Nachdem die Cardassianer sich von [[Bajor]] zurück gezogen zurückgezogen haben, bietet die Sternenflotte den Bajoranern Unterstützung beim Wiederaufbau ihres Planeten an. Die Sternenflotte errichtet einen Posten auf der ehemaligen Bergbaustation [[Terok Nor]], welche nun in Deep Space 9 umbenannt wird. Die ''Enterprise'' leistet Unterstützung beim Wiederaufbau und O'Brien lässt sich mit den dem Posten eines [[Chefingenieur]]s auf die Station versetzen. O'Brien kümmert sich bis zum Eintreffen von Commander [[Benjamin Sisko]] um den Wiederaufbau der Station. Als Sisko die Station erreicht, führt O'Brien diesen durch die Station und zeigt ihn alles. O'Brien zeigt Sisko sein Quartier, erläutert ihm die technische Ausgangslage und übermittelt Captain Picards Befehl, sich auf der ''Enterprise'' einzufinden. Vor der Abreise der ''Enterprise'' besucht O'Brien noch einmal die Brücke, traut sich jedoch nicht, Picard in dessen [[Bereitschaftsraum]] zu stören. Als er sich auf die Raumstation beamen lassen will, erscheint Picard im Transporterraum 3, verabschiedet sich von O'Brien und beamt ihn persönlich auf die Station. Zur selben Zeit forscht Sisko bezüglich einer bajoranischen Legende bezüglich des Himmelstempelsüber den Himmelstempel. Zu dieser Zeit befindet sich jedoch ein cardassianisches Schiff im Orbit, welches nichts über Siskos Nachforschungen wissen darf. ({{DS9|Der Abgesandte, Teil I}})

Damit die Cardassianer Siskos Nachforschungen nicht stören, sabotiert [[Sicherheitschef]] [[Odo]] heimlich die Sensoren an Bord ihres Schiffes. Als O'Brien Odo auf die Station zurück beamen will, versagt jedoch der Transporter, doch mit einem kräftigen Tritt bekommt O'Brien den Transporter wieder hin. Da die Sensoren der Cardassianer nicht mehr funktionieren, begeben sich Sisko und [[Jadzia Dax]] mit einem [[Runabout]] in den [[Denorios-Gürtel]], um dort nach diesen vermeintlichen himmlischen Tempel zu suchen. Bei den Untersuchungen stellt sich heraus, dass es sich bei dem angeblichen Himmlischen Tempels Tempel in Wirklichkeit um ein stabiles [[Wurmloch]] handelt. Dax wird auf die Station zurück gebracht, während Sisko im Wurmloch gefangen bleibt. Die dort lebenden [[Wurmlochwesen]] nehmen Kontakt mit ihm auf. Zur selben Zeit begeben sich die Cardassianer mit ihrem Schiff zu dem Wurmloch und verschwinden auch darin. Damit die Bajoraner das Wurmloch verteidigen können , befiehlt der bajoranische [[Verbindungsoffizier]] [[Kira Nerys]] O'Brien , die Station aus dem Orbit von Bajor in die Nähe des Wurmloch zu verlegen. Mit Mühe gelingt es O'Brien die Station in die Nähe des Wurmlochs zu bringen. Wenig später erscheint eine cardassianische Flotte und sucht nach ihrem vermissten Schiff. Da das Wurmloch nicht mehr erscheint , glaubt Gul [[Jasad]], dass die Station das cardassianische Schiff vernichtet hat. Jasad greift nun die Station an und O'Brien muss die schwach ausgerüstete Station mit verteidigen. Mit einem [[Thoron-Feld]] lässt es O'Brien so aussehen, als sei die Station schwer bewaffnet, doch Jasad greift an und beschädigt die Station schwer. Zur selben Zeit gelingt es Sisko mit den Wurmlochwesen zu verhandeln und diese geben das [[Bajoranisches Wurmloch|bajoranische Wurmloch]] für den Flugverkehr frei. Sisko kehrt mit seinen seinem Runabout und dem cardassianischen Schiff zur Station zurück und die Cardassianer brechen den Angriff auf die Station ab. ({{DS9|Der Abgesandte, Teil II}})

