Einige Wochen später empfiehlt T'Pol dem Captain nach [[Risa]] zu reisen, damit sich die Crew dort erholen kann. Als sie jedoch Tucker darauf in einem [[Hawaiihemd]] sieht, hält sie dieses Kleidungstück Kleidungsstück nicht angebracht für Risa. Archer lässt Kurs auf den Urlaubsplaneten setzen, als er unerwartet eine Nachricht von Admiral Forrest erhält. Die ''Enterprise'' bekommt den Auftrag, die vulkanische Botschafterin [[V'Lar]] vom Planeten [[Mazar]] zur [[Sh'Raan|''Sh'Raan'']] zu eskortieren. Diese ist auf den Planeten in Ungnade gefallen. T'Pol ist sehr enttäuscht, dass das Idol ihrer Jugend in einer Mission versagt hat. Plötzlich wird die ''Enterprise'' von einigen [[Mazarit]]en angegriffen, kann jedoch entkommen. Angesichts der Gefahr, die seinem Schiff droht, will Archer von V'Lar die [[Wahrheit]] über ihre Mission wissen. Da sie jedoch schweigt und Archer seine Crew nicht weiter in Gefahr bringen will, kehrt die ''Enterprise'' nach Mazar zurück. Erst als T'Pol mit V'Lar spricht, erklärt diese ihr die Wahrheit. Im darauf folgenden Gespräch mit Archer überzeugt der Subcommander ihn davon, der Botschafterin zu vertrauen. Er hört schließlich auf den Rat seines Ersten Offiziers und ändert den Kurs in Richtung ''Sh'Raan''. Inzwischen wird die ''Enterprise'' von drei [[Mazaritisches Kriegsschiff|mazaritischen Kriegsschiffen]] verfolgt und angegriffen. Es stellt sich heraus, dass V'Lar nicht in Ungnade gefallen ist, sondern das dies nur ein Trick gewesen ist, damit sie den Planeten schnellst möglich verlassen kann. In Wirklichkeit soll sie gegen [[Korruption|korrupte]] [[Verbrecher]] auf Mazar [[aussage]]n. Nachdem die ''Enterprise'' das vulkanische Schiff erreicht, stellen die Kriegsschiffe keine Bedrohung mehr dar und das Leben der Botschafterin ist gerettet. Auf dem Weg zur Luftschleuse unterhält sich T'Pol mit V'Lar, welche eine feste Bindung zwischen ihr und Archer feststellt, eine Beziehung, welche auf [[Freund]]schaft und Respekt basiert. ({{ENT|Gefallene Heldin}})

Durch diese Datenbank erhält Archer Informationen über einen Planeten, auf dem sich vor kurzem einige Xindi befunden haben. Archer, T'Pol, Reed und Sato erforschen diesen Planeten. Plötzlich mutiert die [[DNS]] des Außenteams. Alle mit Ausnahme vom Subcommander werden durch einen Virus in eine andere Spezies, genannt [[Loque'eque]], umgewandelt. Auch T'Pol wird von dieser Umwandlung betroffen, jedoch ist die Mutation bei ihr nicht so umfassend. T'Pol behält, entgegen dem Rest des Teams, die Kontrolle über sich. Sie wird von den drei mutierten Offizieren angegriffen und verliert das BewußtseinBewusstsein. Als sie wieder zu sich kommt, bemerkt T'Pol, dass sie gefesselt ist. T'Pol kann Archer davon überzeugen, sie frei zu lassen und erklärt ihm ,dass sie auf die ''Enterprise'' zurück müssen. Aber Archer versteht dies nicht, da die drei an einen Ort namens [[Urquat]] hin wollen. Die drei mutierten Offiziere zwingen T'Pol, mit zu kommen. Plötzlich kommt Tucker mit einigen Macos in Raumanzügen auf die Planetenoberfläche und entführt Reed und bringt ihn zurück auf die ''Enterprise''. Da T'Pol gegen diesen Virus fast immun zu sein scheint, versucht Phlox mit Hilfe ihrer DNS ein Heilmittel zu finden. Plötzlich taucht ein fremdes Schiff auf und ihr Kommandant [[Tret]] warnt die ''Enterprise'' vor dem Virus auf der Planetenoberfläche und das sie jeden Infizierten töten. Tret und ein Außenteam wollen T'Pol und die mutierten Offiziere töten, damit sich der Virus nicht ausbreitet. Es kommt zu einem Kampf und die drei werden schließlich von den Fremden umstellt. Doch im letzten Moment beamen Tucker und einige MACOs auf die Planetenoberfläche und bringen die Offiziere an Bord der ''Enterprise''. Mit dem von Phlox entwickelten Heilmittel wird das infizierte Außenteam geheilt und Captain Archer übergibt das Heilmittel auch Tret. ({{ENT|Transformation}})

