Das Ziel des Multiplayer-Modus ist es, als letzter Spieler zu überleben oder die gegnerische(n) Allianz(en) auszuschalten. Jeder Spieler kann zwischen den vier sechs Rassen wählen (Klingonen,Romulaner,Föderation,Borg,Spezies 8471,Cardassianer letzere beiden sind nur im Multiplayer modus spielbar) und muss mit einer gut gewählten Strategie eine mächtige Flotte bilden, um den/die Gegner zu eliminieren.