Einige Wochen später entdeckt die ''Enterprise'' ein im All treibendes Raumschiff der [[DY-100-Klasse]]. Das Schiff wird als [[SS Botany Bay|SS ''Botany Bay'']] identifiziert. Captain Kirk und ein Landeteam, darunter auch Scott beamen an Bord der ''Botany Bay''. Scott ist sehr begeistert von dem Schiff aus dem [[20. Jahrhundert]]. Er sagte darauf, dass er das Schiff mal gern auseinander nehmen würde. Nachdem Scott das Licht eingeschaltet hat, aktiviert er auch die Kälteschlafkammer des Anfühers [[Khan Noonien Singh]], der darauf erwacht. Zu Ehren des Gastes veranstaltet Kirk darauf ein Dinner bei dem auch Scott anwesend ist. Später ist Scott auf bei der Konferenz anwesend, nachdem Spock herrausgefunden herausgefunden hat wer Khan wirklich ist. Nachdem Khan die Kontrolle über die ''Enterprise'' übernommen hat muss Scott mit ansehen wie Kirk durch Khan in der [[Unterdruckkammer]] hingerichtet wird. Im letzten Moment wird Kirk befreiht und flutet das Schiff mit Nervengas, darunter auch den Konferenzraum wo Khan und die anderen sich befinden. Alle werden bewusstlos außer Scott, der Khan aus dem Raum folgt. Im Gang trifft er auf Kirk, dem er von Khans Verschwinden berichtet. Nachdem Kirk Khan überwältigt hat ist Scott auch bei der Anhörung gegen Khan anwesend. Kirk schlägt Khan vor auf [[Ceti Alpha V]], einem ungastlichen aber bewohnbaren Planeten leben. Khan weist Kirk darauf auf den Schriftsteller [[Milton]] hin. Nach der Anhörung fragt Scott Kirk was Milton geschrieben hat worauf Kirk Milton zitiert. ({{TOS|Der schlafende Tiger}})

Scott beamt kurz darauf Kirk und ein Außenteam auf den Planetoiden [[Gamma II]], als diese plötzlich vor seinen Augen verschwinden. Es stellt sich herrausheraus, dass das Außenteam nicht auf der Oberfläche angekommen sondern nach [[Triskelion]] entführt wurden ist. Als Spock mit der ''Enterprise'' den Orbit von Gamma II verlassen will, ist Scott genau so wie McCoy dagegen, denn die beiden vermuten, dass sich das Außenteam sich noch auf Gamma II befindet. Es stellt sich aber herrausheraus, dass Spock recht gehabt hat, die ''Enterprise'' findet später das Außenteam auf den Planet Triskelion. ({{TOS|Meister der Sklaven}})

Scott bemerkt wie die übrige Besatzung das seltsame Verhalten von Kirk. Der Captain wirkt aggressiv und ist sehr schnell reizbar. Kirk durchquert mit der ''Enterprise'' die neutrale Zone und fliegt in den [[Romulanischer Raum|romulanischen Raum]]. Scott wunder sich woher Kirk die Befehle hat, als plötzlich die ''Enterprise'' von drei romulanischen Schiffen abgefangen wird. Kurz darauf beamen Kirk und Spock zu den Romulanern, während Scott das Kommando über die ''Enterprise'' übernimmt. Später befiehlt die [[Unbenannte Romulaner|romulanische Kommandantin]], dass die ''Enterprise'' ihnen folgen soll und die Crew soll dann später freigelassen werden, weil allein Kirk dafür verantwortlich ist, dass die ''Enterprise'' sich im romulanischen Gebiet befindet. Aber Scott gibt nicht nach und droht eher die ''Enterprise'' zu vernichten, als den Romulanern zu folgen. Später sieht es so aus, als hätte Spock Kirk getötet. Aber in Wirklichkeit handelt Kirk im Auftrag der Föderation. Kirk hat den Auftrag eine [[Tarnvorrichtung]] der Romulaner zu stehlen und durch sein seltsames Verhalten sollen die ''Enterprise'' und die Föderation aus der ganzen Sache herraus heraus gehalten werden. Kirk gelingt es als Romulaner verkleidet die Tarnvorrichtung zu stehlen und Scott installiert diese darauf. Die getarnte ''Enterprise'' kann den Romulanern entkommen. ({{TOS|Die unsichtbare Falle}})

Kurz darauf übernehmen die [[Scalosianer]] die ''Enterprise'' und Kirk verschwindet durch den Einfluss der Scalosianer. Es stellt sich herrausheraus, dass sich die Scalosianer auf einer anderen Zeitebene befinden. Spock findet herrausheraus, dass Kirk scalosianisches Wasser getrunken hat und deswegen verschwunden ist. Auch bei Scott wird dies vermutet, aber sein Wasser war normal. Als später Kirk wieder in seine Zeitebene wechselt, ist Scott überrascht, als dieser so plötzlich vor ihm auftaucht. ({{TOS|Was summt denn da?}})