Das Spiel beinhaltet die Story des Films "[[Star Trek: Treffen der Generationen]]" mit einigen Abwandlungen bzw. Variationen. So ist der Spieler in der Lage Einfluss auf die Geschichte zu nehmen. [[Doktor]] [[Tolian Soran|Soran]] arbeitet mit den [[Romulaner]]n, den [[Klingone]]n und den [[Breen]] zusammen und spielt sie gegeneinander aus. Er hat das Ziel bestimmte [[Stern]]e zu zerstören, um die Flugbahn des [[Nexus]] zu verändern. Die Crew der [[USS Enterprise (NCC-1701-D)|USS ''Enterprise'']] ist ihm aber auf der Spur. Dreh- und Angelpunkt des Spiels ist die [[Stellarkartographie (Station)|Stellarkartographie]] der ''Enterprise''. Hier werden Entscheidungen getroffen, wo Soran zu suchen ist.

[[Bild:Screenshot aus Star Trek Generations(Spiel).jpg|thumb|Die Stellarkartographie]]

Im Laufe des Spiels wird der Spieler als einer der [[TNG]]-Charaktere auf verschiedene [[Außenmission]]en geschickt. Manche Missionen haben das Ziel, Soran daran zu hindern einen Stern zu zerstören oder weiteres [[Trilithium]] zu gewinnen. Soran muss im Laufe des Spiels mindestens drei Sterne zerstören, um sein Ziel zu erreichen. Er muss auf jeden Fall [[Amargosa]] und schließlich [[Veridian]] zerstören. Außerdem muss er entweder Bersus oder [[Galorndon Core]] (nahe der [[RNZ]]) zerstören, um den Nexus nach Veridian zu lenken. Trilithium kann er auf Antilios, Arvada II, Epsilon (Breen) und Halee II (klingonisch) gewinnen.

Das [[Amargosa-System]] spielt eine Schlüsselrolle in Sorans Plan, dieser Stern ''muss'' zerstört werden um den Kurs des Nexus nach [[Veridian III]] zu lenken. Daher finden hier (wenn der Spieler gut ist) drei Außenmissionen statt.

Sollte es dem Spieler wiedereinmal gelingen Sorans Plan zu vereiteln, sucht er sich wiedereinmal ein anderes System um seinen Plänen nachzugehen und zerstört den Stern dann später ohne das der Spieler Einfluss darauf nehmen kann.

[[Counselor]] [[Deanna Troi|Troi]] bermerkt mit Hilfe ihrer [[Telepathie|telepatischen]] Fähigkeiten, dass irgendwo im [[Sektor]] eine gigantisches leidendes Lebewesen existiert. Die ''Enterprise'' fliegt nach Antilios und es stellt sich heraus, dass Antilios I eine riesige Lebensform ist, welche zur Produktion von Trilithium fähig ist.

Versagt man in dieser Mission oder kommt man dem indirekten Notruf (telepathische Signale) nicht nach, so stirbt das Antilios-Lebewesen.

Die Crew der ''Enterprise'' geht Hinweisen nach denen zufolge Dr. Soran auf den Planeten Arvada II gekommen ist um Trilitium abzubauen. [[Arvada-System|Arvada II und III]] werden von antiken Kriegsmaschienen bewohnt. Sorans Ziel ist eine automatisierte Bergwerksanlage auf Arvada II. [[Data]] soll ihn aufhalten.

Bersus III ist ein dicht von Fauna und Flora besiedelter Planet auf dem Soran seine Waffe starten will, um die Sonne des Planeten zu zerstören. Data soll das verhindern.

Auf Epsion II befindet sich ein Außenposten der [[Breen|Chodak]]. Die Chodack nutzen die starke geothermale Energie des Planeten. Man nimmt jedoch an das dort Trilithium sythetisiert wird, vermutlich um Soran damit zu versorgen. Aus diesem Grunde wird Picard in diplomatischem Auftrag auf den Planeten gebeamt. Insgeheim soll er nach Spuren für Sorans Anwesenheit suchen.

Hier befindet sich eine geheime romulanische Basis und Anzeichen für Trilithium. Alles weist darauf hin, dass Soran die Raketen-Abschussvorischtung der Basis nutzen will um den Stern von Galorndon Core zu vernichten. Troi wird aufgrund ihrer Erfahrungen auf eine Undercovermission geschickt um die Basis zu infiltrieren. Es stellt sich heraus, dass die Romulaner nichts von Sorans Plänen wissen.