In den [[2370er]] Jahren gelang gelingt es Sektion 31, einen Agenten in das Kabinett von [[Föderationspräsident]] [[Jaresh-Inyo]] einzuschleusen. In der selben derselben Dekade unternahm unternimmt die Sektion verdeckte Operationen auf [[Qo'noS]], dem [[Heimatwelt|Heimatplaneten]] des zu der Zeit mit der Föderation verbündeten [[Klingonisches Imperium|Klingonischen Imperiums]] . ({{DS9|Extreme Maßnahmen}}).

Agent [[Luther Sloan]] ist nach eigenen Angaben einer der Agenten aus der höchsten Führungsriege und überwachte überwacht mehrere Missionen, darunter die Rekrutierung des genetisch aufgebesserten [[Doktor]]s [[Julian Bashir]] von der [[Raumstation]] ''[[Deep Space 9]]''. Sloan dirigierte dirigiert Bashir ebenfalls in mehreren Missionen, unter anderem auf [[Romulus]], wo [[Senator]]in [[Kimara Cretak|Cretak]] durch den Sektion 31 Agenten-31Agenten, der sich als [[Koval]] vom [[Tal Shiar]] ausgabausgibt, ersetzt werden solltesoll. ({{DS9|Unter den Waffen schweigen die Gesetze}})

[[2374]] versuchte versucht die Organisation, Doktor Julian Bashir zu rekrutieren, nachdem man ihn entführte entführt hat und einem Test unterzogunterzieht. Der Doktor lehnte lehnt ab und alarmierte alarmiert stattdessen den Führungsstab von ''[[Deep Space 9]]''. Nach der Meldung verglich vergleicht [[Odo]] die Organisation mit dem [[Cardassianische Union|cardassianischen]] [[Obsidianischer Orden|Obsidianischen Orden]] und dem [[Tal Shiar]] der [[Romulanisches Sternenimperium|Romulaner]], wobei der Vergleich insofern hinkt, als diese beiden Organisationen offiziell als Geheimdienste gelten.

*'''{{Dialogzitat||Bashir''' ''(über Sektion 31)'': "|Bashir|Diese Organisation… Dieses Ding, das sich in das Herz der Föderation geschlängelt hat, muss unbedingt vernichtet werden." }} ({{DS9|Extreme Maßnahmen}})

*'''{{Dialogzitat||Sloan''' ''(über Sektion 31)'': "|Sloan|Es gibt kein Gebäude, keinen Raum wie diesen in der realen Welt. Sektion 31 hat kein Hauptquartier. Diese Dateien, sie existieren nur in den Köpfen einer sehr ausgewählten Gruppe von Personen. Und ich bin zufällig einer von ihnen. Wenn sie Sektion 31 wirklich zerstören wollen, dann jetzt oder nie." }} ({{DS9|Extreme Maßnahmen}})

In {{ENT|Die Abweichung}} erklärt [[Harris (Sektion 31)|Harris]], dass es in der [[Sternenflotte (Erde)|Sternenflotte der Erde]] eine Regel gäbe, die in Notsituationen die Außerkraftsetzung und Übertretung aller anderen Regeln erlaube. Auf sie beruft er sich auch, um die Entführung von [[Phlox]] zu rechtfertigen. Diese Regel ist "Artikel „Artikel 14, ''Sektion 31''" “ der Sternenflottenvorschriften. Möglicherweise stammt daher der Name der Organisation. Um den Eindruck zu verstärken, dass Harris zu Sektion 31 gehört, trägt dieser bereits in {{ENT|Die Heimsuchung}} die schwarze Lederuniform, die später auch Vizedirektor [[Luther Sloan]] in [[DS9]] (ab {{E|Inquisition}}) trägt.

Laut dem Roman ''[[Der Dunkle Plan]]'' gibt es in der Sternenflotten-Charta einen kurzen Abschnitt unter dem Punkt „Sektion 31“ . Dort geht es in diesem <q>vage um die Gründung einer <q>autonomen Ermittlungsbehörde</q></q> mit <q>nicht näher beschriebenen Ermessungsspielraum beschriebenem Ermessensspielraum bei nicht näher beschriebenen Starfleet-Angelegenheiten</q>. ({{Roman|Romantitel=Der Dunkle Plan|Kapitel=Epilog|Seite=211|Romanummer=1}})