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Im Spiel haben die [[Captain]]s der verschiedenen Serien teils eine tragende Rolle, teils sind sie nur "Nebendarsteller":
* [[Jonathan Archer]] ([[Enterprise (NX-01)|''Enterprise'' NX-01]] - "''[[Star Trek: Enterprise]]"'')* [[James T. Kirk]] ([[USS Enterprise (NCC-1701)|USS ''Enterprise'' NCC-1701]] - ''[[Star Trek: The Original Series|Raumschiff Enterprise (TOS)]]'')* James T. Kirk ([[USS Enterprise (NCC-1701)|USS ''Enterprise'' NCC-1701 (Refit)]], [[USS Enterprise (NCC-1701-A)|USS ''Enterprise'' NCC-1701-A]] - [[Star -Trek -Filme|Kinofilme]])* [[Jean-Luc Picard]] ([[USS Enterprise (NCC-1701-D)|USS ''Enterprise'' NCC-1701-D]] - [[TNG]] und "''[[Star Trek: Treffen der GenerationenThe Next Generation]]"'' und {{Film|7}})* Jean-Luc Picard ([[USS Enterprise (NCC-1701-E)|USS ''Enterprise'' NCC-1701-E]] - "[[Star Trek: Der erste Kontakt]]"{{Film|8}}, "[[Star Trek: Der Aufstand]]"{{Film|9}}, "[[Star Trek: Nemesis]]"{{Film|10}})* [[Kathryn Janeway]] ([[USS Voyager|USS ''Voyager'']] - "''[[Star Trek: Voyager]]"'')* [[Benjamin Sisko]] ([[USS Defiant (NX-74205)|USS ''Defiant'']] - "''[[Star Trek: Deep Space Nine]]"'')
===Synchronisierung===
Das Spiel beschäftigt sich in der Einzelspieler-Kampagne hauptsächlich mit der hinterlistigen [[Vulkanier]]in T'Urell, die durch ihre fehlgeleitete Logik glaubt, das der einzige Weg zur Verwirklichung von <q>[[Surak]]s Traum</q>, die Erschaffung der perfekten Ordnung im Universum ist. Über 200 Jahre lang versucht sie die Borg zu beherrschen und gelangt schließlich auch zu ihrem Ziel…
In Star Trek: Legacy werden einzelne Ereignisse im Trek-Universum erläutert und sind teil der Missionen, wie zum Beispiel der [[Omega-Molekül|Omega-Versuchsunfall]], der den [[Subraum]] des [[Lantaru-Sektor]]s für alle Zeiten zerstörte. (Für [[Canon]]-Referenz siehe: {{VOY|Die OmegaDirektive}})
Obwohl das Spiel Bezug auf viele Ereignisse des Star Trek Universums nimmt, gibt es einige Kanonverstöße im Spiel. Beispielsweise befehligt ein „Admiral“ Kirk die [[USS Enterprise (NCC-1701-A)|''Enterprise''-A]]. Außerdem hält es die Chronologie nicht richtig ein. Im 22. Jahrundert gibt es dort bereits ein nicht kanonisches, aber offenkundiges Föderationsschiffe des späten 23. Jahrhunderts, ebenso tauchen auch Föderationsstationen des 23. Jahrhunderts als Vulkaniereinrichtungen auf.
Captain Picard spricht über seine Begegnungen mit den Borg und zeigt den Anfang des [[Borg-Kollektiv]]s. Nach Star Trek: Legacy entdeckte T'Urell die [[Nanosonde]]n und injizierte sich selbst was zur Erschaffung der ersten [[Borg-Königin]] führte.
Capatin Picard kann es sich nicht verzeihen, dass er den Borg helfen musste, nachdem sie ihn assimiliert hatten. (Siehe dazu: [[{{TNG]]:"[[|Angriffsziel Erde]]"}}) Durch seinen Geist wurden die Borg stärker.
===Suraks Traum===