Kurz darauf wird der bajoranische Terrorist [[Tahna Los]] von den Cardassianern verfolgt und bittet um [[Asyl]] auf Deep Space 9. Sisko gewährt ihm dies und bittet O'Brien sich um die Cardassianer zu kümmern, während er mit Tahna spricht. Obwohl Tahna ein Terrorist ist, legt O'Brien bei Sisko ein gutes Wort für ihn ein, da er weiß , wie die Cardassianer ihre Gefangenen behandeln. Doch Tahna baut eine [[Bombe]] , mit dem der er den Eingang des Wurmlochs zerstören will, damit die Fremden sich wieder von Bajor zurück ziehenzurückziehen. Tahna sieht in Kira eine Verbündete und nimmt ihn sie für seine Mission mit auf ein Runabout. Doch Kira verrät Tahna und Sisko verfolgt mit O'Brien die beiden in einem weiteren Runabout. Inzwischen gelingt es Kira Tahna zu überwältigen und der Sprengsatz explodiert in einem Bereich des Weltraums , ohne das dieser Schaden anrichten kann. Darauf wird Tahna verhaftet. ({{DS9|Die Kohn-Ma}})

In den nächsten Wochen ist O'Brien mit sehr vielen Reparaturen beschäftigt. O'Brien muss die vielen Störungen auf der Station beheben und ist dadurch massiv überarbeitet und leidet auch an Schlafmangel. Da auch das Replikatorsystem auf der Station noch immer nicht richtig funktioniert, kümmert sich O'Brien als nächstes darum. Doch bei der Reparatur eines der [[Replikator]]en löst dieses ausersehen dieser aus Versehen eine Vorrichtung aus, durch die ein [[Aphasie|Aphasie-Virus]] über die Station verbreitet wird. Durch die Benutzung des Replikators wird der Virus verbreitet und O'Brien ist der erste Infizierte dieser Krankheit. Durch den [[Virus]] werden die neuralen und visuellen Reize vom [[Gehirn]] falsch verarbeitet. Doktor [[Julian Bashir]] beginnt sofort mit der Behandlung an O'Brien, doch er findet keine Möglichkeit ihn zu behandeln. Mit der Zeit wird ein Großteil der Station mit dem Virus infiziert. Während Bashir versucht ein Heilmittel zu finden, wird auch er infiziert. Major Kira gelingt es später zusammen mit dem Bajoraner [[Surmak Ren]], der Mitentwickler des Virus gewesen ist, ein Heilmittel zu finden. Surmak Ren bewundert den Erfolg von Bashir und knüpft daran an. Mit dem Heilmittel können die kranken Bewohner der Station behandelt werden. ({{DS9|Babel}})

Wenig später kommt ein schwer beschädigtes Schiff durch das Wurmloch aus dem [[Gamma-Quadrant]] en in den [[Alpha-Quadrant]]. Ein Fremder , welcher sich als [[~/Person/DS9/1x06/1|Tosk]] bezeichnet, nimmt Kontakt mit der Station auf und Sisko lädt den [[Tosk]] auf die Station ein. O'Brien bekommt darauf von Sisko den Auftrag sich um Tosk zu kümmern und sein Schiff zu reparieren. Durch die gemeinsame Zusammenarbeit erlangt O'Brien das Vertrauen von Tosk. Allerdings benimmt sich Tosk sehr seltsam und scheint es sehr eilig zu haben. O'Brien meldet Sisko das seltsame Verhalten von Tosk und Sisko befiehlt ihm den Tosk im Auge zu behalten. Später versucht Tosk Waffen zu stehlen und er wird von Odo verhaftet und in eine Arrestzelle gesperrt. Zur selben Zeit dringen die [[Tosk-Jäger]] gewaltsam in die Stadtion ein und versuchen den Tosk gefangen zu nehmen. Zusammen versuchen Sisko, O'Brien und ein Sicherheitsteam die Jäger aufzuhalten, doch diese dringen in die Arrestzelle vor und nehmen Tosk gefangen. Die Jäger erklären, dass die Tosk speziell für die Jagd gezüchtet werden. Sisko ist entsetzt, dass Intelligente intelligente Wesen für die [[Jagd]] gezüchtet werden, dennoch übergibt er widerwillig Tosk den Jägern. Doch O'Brien hilft Tosk gegen den Befehl von Sisko zur Flucht. Als Sisko dies bemerkt , lässt er es zu das , dass O'Brien den dem Tosk helfen kann. So kann Tosk entkommen und die Jäger können ihre Jagd fortsetzen. Nach diesen Ereignissen bekommt O'Brien mit Sisko Ärger, dass er den dem Tosk zu zur Flucht verholfen hat, dennoch ist auch Sisko froh, dass der Tosk entkommen konnte. ({{DS9|Tosk, der Gejagte}})

