Auf dem Planeten [[Planet]]en [[Niburu ]] droht ein [[Vulkan ]] jegliches Leben zu vernichten. Um dieses zu verhindern will die [[Liste von Crewmitgliedern der USS Enterprise (Neue Zeitlinie)|Crew der ''Enterprise '']] den Vulkan zum erlöschen Erlöschen bringen. Während sich das [[Raumschiff|Schiff ]] mitten in einem [[Ozean ]] verbirgt, taucht [[Spock (Neue Zeitlinie)|Spock ]] verborgen durch eine Aschewolke [[Asche]]wolke in den Vulkan ein um die [[Lava ]] mittels eines technischen Gerätes zum erstarren Erstarren zu bringen. Unterdessen müssen [[James Tiberius Kirk (Neue Zeitlinie)|James Kirk ]] und [[Leonard McCoy (Neue Zeitlinie)|Leonard McCoy]] vor den Einwohnern fliehen, da sie von ihnen als Fremde enttarnt wurden. Sie springen über eine Klippe und tauchen direkt in die [[Luftschleuße ]] der ''Enterprise''. Auf der [[Kommandobrücke ]] müssen sie aber erfahren , dass sie Spock aufgrund von Störungen , die der Vulkan verursacht , nicht mehr an Bord holen können. Der einzige Weg wäre mit dem Schiff aufzutauchen und direkt in den Vulkan zu steuern um Spock an Board [[beamen ]] zu können. Dies würde aber direkt gegen die [[oberste Direktive ]] verstoßen, da es einen direkten Einfluss auf die Bevölkerung hätte , wenn sie ein hochentwickeltes Raumschiff sehen würden. Spock beharrt auf der Einhaltung der obersten Direktive und berkräftigt seine Meinung mit den Worten: "die <q>Die Bedürfnisse der Vielen sind wichtiger als die Bedürfnisse der Wenigen." </q> Kirk entschließt sich dennoch mit dem Schiff aus dem [[Wasser ]] aufzutauchen und seinem [[Erster Offizier|ersten Offizier ]] das Leben zu retten. Der [[Plan ]] gelingt: die von Spock entworfene [[Bombe ]] explodiert, der Vulkan erlischt und Spock kann rechtzeitig herraus gebeamt herausgebeamt werden. Das ganze Ganze hat jedoch eine dramatische Folge: die technisch komplett völlig unterentwickelten Ureinwohner bekommen die Enterprise zu sehen und verehren sie vortan als Gottheit[[Gott]]heit.

Zur selben Zeit auf der [[Erde(Neue Zeitlinie)|Erde]]: ein [[Sternenflottenoffizier begiebt ]] begibt sich ins [[Krankenhaus ]] zum [[Bett ]] seiner unheilbarkranken unheilbar [[Krankheit|kranken]] Tochter. Er und seine [[Ehe|Frau ]] haben die Hoffnung bereits aufgegeben. Plötzlich taucht ein mysteriöser Mann auf und verspricht ihm zu helfen. Wenig später bekommt er ein Paket in welchem sich ein [[Ring ]] der Sternenflotte und eine Ampulle mit [[Blut ]] befinden. Nachdem das Blut dem Kind verabreicht wurde, verbessert sich plötzlich sein Zustand. Kurz darauf betritt der Offizier ein Archiv der Sternenflotte in [[London]], begiebt begibt sich zu einem Terminal, nimmt den Ring , den er erhalten hatte hat und lässt ihn in ein [[Glas ]] Wasser fallen. Daraufhin kommt es zu einer schweren Explosion , die die ganze [[Stadt ]] erschüttert.

Im [[Sternenflottenhauptquartier|Hauptquartier der Sternenflotte ]] bekommen Spock und Kirk von [[Admiral ]] [[Christopher Pike (Neue Zeitlinie)|Pike]] eine safitige saftige [[Moralpredigt ]], weil sie die oberste Direktive schon allein damit verletzt haben indem , dass sie die Bewohner des Planeten Niburu vor dem Untergang gerettet haben, obwohl sie den Planeten nur beobachten hätten sollen. Besonders James Kirk muss sich den Vorwurf gefallen lassen, die Konsequenzen seiner Handlungen zu ignorieren. Als Zur [[Strafe ]] wird Spock auf ein anderes Schiff [[Versetzung|versetzt ]] und Kirk soll zurück an die [[Sternenflottenakademie|Akademie]]. Restlos [[Depression|depremiert ]] zieht sich Kirk in eine [[Bar ]] zurück um seinen Frust durch [[Alkohol ]] und [[Sex|Frauen ]] zu erleichtern. Da stößt Pike zu ihm um ihm zu versichern , dass er immer noch fest an ihm glaube und sich für ihn vor dem [[Sternenflottenkommando|Oberkommando der Sternenflotte eingesetz hat]] eingesetzt habe, sodass Kirk als erster Offizier unter Pike auf der ''Enterprise '' bleiben darf. In dem Moment bekommt Pike die Nachricht dass eine Sitzung der obersten Offiziere der Flotte einberaumt wurde.

Unter der Leitung von Admiral [[Alexander Marcus |Marcus]] soll über das Vorgehen nach dem [[Terroranschlag ]] in London beraten werden. Marcus muss zugeben , dass der [[Attentat|Attentäter]], ein Mann nammes [[John Harrison]], einer der besten Agenten [[Agent]]en der Sternenflotte war. Kirk meldet sich als erster Offizier unter Christopher Pike zu Wort, da er nicht versteht, warum ein einfaches Archiv zerstört wurde. Als ihm laut der Gedanke kommt, dass das [[Protokol ]] vorsieht , dass sich nach so einem Anschlag alle Offiziere an einem bestimmten Ort treffen sollen, erscheint hinter ihnen ein kleines Schiff und eröffnet das Feuer. Hinter dem Steuer sitz Harrison. Kirk gelingt es , das Schiff zum [[Absturz ]] zu bringen , doch Harrison schafft es , sich rechtzeitig wegbeamen zu lassen. Unter den Opfern dieses Anschlages ist auch Admiral Pike. Kurz vor seinem Tod gelingt es Spock noch mittels [[Gedankenverschmelzung ]] seine letzten Gedanken zu erfahren. Kirk ist schockiert über den [[Tod ]] seines Mentors [[Mentor]]s und will [[Rache ]] nehmen. Durch [[Montgomery Scott (Neue Zeitlinie)|Scotty ]] erfährt er , dass sich Harrison mittels der von ihm aufgestellten [[Transwarpgleichung ]] nach [[Kronos (Neue Zeitlinie)|Kronos]] beamen konnte, der [[Klingone|klingonischen ]] [[Heimatwelt]]. Kirk bittet Admiral Marcus um die Erlaubnis , Harrison verfolgen und ausschalten zu vefolgen und auszuschaltendürfen. Dazu möchte er umbedingt Spock wieder als seinen ersten Offizier haben. Der Admiral gesteht Kirk , dass Harrson kein Archiv sondern eine geheime Basis einer Organisation der Sternenflotte namens [[Sektion 31 ]] zerstört habe. Marcus, der glaubt , dass ein Krieg mit den Klingonen überfällig ist, gibt Kirk die Erlaubnis und obendrein noch 72 spezielle Torpedos[[Torpedo]]s, mit denen Kirk Harrison vom [[Orbit|Planetenorbit ]] aus beschießen soll.