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Diese Option kann vom [[Kommandant]]en und den [[Führungsoffizier]]en gewählt werden, wenn er das Schiff vor einer [[Kaperung]] unbedingt schützen will, eine gegnerische Übermacht an Bord des Schiffes ist, oder das Schiff im Gefecht kampfunfähig gemacht worden ist und durch die gewaltige Menge von freiwerdender [[Energie]] bei der Selbstzerstörung ein feindliches Schiff beschädigt werden soll. In der Regel geht die Selbstzerstörung von der [[Brücke]] oder vom [[Maschinenraum]] aus.
In der [[Sternenflotte]] der [[Föderation]] gibt es genaue [[Protokoll]]e für die Selbstzerstörung. Es müssen der Kommandant des Schiffes sowie der [[Erster Offizier|Erste Offizier]] und der [[Chefingenieur]] nacheinander einen Kommandocode eingeben bei dem die Identität über die Sprache geprüft wird. ({{TOS|Bele jagt Lokai}}) Später wird die [[Sternenflottenorder 2005]] ausgegeben. ({{Film|1}}) Auf der [[USS Voyager|USS ''Voyager'']] jedoch kann [[Captain]] [[Kathryn Janeway]] alleine die Selbstzerstörung aktivieren. ({{VOY|Die VerdopplungVerdoppelung|Der Flugkörper}})
Um die Selbstzerstörungsequenz zu initiieren sind funktionierende Sekundäre [[Kommandoprozessor]]en von Nöten. ({{VOY|Der Kampf ums Dasein, Teil I}})
[[2371]] aktivieren [[Benjamin Lafayette Sisko|Captain Sisko]] und [[Kira Nerys|Major Kira]] auf der [[USS Defiant (NX-74205)|Defiant]] die Selbstzerstörung, um einen Angriff ihres [[Sabotage|sabotierten]] Schiffs auf die [[Tzenkethi]] zu verhindern. ({{DS9|Der Widersacher}})
[[2372]] zerstört Captain Janeway eine der beiden ''Voyagers'', da diese von den [[Vidiianer]]n gekapert worden ist. ({{VOY|Die VerdopplungVerdoppelung}})
Captain [[Jean-Luc Picard]] hat [[2063]] vor, die von den [[Borg]] größtenteils [[Assimilation|assimilierte]] [[USS Enterprise (NCC-1701-E)|USS ''Enterprise''-E]] zu zerstören. Dazu kommt es jedoch später nicht ({{Film|8}}).
Es gibt zwei Varianten von Selbstzerstörungssystemen:
Die primäre Variante ist der gleichzeitige Ausstoß von [[Materie]] aus dem [[Deuterium]]tank und die Deaktivierung der [[Antimaterieeindämmung]]. Das Schiff wird daraufhin aufgrund der massiven [[Materie-Antimaterie-Reaktion]] vollständig zerstört. ({{VOY|Die VerdopplungVerdoppelung}})
Sollte es nicht möglich sein, die Ausfallprozedur, welche erforderlich ist, um die Antimaterieeindämmung aufzuheben, auzuführen, so wird das sekundäre System aktiviert. Dieses besteht aus konventionellen Sprengsätzen, welche an allen Schlüsselstellen im Schiff angebracht sind. Das Raumschiff wird dann, eher aufgrund eines strukturellen Kollaps zerstört, als durch eine massive Explosion. ({{Film|3}})