Kurz darauf befindet sich O'Brien im [[Replimat]] und muss mit genervt mit Anhören anhören, wie Bashir mit einer Frau flirtet. Plötzlich werden beide an die Andockrampe gerufen , an dem der sich ein Runabout befindet, welche welches eine [[Expedition]] in den Gamma-Quadranten durch geführt durchgeführt hat. Das Runabout hat einen kompletten Energie Ausfall Energieausfall und die Lebenserhaltung fällt aus. Doch O'Brien kann noch rechtzeitig die Luke öffnen und die Insassen befreien. Unter den Insassen befindet sich auch Vash , welche sich in den letzten zwei Jahren im Gamma-Quadrant befunden hat , und O'Brien erkennt sich sie von seiner Zeit an Bord der ''Enterprise'' sofort wieder. Vash erkundigt sich darauf bei O'Brien , wie es Picard geht , und er erwidert, dass es ihm ganz gut geht. Die Offiziere an Bord der Station können sich nicht erklären, wie sie ohne das Wissen über das Wurmloch in den Gamma-Quadrant gekommen ist. Als O'Brien bemerkt, dass sich auch Q auf der Station befindet, meldet er dies Sisko und nun haben die Offiziere eine Erklärung , wie Vash in den Gamma-Quadranten gekommen ist. Plötzlich kommt es wie auf dem Runabout zu einem Energieausfall auf der Station und Sisko macht Q dafür verantwortlich. Doch Q weist jede Schuld von sich, allerdings merkt Q an, dass er nicht viel von Siskos Crew hält. Zur selben Zeit will Vash [[Profit]] mit [[Artefakt]]en, welche sie mit gebracht hat, machen und [[Quark]] bietet ihr an eine [[Auktion]] im [[Quark's]] durch zu führendurchzuführen. Inzwischen werden die Energieausfälle immer schlimmer und die Station wird zum Wurmloch gezogen und droht darin zerstört zu werden. Es stellt sich heraus, dass eins eines von Vashs Objekten für diese Ausfälle verantwortlich ist. Sisko lässt dieses sofort von Bord beamen und das Objekt entpuppt sich als [[Embryonische embryonische Lebensform]], welche in das Wurmloch fliegt. Als die Lebensform die Station verlassen hat, ist diese wieder außer Gefahr. ({{DS9|"Q" – Unerwünscht}})

Nach einigen Wochen auf der Erde kehrt O'Brien vorerst ohne seine Frau auf die Station zurück. Während ihrer Abwesenheit vertritt O'Brien sie in der Schule. Während seiner Zeit als Lehrer bemerkt O'Brien, dass der Ferengi [[Nog]] einen schlechten Einfluss auf Jake Sisko , den Sohn des Commanders , hat und O'Brien teilt seine Bedenken Sisko mit. ({{DS9|Die Nachfolge}})

Wenig später wird der [[Rakhari]] [[Croden]] wegen Modes verhaftet und Sisko muss deswegen den Erstkontakt mit den Rakhari im Gamma-Quadranten aufnehmen. O'Brien hält dies für keine gute Art sich einem Volk vorzustellen. ({{DS9|Der Steinwandler}})