Nach der Niederlage bei Chin'toka, stellt sich aufgrund einer Modifikation der [[IKS Ki'tang|IKS ''Ki'tang'']] heraus, dass die Klingonen die neue Waffe der Breen abwehren kannkönnen. Allerdings sind die Schiffe der Sternenflotte und der Romulaner noch immer anfällig gegen die Waffen der Breen und O'Brien hilft mit , eine Lösung gegen dieses Problem Problems zu schaffenfinden. Um Zeit zu gewinnen , unterstützt die Föderation Damars Widerstand. Kira, Odo und Garak werden zu Damar geschickt, um ihn zu unterstützen. Zur selben Zeit findet Bashir heraus, dass Odo an dem [[Morphogener Virus|morphogenen Virus]] leidet, welcher sein Volk tötet. Bashir beginnt sofort nach einem Heilmittel zu forschen, doch von der Sternenflotte bekommt dieser keine Unterstützung. Mit der Zeit findet Bashir heraus, dass [[Sektion 31]] hinter der Krankheit der Gründer steckt. Bashir muss nun ein Heilmittel finden, ohne das dass Sektion 31 davon etwas mitbekommt. ({{DS9|Ein Unglück kommt selten allein}})

Odo kehrt inzwischen von seiner Mission nach Deep Space 9 zurück, doch Bashir gibt Odo nur noch eine Woche zu leben. Bashir gelingt es die Schmerzen von Odo zu lindern und setzt seine Forschungen fort. O'Brien berichtet Sisko, dass er und Bashir Sektion 31 auf die Station locken will. Als Sisko erfährt, dass diese Krankheit, welche die Gründer tötet , von Sektion 31 stammt, genehmigt er Bashirs Plan, da Sisko nicht für einen Völkermord mit verantwortlich mitverantwortlich sein will. Bashirs Trick geht inzwischen auf und eines Nachts taucht [[Luther Sloan]] auf und fordert das Heilmittel von ihm. Da Bashir mit Sloans erscheinen Erscheinen gerechnet hat, gelingt es ihm Sloan gefangen zu nehmen. Sloan bemerkt den Trick mit Bashirs Heilmittel und gibt zu, überrascht zu sein. Bashir und O'Brien versuchen darauf mit [[Romulanischer Gedächtnisscanner|romulanischen GedächtnisscannerGedächtnisscannern]] in seinen Geist einzudringen, um so an die Informationen für das Heilmittel zu gelangen. Aber mit Hilfe einer [[Neurodepolarisationsvorrichtung]] begeht Sloan Selbstmord und er droht innerhalb einer Stunde zu sterben. Mit Hilfe einer [[Multitronischer engrammatischer Übersetzer|multitronischen engramatischen Übersetzers]] dringen die beiden in das [[Gehirn]] und den Geist von Sloan ein, um so an die Information zu gelangen. Bashir und O'Brien wissen das , dass sie nur wenige Zeit haben, um an die Informationen in Sloans Geist heranzukommen und Sloan tut alles , um dies zu verhindern. Schließlich gelingt es den beiden die Information zu bekommen. Sloan versucht Bashir mit in den Tod zu reißen und bietet ihn noch viele weitere Informationen über Sektion 31 an. Bashir kann dieser Falle nicht widerstehen und will noch mehr Information, aber O'Brien kann Bashir davon überzeugen den sterbenden Geist von Sloan zu verlassen. Den beiden gelingt es noch rechtzeitig Sloan zu verlassen und mit dem Heilmittel gelingt es Bashir Odo zu heilen. ({{DS9|Extreme Maßnahmen}})

Einige Zeit darauf bekommt O'Brien ein Angebot auf der Sternenflottenakademie zu unterrichten, sobald der Krieg vorbei ist. Da O'Brien an seine Familie denkt, beschließt er auf die Erde zurückzukehren, doch es fällt ihm schwer, dass er sich dadurch von seinem Freund Bashir verabschieden muss. Zur selben Zeit zieht sich das Dominion in den cardassianischen Raum zurück und ein Kampfverband der Föderation, der Klingonen und der Romulaner fliegt nach Cardassia , um den Krieg zu beenden. Während des Fluges versucht O'Brien mehrfach seinem Freund mit zu teilenmitzuteilen, dass er Deep Space 9 verlassen wird, aber er kommt nicht dazu. Kurz darauf beginnt die die [[Schlacht um Cardassia]]. Die ''Defiant'' kämpft mit den anderen Schiffen der Föderationsallianz gegen die starke Übermacht des Dominions, der Breen und der Cardassianer. Bei dem Kampf wird O'Brien verletzt und Bashir muss diesen behandeln. Während Bashir O'Brien behandelt, gesteht dieser Bashir das , dass er Deep Space 9 verlassen und zur Erde zurückkehren wird. Doch die Verletzung des Chiefs ist schwer und Bashir befiehlt diesen diesem sich auf die Krankenstation zu begeben. Doch O'Brien will weiter auf der Brücke bleiben, doch nun befiehlt Sisko dem Chief sich auf die Krankenstation zu begeben. Währenddessen verläuft der Kampf schlecht für die Föderationsallianz, aber plötzlich wechselt die cardassianische Flotte die Seiten und schließt sich der Föderationsallianz an. Die Schlacht verläuft erfolgreich und das Dominion und die Breen ziehen sich nach Cardassia zurück. ({{DS9|Das, was du zurückläßt, Teil I}})

Die Föderationsallianz erreicht Cardassia und trifft dort auf die letzten Flotten des Dominions und der Breen. Die Gründerin weiß das , dass der Krieg verloren ist, jedoch schwört sie jeden Jem'Hadar und Breen kämpfen zu lassen das , damit es in der Föderationsallianz so viele Opfer gibt das , dass ein Sieg der Allianz so hart sein wird wie eine Niederlage. Doch darauf beamt sich Odo auf die Planetenoberfläche, er heilt die Gründerin und kann diese überzeugen den Krieg zu beenden. Wenig später wird auf Deep Space 9 der Friedensvertrag mit dem Dominion unterzeichnet und der Dominion-Krieg ist offiziell beendet. Danach findet im Vics eine Feier für das Ende des Krieges und die Personen welche Deep Space 9 verlassen werden statt. Auf der Feier erklärt Bashir das , dass er O'Brien vermissen wird, aber beide versprechen sich im echten Alamo auf der Erde wieder zu treffen. Wenig später verschwindet Sisko , nachdem er seine Pflicht als [[Abgesandter]] erfüllt hat. Sisko gelangt nach seinem Sieg über die Pah-Geister in das Wurmloch und will dort vorerst bei den Propheten bleiben. Kira übernimmt nun das Kommando über die Station. Inzwischen verabschiedet sich O'Brien von seinem Freund Bashir. ({{DS9|Das, was du zurückläßt, Teil II}})