Einige Wochen später entdeckt die ''Enterprise'' ein im All treibendes Raumschiff der [[DY-100-Klasse]]. Das Schiff wird als [[SS Botany Bay|SS ''Botany Bay'']] identifiziert. Captain Kirk und ein Landeteam, darunter auch Scott beamen an Bord der ''Botany Bay''. Scott ist sehr begeistert von dem Schiff aus dem [[20. Jahrhundert]]. Er sagte darauf, dass er das Schiff mal gern auseinander nehmen würde. Nachdem Scott das Licht eingeschaltet hat, aktiviert er auch die Kälteschlafkammer des Anfühers [[Khan Noonien Singh]], der darauf erwacht. Zu Ehren des Gastes veranstaltet Kirk darauf ein Dinner bei dem auch Scott anwesend ist. Später ist Scott auf bei der Konferenz anwesend, nachdem Spock herausgefunden hat wer Khan wirklich ist. Nachdem Khan die Kontrolle über die ''Enterprise'' übernommen hat muss Scott mit ansehen wie Kirk durch Khan in der [[Unterdruckkammer]] hingerichtet wird. Im letzten Moment wird Kirk befreiht befreit und flutet das Schiff mit Nervengas[[Neuralgas]], darunter auch den Konferenzraum wo Khan und die anderen sich befinden. Alle werden bewusstlos außer Scott, der Khan aus dem Raum folgt. Im Gang trifft er auf Kirk, dem er von Khans Verschwinden berichtet. Nachdem Kirk Khan überwältigt hat ist Scott auch bei der Anhörung gegen Khan anwesend. Kirk schlägt Khan vor auf [[Ceti Alpha V]], einem ungastlichen aber bewohnbaren Planeten leben. Khan weist Kirk darauf auf den Schriftsteller [[Milton]] hin. Nach der Anhörung fragt Scott Kirk was Milton geschrieben hat worauf Kirk Milton zitiert. ({{TOS|Der schlafende Tiger}})