Noch bevor die erste Folge gedreht wurde, gab Patrick Stewart seinen Auftritt im Pilotfilm bekannt. Das Budget für die erste Folge betrug 12 Millionen Dollar. Während die sechste Staffel von ''The Next Generation'' lief, wurde der Pilotfilm der neuen Serie {{S|DS9}} am 03. Januar 1993 ausgestrahlt. Erstmalig liefen zwei Star-Trek-Serien parallel im Fernsehen. Während der ersten Staffel traten einige bekannte Figuren auf, darunter [[Q]] und Lwaxana Troi bei ''Deep Space Nine'', während Bashir einen Gastauftritt beim Vorgänger der Serie hatte. Das erste Jahr verlief recht erfolgreich, man konnte einige Fehler, die während der ersten Staffel von TNG gemacht wurden, vermeiden.

Die zweite Staffel begann mit einem Dreiteiler, was es bis dahin noch nie bei „Star Trek“ gegeben hatte. In der Staffel wurden, im Vergleich zur Ersten, die Hauptfiguren weiterentwickelt und es gab schon eine ganze Reihe an wiederkehrenden Nebenfiguren. Am Ende der zweiten Staffel wurde das [[Dominion]] in der Folge {{e|Der Plan des Dominion}} eingeführt. Im Gegensatz zu ''Raumschiff Enterprise: Das nächste Jahrhundert'' endete die Staffel nicht mit einem Zweiteiler, sondern eine in sich abgeschlossenen Folge.

Die Staffel endet mit einem Spektakel. In der Folge {{e|Zu den Waffen!}} erobert das Dominion Deep Space Nine. Man sieht wieder eine große Weltraumschlacht, mit welcher der [[Dominion-Krieg]] beginnt. In der letzten Szene sieht man, wie eine riesige Flotte aus Föderations- und Klingonenschiffen in den Krieg zieht, dies ist ein offenes Ende. Da die wichtigen Worte <q>Fortsetzung folgt…</q> fehlten, meinten viele Fans, dies sei die letzte DS9-Folge und es folge vielleicht ein neuer Kinofilm. Produzent [[Ira Steven Behr]] meinte dazu: <q>Dadurch, dass es sich nicht um einen Cliffhanger sondern einen Siebenteiler handelte, waren die Worte 'Fortsetzung folgt' nicht nötig.</q>

Die sechste Staffel beginnt mit sechs zusammenhängenden Folgen, die von der Rückeroberung von Deep Space Nine erzählen. Es werden auch wieder aufwändige Raumschlachten gezeigt; am Ende kann die Station zurückerobert werden. In der nächsten Folge {{e|Klingonische Tradition}} wurde die erste [[Hochzeit]] zweier Hauptcharaktere gezeigt. Aber die [[Ehe]] von Worf und Dax sollte nur von kurzer Dauer sein: Bald darauf gab Terry Farrell bekannt, am Ende der Staffel die Serie zu verlassen. So kam es, dass man Jadzia Dax in der letzten Folge der Staffel {{e|Tränen der Propheten}} sterben ließ.