Im Spiel geht es im allgemeinen darum die ISS ''Excelsior'' vor der Zerstörung zu bewahren und ihr auf ihrem Flug von Janus Vortex nach Janus Ultima zu helfen, so gut man kann. Es gibt insgesamt 19 Missionen, die alle auf [[TOS|Star Trek (Raumschiff Enterprise)]] basieren, die Handlung wurde jedoch leicht verändert. Der Spieler selbst steuert nicht etwa ein grosses [[Raumschiff]] (wie die [[USS Enterprise (NCC-1701)|''Enterprise'']]), er steuert nur einen kleinen [[Angriffsjäger|Jäger]] aus dem [[Hangar]] der ''Excelsior''.