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Als die Idee einer Fortsetzung aufkommt, erklärt [[Tuvok]], dass er „Rebellion Alpha“ als Trainingsprogramm entwickelt hatte. Als Janeway den Maquismitgliedern das Angebot zur Zusammenarbeit unterbreitet hatte, war er besorgt um die Sicherheit an Bord - er hielt eine derarte Meuterei für wahrscheinlich. Als er aber erkannte, dass die Crew in dieser Form funktioniert, sah er in seinem Programm vielmehr eine Gefahr für die Integrität der Besatzung als einen Sicherheitsvorteil. So hat er es nie vollendet und vollständig gelöscht - zumindest dachte er das. Er hat dabei nicht B'Elannas Fähigkeiten am [[Computer]] bedacht.
Tuvok und [[Tom Paris]] begeben sich daraufhin in die Simulation, da sie das Programm zusammen weiterschreiben wollen. Jedoch gerät die Simulation außer Kontrolle, als sich herausstellt, dass [[Seska]] das Programm vor ihrem Ableben modifiziert hat und nun die beiden auf dem [[Holodeck]] gefangen hält. Paris und Tuvok können dort niemandem trauen und die [[Sicherheitsprotokoll]]e wurden deaktiviert. Sie können das Deck nicht verlassen, können nicht hinaus gebeamt werden und alle [[WaffenWaffe]] n sind [[Tod|tödlich]].
Während die beiden gegen Seska und die Meuterer um ihr Überleben kämpfen, sucht [[Captain]] [[Kathryn Janeway|Janeway]] von außen einen Weg, das Programm zu beenden. Nachdem das nicht gelingt, verschafft sie Tuvork durch Eingriffe in den Programmverlauf die Gelegenheit, Seskas [[Mord|mörderische]] Rache gegen sie selbst zu wenden.