T'Pol versucht mit einem modifizierten [[Deflektor]]strahl die [[Sphäre 41]] zu vernichten, aber die Sphärenbauer haben bereits begonnen, den Raum und die Sphäre zu transformieren, so dass diese für [[Humanoid]]e tödlich ist. Phlox entwickelt einen [[Impfstoff]], welcher die Crew für 15 Minuten innerhalb der Anomalie schützt. Der Subcommander befiehlt, das Schiff in die Anomalie hineinzufliegen hinein zu fliegen und den Deflektorstrahl zu aktivieren. Durch die Auswirkungen des veränderten Raums beginnt sich die [[Haut]] der Crew zu verändern. Vor allem T'Pol ist davon betroffen. Einige Sphärenbauer beginnen die ''Enterprise'' anzugreifen, jedoch gelingt es dieser im letzten Moment, die Sphäre zu vernichten. Durch die Explosion der Sphäre wird eine Kettenreaktion ausgelöst, welche das gesamte Sphärennetzwerk zerstört. Dadurch werden die Sphärenbauer gezwungen, in ihr Transdimensionales Reich zurückzukehren. Die Delphische Ausdehnung beginnt sich wieder in den normalen Weltraum zurück zu verwandeln. Auch Archer hat mit seiner Mission Erfolg. Es gelingt ihm, die Superwaffe zu vernichten. Da er nicht von dieser Mission zurückkehrt, wird er für tot erklärt. Zum Dank bringen die Xindi die ''Enterprise'' zurück zur Erde. Dort angekommen, antwortet aber niemand. ({{ENT|Stunde Null}})

Es stellt sich heraus, dass die ''Enterprise'' durch den Einfluss von Daniels in das Jahr [[1944]] zurückversetzt worden ist. Dort angekommen, ist aber nichts so, wie es in den Geschichtsbüchern vermerkt ist. Daniels ist deformiert und sein Körper befindet sich in unterschiedlichen zeitlichen Stadien. Kurz bevor Daniels stirbt, berichter berichtet er T'Pol, dass eine Rasse namens [[Na'kuhl]] hat die Zeitlinie so manipuliert, dass die Nazis den [[Zweiter Weltkrieg|Zweiten Weltkrieg]] gewinnen. Daniels hat die ''Enterprise'' und auch den vermissten Archer in diese Zeit zurück gebracht, um [[Vosk]] den Anführer der Na'kuhl aufzuhalten. Dem Captain gelingt es von der Erde aus, Kontakt mit der ''Enterprise'' aufzunehmen. Die Crew, allen voran T'Pol ist erstaunt, dass er noch lebt. Es gelingt Archer zusammen mit dem ebenfalls zurückgereisten Suliban Silik, die Na'kuhl aufzuhalten. Zur selben Zeit kämpt kämpft die ''Enterprise'' unter dem Kommando von T'Pol gegen einige von den Na'kuhl aufgerüsteten [[Stuka-Bomber]]n. Doch T'Pol gelingt, es diese und die Plasmakanone mit der ''Enterprise'' zu vernichten. Nach dem Sieg und der Vernichtung der Na'kuhl stellt sich die [[Zeitlinie]] selbst wieder her. Es stellt sich heraus, dass die veränderte Zeitlinie durch das Eingreifen Captain Archers verhindert werden konnte und Daniels teilt Captain Archer mit, dass der temporale kalte Krieg nun beendet ist. Die ''Enterprise'' wird zurück ins 22. Jahrhundert versetzt. Dort angekommen, wird das Schiff von einer ganzen [[Flotte]] Erdenschiffe empfangen. ({{ENT|Sturmfront, Teil I|Sturmfront, Teil II}})