James Kirk erkennt die potentielle Gefahr welche von einer "scheinbar" nicht autorisierten Nutzung des Projekts ausgeht und reagiert sofort. Auch wenn die Nachricht von Carol Marcus nur schwer verständlich und deutlich unvollständig war, so informiert er besorgt das Sternenflottenkommando um weitere Instruktionen bezüglich der weiteren Strategie einzuholen. Von höchster Stelle wird ihm sogleich der Auftrag erteilt die notwendigen Schritte einzuleiten um das Projekt zu sichern sowie die Hintergründe über diesen besorgniserregenden Funkspruch in Erfahrung zu bringen. Trotz Kirks berechtigter Einwände, nur eine Schiffsladung Kinder an Bord zu haben, beordert das Sternenflottenkommando die Enterprise als nächstgelegenes Schiff nach Regula 1.Nach einem Gespräch kurzen Informationsgespräch mit seinem alten Freund Spock übernimmt über die neue Ausgangslage bietet ihm dieser völlig unverhofft sein altes Kommando wieder an mit der Begründung das laut Sternenflottenorder im tatsächlichen Einsatz der ranghöhere Offizier das Kommando zu übernehmen hat. Kirk allerdings,etwas verloren in seiner neuen Aufgabe, winkt sogleich ab und bittet Spock lediglich ihn nach Regula zu bringen damit er nach dem Rechten sehen kann. Spock allerdings bleibt hartnäckig, wohl wissend über Kirks derzeitiges Dilemma. ''"Aber Jim, sie verkennen völlig die Ausgangslage, ich bin Vulkanier, ich habe kein Ego das man kränken kann - wenn ich so anmaßend sein darf, es war ein Fehler von ihnen die Beförderung zu akzeptieren, das Kommando über ein Raumschiff ist ihre eigentliche Bestimmung, alles andere ist Verschwendung von Material!"'' Langsam sieht auch James ein das Schiff sein alter Freund diesbezüglich gar nicht so unrecht hat und lässt Kurs auf [[Regula]] setzenakzeptiert schließlich ein weiteres Mal das Kommando seiner Enterprise zu übernehmen.Da Auf der Brücke eingetroffen staunen die dort Anwesenden nicht schlecht als plötzlich Kirk aus dem Lift steigt, sie kurz und bündig über den Kommandowechsel und die Crew allerdings noch sehr jung Notsituation informiert und unerfahren mit gewohntem Elan beginnt Befehle zu erteilen.Auf dem Flug nach Regula beginnt inzwischen das große Rätselraten um die bevorstehenden Ereignisse. Vor allem Kirk erscheint doch etwas nervös zu sein. ''"Genesis weggeben hat sie gesagt, aber wem geben Spock?"'' Doch Spock fehlen einfach die nötigen Fakten um darauf eine klare Antwort parat zu haben.'' "Es würde meiner Analyse helfen wenn ich wüßte was Genesis überhaupt ist, weiht Kirk zumindest und zwar mehr als in der Bibel steht!"'' James nickt als ihm klar wird das er alleine, lediglich mit einer erfahrenen Rumpfcrew ausgestattet ohnehin nicht viel ausrichten wird können. Also genehmigt er in seinem Quartier für Spock und McCoy in das Projekt „Genesis“ eindie Offenlegung des Projektes trotz des äußerst geheimen Hintergrunds. Letzterer Während sich die drei Offiziere nun die Hintergrundinformationen von Genesis ansehen zeigt sich im anschließenden Gespräch vor allem Dr. McCoy tief bestürzt über die Entwicklung eines solchen Projekts. Vor allem weist er auf die Gefahr hin, das in falschen Händen eine solches Unterfangen apokalyptische Ausmaße annehmen könnte.

