Im Jahre [[2161]] findet in San Francisco die Gründungsversammlung der Föderation statt und damit kan kann die Stadt ihren Ruf als ''Stadt der Freiheit'' auch aus [[Sol-System|unserem Sonnensystem]] hinaus tragen. (''[[ENT]]: [[Stunde Null]]'')

Erst wieder im [[23. Jahrhundert]] als die [[Erde]] von der sogenannten [[Walsonde]] bedroht wird. Die versucht Kontakt zu den längst ausgerotteten [[Buckelwal]]en herzustellen und dabei die Meere verdampft, gerät San Francisco wieder in ernste Gefahren. [[Admiral]] [[James T. Kirk]] reist daraufhin mit einem gestohlenen [[Klingone|klingonischen]] [[Klingonischer Bird-of-Prey|Bird of Prey]] ins Jahr [[1986]] zurück. Hier in San Francisco gelingt es ihm mit Hilfe der Meeresbiologin [[Gillian Taylor]] zwei [[Buckelwal]]e aufzutreiben und zurück ins [[23. Jahrhundert]] zu bringen. Die [[Walsonde]] kommuniziert mit den Walen und verlässt wieder die [[Erde]]. (''"[[Star Trek IV: Zurück in die Gegenwart]]"'')

Ein weiterer großer Zwischenfall ereignete sich am Ende des [[Dominion-Krieg]]es. Einer Flotte der [[Breen]] gelingt es bis zur [[Erde]] vorzudringen und einen Überraschungsangriff auf die [[Sternenflotte]]n-Einrichtungen zu starten. Viele Menschen finden hier ihren Tod und auch das Stadtbild ist von dem Angriff geprägt. (''[[DS9]]: "[[Im Angesicht des Bösen]]"'')

Nach Ende des Krieges und Beseitigung der Schäden scheint die Stadt jedoch friedlich, wie eh und jeh. (''[[VOY]]: "[[Endspiel, Teil I]]"'')