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Wenig später explodiert der cardassianische [[Frachter]] [[Bok'Nor|''Bok'Nor'']], als dieser Deep Space 9 verlässt. Es gibt keine Überlebenden. O'Brien beginnt zusammen mit Kira sofort zu ermitteln, was die [[Explosion]] auf den Frachter ausgelöst hat. Zu dieser Zeit haben die Föderation und die Cardassianer einen neuen Vertrag abgeschlossen und es wurde eine [[Entmilitarisierte Zone]] gegründet, allerdings müsse beide Großmächte einige Kolonien aufgeben. Sisko beginnt mit Commander [[Calvin Hudson]] weiter zu dieser Explosion zu ermitteln, da beide den neuen Friedensvertrag in Gefahr sehen. Schließlich mischen sich auch die Cardassianer in diese Ermittlung ein und Gul Dukat wendet sich an Sisko. Es kommt inzwischen zu Konflikten zwischen den Cardassianern und den Kolonisten in der Entmilitarisierten Zone und stellt sich heraus, dass die Kolonisten für den Anschlag auf die ''Bok'Nor'' verantwortlich sind. Wenig später wird auch Dukat von diesen Kolonisten entführt. Sisko will diese Kolonisten, welche sich [[Maquis]] nennen, aufsuchen und verfolgt die Spur von Dukats Entführern in die [[Badlands]] und nimmt dafür auch Bashir und Kira mit. Auf einen [[Asteroid]]en trifft Sisko auf den Maquis und unter den Anhängern befindet sich auch Siskos Freund Hudson. ({{DS9|Der Maquis, Teil I}})
Hudson erklärt Sisko, dass die Föderation die Kolonisten aufgegeben hat und das die Cardassianer Waffen in die Entmilitarisierte Zone schmuggeln. Sisko versucht Hudson zu überzeugen zur Sternenflotte zurück zu kehren, doch Hudson setzt Sisko, Kira und Bashir außer Gefecht. Die drei Offiziere kehren darauf auf die Station zurück und Sisko beauftragt O'Brien das Schiff zu orten auf dem Dukat entführt wurde. Inzwischen verhaftet Odo Quark, da er festgestellt hat, dass Quark Waffen an den Maquis verkauft. Sisko und Odo verhören darauf Quark und Quark verrät seine Geschäftspartner beim Maquis. Zur selben Zeit gelingt es O'Brien Dukat zu Orten und Sisko begibt sich mit einem Rettungsteam dorthin, um Dukat aus der Gewalt des Maquis zzu befreien. Später ist Sisko gezwungen eine Waffenlieferung des Maquis zu stoppen und es kommt zu einem Kampf im [[Weltraum]]. Mit O'Brien befindet sich Bashir auf der [[USS Mekong|USS ''Mekong'']] und greift die Maquis-Schiffe an. Sisko muss bei diesem Kampf wieder gegen seinen Freund Hudson kämpfen. Zwar kann der Maquis aufgehalten werden, aber Sisko weiß das die Lage in der Entmilitarisierte Zone angespannt bleiben wird. ({{DS9|Der Maquis, Teil II}})
Wenig später bittet Bashir O'Brien einige alte medizinische cardassianische Dateien aus dem Computerzu finden. Doch als O'Brien erklärt das dies einige Wochen dauert überdenkt der Arzt nochmals seine Bitte. ({{DS9|Das Implantat}})
Kurz darauf wird das Runabout von Bashir und Kira vermisst. Sisko beauftragt O'Brien nach dem vermissten Runabout zu suchen. Doch plötzlich taucht dieses auf und die beiden vermissten Offiziere erklären, dass sie im [[Spiegeluniversum]] gewesen sind. ({{DS9|Die andere Seite}})
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