Wenig später wird die ''Enterprise'' auf ihrem Kurs nach Regula plötzlich von der ''Reliant'' abgefangen. Zunächst herrscht Rätselraten über Mission und Kurs des Schiffes sowie die, auch nach mehrmaligen Versuchen, nicht zustande kommende Kommunikation. Über Subraum erhält die Crew der ''Enterprise'' die Meldung der ''Reliant'' das unter anderem ihr Kommunikationssystem defekt sei, das sie empfangen aber nicht senden können. Spocks diesbezüglicher Test verläuft allerdings negativ. Da man weiterhin im sicheren Glauben ist, dass das Schiff sei ungefährlich sei, gelingt Khan leitet Kirk sicherheitshalber "nur" den gelben Alarm ein Überraschungsangriff, bei ohne das Schiff auf einen etwaigen Kampf vorzubereiten. Auf der ''Reliant'', inzwischen bereits unter dem Kommando Kahns, registriert man die fehlende Kampfbereitschaft der ''Enterprise'' schwere Schäden einstecken mussdurchaus mit Wohlwollen. Als sich beide Schiffe immer näher kommen, lässt Kahn plötzlich die Schutzschirme entfalten und aktiviert seine Bordwaffen. Als man auf der Brücke der ''Enterprise'' dies bemerkt und geeignete Verteidigungsparameter setzten will, ist es allerdings schon zu spät. Kahn richtet seine Waffen aus und feuert auf strategisch wichtige Punkte um Kirks Schiff mit nur einem Schlag lahm zu legen! Die ''Enterprise'', diesem heimtückische Angriff schon fast hilflos ausgeliefert, ohne nennenswerte Gegenwehr, versucht noch auszuweichen, wird allerdings von der Wucht des Angriffes schwer getroffen. Der Antrieb ist ausgefallen, die eben etablierten Schirme verlieren Integrität, die Außenhülle ist schwer in Mitleidenschaft gezogen, der Notstrom ist zerstört und das Schiff verliert Energie. Das einzige was der Besatzung noch bleibt ist der Hilfsstrom, mit dem man aber nicht entkommen kann. Doch damit nicht genug. Die ''Reliant'' wendet und bereit einen weiteren Angriff vor. Auf der ''Enterprise'' wird es unterdessen hektisch. ''"Verdammt wer sind die?"'' Die Besatzung um Kirk hat inzwischen alle Hände voll zu tun um das Schiff einigermaßen stabil zu halten. Doch selbst Kirk steht der unmittelbaren Vernichtung etwas hilflos gegenüber, zumal sein Schiff ja nicht gerade in Höchstform ist.Gerade als man denkt, dass der Gegner zum finalen Schlag ausholt, verlangt dieser nach einer Kapitulation. Kirk, und als in Ermangelung einer besseren Lösung stimmt dieser zu. Als ein Kanal geöffnet wirdund auf dem Bildschirm der diabolisch grinsende Kahn erscheint staunt die Crew nicht schlecht. Vor allem Kirk ist überrascht Kahn nach so vielen Jahren wieder zu sehen. Vor allem da man ja bisher annahm das er tot wäre!Kirk reagiert verständlicher Weise sauer als Kahn die Kapitulationsverhandlungen eröffnet und im gleichen Atemzug Kirks Tod sowie alle Informationen bezüglich des Genesis Projektes fordert. Da die Enterprise schwer beschädigt im All treibt und Kirk im Augenblick keine Alternative parat hat geht er auf Kahns Forderung ein, allerdings mit einem listigen Hintergedanken. James erreicht auf Grund der schweren Beschädigungen des Schiffes eine zwei minütige Frist um die geforderten Informationen aus der Speicherbank zu laden.In diesen Augenblicken lässt sich auch das blinde Verständnis zwischen Spock und Kirk wieder erkennen als sie, stets von Kahn beobachtet, tief in ihre Trickkiste greifen. Vor allem Saavik ist etwas erstaunt über die Crew nicht gerade regel konforme Intervention der beiden Offiziere, welche es auf die Leitziffer ''Enterprise(Prefix Code)'' mehr als überrascht, als sich Khan zeigt und darüber hinaus noch alle Daten über das Projekt Genesis verlangtdes feindlichen Sternenflottenschiffes abgesehen haben. In Gegen Ende der zwei minütigen Frist gelingt es Spock so, welcher zum Schein und zum Unwissen Kahns die Genesisdaten zu überspielen scheint, mit dem [[Prefix-Code]] eine vorübergehende Teilkontrolle der ''Reliant'' zu erlangen und ihre Schilde zu senken, damit die geschwächte ''Enterprise'' zum Gegenschlag ausholen kann. Die angeschlagene Sulu, inzwischen die Phaser ausgerichtet feuert eine komplette Salve auf die ''Reliant'' und beschädigt sie ähnlich schwer wie vorerst die Enterprise. Kahn muss gezwungener Maßen, von Tobsuchtsanfällen gebeutelt, vorerst das Weite suchen. Allerdings besitzt er trotz allem noch einen Vorteil. Die ''Reliant'' ist von Kirks Gegenschlag weit nicht so beschädigt worden wie die ''Enterprise'' zuvor.Die Freude über den errungenen Sieg währt jedoch nicht lange: Nicht nur dass das Schiff bei weitem nicht kampftauglich ist, auch der Antrieb funktioniert nur minimal. Zu allem Überfluß kommt auch Scotty kommt noch blutüberströmt mit seinem schwer verletzten Neffen auf die Brücke – welcher später auf der Krankenstation, auf der sich die Verletzten schon stapeln, verstirbt dieser. Dieser Verlust trifft den Chefingenieur hart. Auch die anwehsenden Dr. McCoy und James Kirk leiden mit Scotty und zeigen sich ebenfalls tief bestürzt. Allerdings , so hart es klingt ist keine Zeit fürs Trauern – der Warpantrieb ist ausgefallenAntrieb muss repariert werden, da das Schiff immer noch wie auf dem Präsentierteller sitzt.

