekunde von der ''Defiant'' geholt werden, bevor das Schwesterschiff für immer verschwindet. ({{TOS|Das Spinnennetz}})

Wenig später entdeckt die ''Enterprise'' ein gigantisches Raumschiff mit dem Aussehen eines Asteroiden, der mit einem bewohnten Planeten zu kollidieren droht. Um dies zu verhindern, beamen Kirk, Spock und McCoy auf das Objekt, wo sie [[Natira]] treffen, die sich als Hohepriesterin des von ihren Vorfahren erbauten Asteroiden-Raumschiffes [[Yonada]] vorstellt. McCoy, der an einer unheilbaren Krankheit leidet, möchte sich mit Natira vermählen und seine noch verbleibende Zeit mit ihr verbringen. Nach der Heirat zeigt Natira dem Doktor das [[Buch des Wissens]], welches McCoy als Bedienungsanleitung des Raumschiffes erkennt. Mithilfe des Buches bringen Kirk und Spock das Schiff wieder auf seinen ursprünglichen Kurs und entdecken ein Heilmittel für McCoy. Nach seoiner Genesung kehrt der Doktor an Bord der ''Enterprise'' zurück. Natira, die wegen der Pflichten an ihrer Kultur auf dem Raumschiff bleibt, möchte nun ihrem Volk beim Aufbau einer neuen Heimat helfen. ({{TOS|Der verirrte Planet}})

Bald darauf erhält die ''Enterprise'' einen [[Notruf]] von einer [[Kolonie]] auf dem [[Planet]]en [[Beta XII-A]]. Dort ist aber von der Kolonie keine Spur mehr übrig. Man macht die Klingonen, welche sich mit ihren Schiff in der Nähe aufhalten, dafür verantwortlich. Die Klingonen nehmen das Außenteam als Geisel und beamen mit ihnen an Bord der ''Enterprise''. An Bord werden die Klingonen wieder überwältigt und eingesperrt. Plötzlich verschwinden die Phaser und es erscheinen überall [[Schwert]]er. Die Klingonen kommen frei und es kommt überall zu Kämpfen an Bord. In Wirklichkeit ist ein fremdes Wesen für die Kämpfe und den Hass an Bord verantwortlich. Das Wesen kann besiegt werden, nachdem Menschen und Klingonen sich verbündeten und lernten einander zu vertrauen. ({{TOS|Das Gleichgewicht der Kräfte}})

Im selben Jahr versucht eine Gruppe von [[Scalosianer]] die ''Enterprise'' zu übernehmen. Die Scalosianer bewegen sich in einer beschleunigten Zeit. Sie bewegen sich so schnell, dass man sie nicht sehen kann. Kirk und Spock können die Scalosianer aber aufhalten. ({{TOS|Was summt denn da?}})

Kirk und sein Außenteam beamen auf einen unbekannten Planeten. Plötzlich taucht aus dem Nichts eine Frau auf und die ''Enterprise'' wird viele Lichtjahre entfernt weg geschleudert. Die ''Enterprise'' fliegt zurück zum Planeten, um das Außenteam zu retten. In der Zwischenzeit erscheint wieder die Frau und sabotiert den Antrieb. Es droht ein [[Warpkernbruch]]. [[Scotty]] muss in eine [[Jefferies-Röhre]] kriechen und den magnetischen Fluss mit einer [[Elektromagnetismus|elektromagnetischen]] Sonde unterbrechen. Im letzten Moment schafft er es und die ''Enterprise'' ist gerettet. Kurz darauf erreicht die ''Enterprise'' wieder den Planeten. ({{TOS|Gefährliche Planetengirls}})