Aus der kniffligen komplizierten Situation heraus kommt es anschließend zum Zweikampf zwischen Kirk und David Marcus, aus dem Kirk mehr oder weniger als Sieger hervorgeht. Allerdings hat weder Kirk zu diesem Zeitpunkt eine Ahnung, dass es sich um seinen mittlerweile herangewachsenen Sohn handelt, noch hat dieser eine Ahnung, um wen es sich bei Admiral Kirk wirklich handelt, ehe seine Mutter dazwischen geht und beide aufklärt. Der Umstand, dass David ohnehin keine sehr hohe Meinung von der Sternenflotte, allen voran aber Kirk als Sinnbild derer besitzt, hat, und Kirk Carols Wunsch damals ''(sich nicht einzumischen und fern zu halten)'' nachgekommen ist, ist der angespannten Situation auch nicht wirklich dienlich. Beide müssen sich erst einmal über verschiedene Aspekte ihrer Beziehung klar werden, ehe sie sich vielleicht akzeptieren können. Resultierend daraus agiert David auch höchst gereizt, wann immer ihm sein Vater gegenübersteht. Doch zum Verschnaufen bleibt auch jetzt keine Zeit. Neuerlich bahnt sich eine weitere Krise an, als Kirk erneut mit seinem alten Feind konfrontiert wird. Und dieser scheint diesmal sogar den Haupttreffer zu landen, ohne das es James verhindern kann.

Es dauert nicht lange und allen ist klar, dass Chekov und Terrell unter fremdem Einfluss stehen müssen. Und wer würde sich da eher anbieten als Khan, welcher sich kaum eine Sekunde später via Kommunikator auch schon bei den beiden Sternenflottenoffizieren meldet und seinen Stolz ihnen gegenüber ausdrückt, das Genesis-Projekt inkl. James Kirk nun endlich unmittelbar vor Augen zu haben. Terrell übermittelt Khan die Koordinaten zum Transport, worauf Khan sogleich das gesamte Genesis -Projektil an Bord beamen lässt.

Als Khan schlussendlich den Befehl gibt, Kirk zu töten, zögert Terrell, hin- und hergerissen zwischen seiner Loyalität als Sternenflottenoffizier und der suggestiven Kontrolle des Augments. Als er keinen Ausweg mehr sieht sich gegen den Einfluss des Ceti -Aals zu wehren, richtet Terrell den Phaser gegen sich selbst und drückt ab. Chekov hingegen bricht zusammen. Der zu Hilfe eilenden Mannschaft enthüllt sich Furchtbares. Aus Chekovs Ohr kriecht die inzwischen herangewachsene Larve des Ceti -Aals, die Khan ihm vor kurzem einsetzte – da sie eine potenzielle Gefahr für die Menschen zu sein scheint, tötet Kirk sie mit einem Phaserschuss, während Dr. McCoy sich um Chekov kümmert. In Kirk staut sich unterdessen eine ähnlich feindselige Grundstimmung gegen Khan auf, wie dessen Zorn auf ihn. Kirk greift sich wutentbrannt einen Kommunikator und lässt seinem Frust freien Lauf in der Hoffnung, Khan soweit provozieren zu können, dass sich dieser auf eine persönliche Konfrontation mit ihm einlässt. Doch dieser bleibt angesichts der Tatsache, dass Kirk immer noch lebt, relativ gelassen, auch wenn James alles daran setzt ihn weiter zu provozieren. <q>Ich habe etwas Schlimmeres getan als dich zu töten - ich habe dich verletzt, und ich werde es wieder tun, dich verletzen - ausgesetzt auf einem nackten Planeten - begraben, lebendig begraben!</q>

Obgleich Kirk, schäumend vor Wut, noch lebt, bleibt Khan immer noch am Drücker! . Und es bereitet ihm sichtlich Genugtuung. Dies würde Kirks Strafe sein, dasselbe Schicksal zu erleiden wie einst er selbst!

Nachdem sich McCoy um den bewusstlosen Chekov gekümmert hat, bleibt allen nur die Möglichkeit zu warten, um vielleicht doch noch gerettet zu werden, stets im Hinterkopf, was der Augment im nächsten Augenblick mit der Genesis-"Waffe" anzurichten vermag. Da sich James, nun wieder die Ruhe in Person, entgegen der üblichen Vorstellung zur Bewältigung einer Krise etwas hungrig zeigt, wird er von Carol in die Genesis-Höhle gebracht, welche mit Abschluss der zweiten Stufe des Projektes entstanden ist. Die Höhle gleicht einem wahren Paradies, wo es alles gibt, was man zum Überleben so benötigt.

Die angespannte Zeit des Wartens nutzen alle unterschiedlich auf ihre ganz eigene Weise: Saavik lässt aufgrund der Tatsache, dass sie sich nun aus ihrer Sicht in einer ausweglosen Situation befinden, der ''Kobayashi Maru''-Test nicht los. Von Kirk will sie erneut wissen, wie es ihm als einzigem Kadetten bisher gelungen ist , den Test zu gewinnen und gleichzeitig noch eine Auszeichnung für originelles Denken zu erhalten. Kirk eröffnet ihr nach einigen Ausweichversuchen schließlich die näheren Umstände, welche zu seinem „Triumph“ geführt haben: Indem er die Simulation so umprogrammierte, dass es möglich war , das Schiff zu retten. Saavik wirkt etwas verärgert und fügt noch hinzu, dass er sich so der tatsächlichen Situation nie gestellt hätte. <q>Ich glaube nun mal nicht an ausweglose Situationen!</q> kontert Kirk mit einem Augenzwinkern. Im selben Moment meldet sich zu aller Überraschung auch Spock und übermittelt Kirk den neuesten Statusbericht.

Auf dieser werden die Reparaturen mittlerweile abgeschlossen, so dass man sich nun endgültig der wehrlosen ''Enterprise'' entledigen will – jedoch ist das Schiff nicht mehr an der Raumstation, sondern auf der entgegengesetzten Seite von [[Regula 1]]. Auch wenn die Crew das Schiff wieder einigermaßen flott machen konnte, sieht es weiterhin schlecht aus – die ''Reliant'' ist noch immer im Vorteil. Vor allem aber ist sie noch schneller und kampfstärker. Um diese Vorteile wett zu machen, lässt Kirk Kurs auf den nahe gelegenen [[Mutara-Nebel]] nehmen, in dem sowohl Schilde, als auch [[Sensor]]en nutzlos sind. So will er für Chancengleichheit sorgen und Khans überlegenden überlegenen Intellekt überlisten, indem er dort, wo es auf Strategie, Taktik und Erfahrung ankommt, punkten kann.