Als die ''Enterprise'' dann schließlich ''Regula 1'' erreichtist für Kirk klar sogleich runter zu beamen und nach den Wissenschaftlern, und vor allem nach Genesis zu sehen. Doch Lieutanant Saavik bremst Kirk, erinnert den Admiral daran das er sich laut Vorschrift, nun als Flaggoffizier, nur in Begleitung einer bewaffneten Eskorte auf unbekanntes Terrain begeben darf. ''"Die Vorschrift kenne ich gar nicht - also schön Lieutanant, kommen sie mit!"''Im weiteren Verlauf bietet sich dem [[Landetrupp]] nun bestehend aus Kirk, McCoy und Saavik ein Anblick des Grauens. Khan war tatsächlich vor ihnen an Bord auf der Station und hat den größten Teil der Wissenschaftler gefoltert bis sie starben, um sich des Genesis-Projekts zu bemächtigen. Auf Doch der Großteil der Station Expedition fehlt. Auch von Dr. Marcus ist keine Spur zu entdecken. Im Rahmen der Untersuchung findet man auch allerdings ''(die mit voller Absicht Kahns dort platzierten)'' Chekov und Terrell – eingesperrt in einem Container. Die beiden berichten Kirk welch Grausamkeiten Kahn an diesen Menschen vollzogen hat um an Genesis zu kommen, das er Kreaturen in ihre Körper trieb um das Gehirn zu kontrollieren und das er ihn für den Tod seiner Frau verantwortlich macht. ''"Ich weiß was er von mir will!"'' Die Offiziere hören zwar alles was Chekov und Terrell sagen, interpretieren es allerdings mehr als Schockzustand. Das nun so verstärkte Team verfolgt nun energisch die Spuren der überlebenden Forscher, die offenbar den [[Transporter|Stationstransporter]] benutzt haben, um zu entkommen. Das Merkwürdige daran ist allerdings, dass die eingestellten [[Koordinaten]] in dem Planeten liegen.Um die Crew der ''Enterprise'' über das weitere Vorgehen zu informieren, nimmt Kirk Kontakt auf und fragt zugleich nach, wie lange die Reparaturen noch dauern. Da anzunehmen ist, dass Khan die Frequenz abhört (was er auch tut), wird der Statusbericht , verschlüsselt. Dann beamt Spocks detaillierter Bericht hört sich dabei an wie ein Trauerspiel. Man könne froh sein das die Enterprise überhaupt noch in einem Stück ist. Schließlich macht sich der Trupp , weiterhin unter Kirks Führung, allerdings zum Unmut Dr. McCoys, zu den Koordinaten – und rematerialisiert auf, wo man die Wissenschaftler vermutet! Einige Augenblicke später materialisiert man sich zu aller Erstaunen in einer tunnelartigen Höhle. Allerdings bleibt man nicht lange unbehelligt – die überlebenden Wissenschaftler , allen voran Dr. David Marcus greifen den Trupp an, gerade in dem Augeblick als Kirk und McCoy das vermeintliche Genesis-Projekt Projektil entdecken.