Kirk erkennt durch eine einen Besuch von Spocks Vater [[Sarek]], dass Spock vor seinem Tod sein Katra, seinen Geist, in McCoy übertragen hat und nur sein Körper gestorben ist. Sarek macht Kirk klar,dass Spock gerettet werden kann , wenn McCoy und Spocks Körper nach Vulkan gebracht werden um dort den Körper mit seinem Katra wieder zu vereinen. Kirk bietet bittet die Sternenflotte mit der ''Enterprise'' und McCoy nach Genesis zu fliegen, bekommt jedoch eine Absage. Er beschließt daraufhin McCoy zu "entführen" und die Enterprise heimlich aus dem Raumdock zu fliegen. Unterstützt wird der er dabei von Captain [[Montgomery Scott|Scott]],der die Excelsior, die versucht die Enterprise zu stoppen, flugunfähig macht,[[Uhura]],[[Hikaru Sulu]],[[Pavel Chekov]] und McCoy. Sie fliehen mit der notdürftig geflickten ''Enterprise'' aus dem Raumdock in Richtung Genesis.

Kruge hat währenddessen David, Saavik und Spock gefangen genommen und will das Geheimnis von Genesis erfahren. Als die Enterprise im Genesis-[[Sektor]] eintrifft, wird sie vom klingonischen Schiff überrascht und funktionsunfähig geschossen. Kruge verdeutlicht seine Forderung die Genesis-Unterlagen zu wollen, indem er David,Kirks Sohn umbringt. Geschockt von der Nachricht und dem Zustand beschließt er Kirk einen Hinterhalt. Er bietet Kruge die Kapitulation an, der daraufhin Entertruppen auf die Enterprise schickt. Die ist jedoch leer, da Kirk sich auf den Planeten gebeamt hat und vorher die Selbstzerstörung aktiviert hat. Die Enterprise explodiert samt Klingonen und stürzt über Genesis ab. Auf Genesis, der nun kurz vor der Zerstörung steht, kann Kirk Kruge davon überzeugen seine Crew und Saavik auf das klingonische Schiff zu beamen.Danach kommt es zum Kampf zwischen Kruge und Kirk. Kirk kann Kruge besiegen und zusammen mit Spocks Körper im letzten Augenblick Genesis verlassen, bevor der Planet explodiert. Kirk fliegt mit Spock und dem Rest der Crew auf dem gekaperten klingonischen Schiff nach [[Vulkan]] , um die Vereinigungszeremonie von Spocks Körper und Geist durchführen zu lassen. Auf dem Berg Seleya wird schließlich Spocks Katra aus McCoy entfernt und auf Spocks Körper übertragen. Am Ende ist die E''nterprise'' Besatzung wieder komplett vereinigt und ist bereit zur Erde zurück zu kehren.