Während Captain Spock und Ingeneur Ingenieur Scotty notdürftige Reparaturen an der USS Enterprise veranlassen, beamen Kirk und McCoy mit einem Außenteam auf die Raumstation Regula 1, die um einen toten Planetoiden kreist, aber verlassen ist - abgesehen von den letzten anwesenden Vertretern der Reliant-Crew, unter anderem Pavel Chekov. Die letzten Transporter-Daten der Station weisen darauf hin, dass sich einige Forscher in das Innere des naheliegenden Mondes retten konnten, bevor Khan die Station auf der Suche nach dem Genesis-Projektil auseinandernahm. Sie beamen ebenfalls hinunter und finden dort Dr. Marcus samt Sohn - der Sohn von Admiral Kirk, der ebenfalls am Genesis-Projekt beteiligt ist.

Da Khan die letzten Mannschaftsmitglieder der Reliant durch verabreichte Hirnparasiten kontrolliert, erfährt er, wo sich das Genesis-Projektil befindet und beamt es zu sich auf die Reliant. Kirk und Mannschaft kehren daraufhin zur Enterprise zurück, die noch immer unter schweren Schäden leidet und nur bedingt einsatzfähig ist. Dennoch ist die Konfrontation mit Khan unausweichlich. Um die Chancen anzugleichen, fliegt die Enterprise in den nahegelegenen Mutara-Nebel, in dem Schutzschilde und Sensoren faktisch nutzlos sind. Dort kommt es nach einigen taktischen Manövern zum letzten Feuergefecht zwischen Reliant und Enterprise. Beide tragen erhebliche Verlusste Verluste und starke Schäden davon. Scotty muss sogar den Warp-Antrieb der Enterprise deaktivieren.