Wenig später nehmen die [[Gründer]] die Führungsoffiziere der USS ''Defiant'' gefangen und führen eine Simulation durch, in der das [[Dominion]] einen Fuß in den [[Alpha-Quadrant]] setzt und die Kontrolle über [[Bajor]] übernimmt. Eddington greift in dieser Simulation Partei für die neue [[Allianz]] zwischen der [[Föderation]] und dem Dominion und wird später von [[Elim Garak]] außer Gefecht gesetzt. Doch die Simulation wird unterbrochen, als die Führungsoffiziere von [[Major]] [[Kira Nerys]] und Odo befreit werden. ({{DS9|Die Suche, Teil II}})

Einige Monate später stellt der [[Obsidianischer Orden|Obsidianische Orden]] zusammen mit dem [[Tal Shiar]] eine [[Cardassianisch-romulanische Flotte|vereinte Flotte]] auf, um einen Präventivschlag gegen die [[Heimatwelt der Gründer]] durch zu führen. [[Commander]] [[Benjamin Sisko]] übermittelt diesen Vorfall der Sternenflotte und will darauf mit der ''Defiant'' in den [[Gamma-Quadrant]]en fliegen und der Flotte folgen, da Odo und Garak gefangene an Bord der Flotte sind. Doch [[Admiral]] [[Toddman]] verbietet Sisko in den Gamma-Quadranten zu fliegen. Trotz des Verbotes tut Sisko es dennoch. Doch Eddington [[Sabotage|sabotiert]] auf direkten [[Befehl]] von Admiral Toddman die ''Defiant'', um diese an einer Verfolgung zu hindern. Die [[Tarnvorrichtung]] fällt aus und Eddington gibt seine Sabotage zu und erklärt auch seine [[Motiv]]e. Sisko will Eddington in sein [[Quartier]] sperren lassen, doch Eddington [[Versprechen|verspricht]] keine Sabotage mehr durch zu führen und Sisko lässt Eddington seine Arbeit fortsetzen. Die romulanische-cardassianische Flotte wird wenig später bei der [[Schlacht im Omarion-Nebel]] vernichtet, doch es gelingt der ''Defiant'' Odo und Garak zu retten. Darauf fliegt die ''Defiant'' zurück in den Alpha-Quadranten. ({{DS9|Der geheimnisvolle Garak, Teil II}})

Ende des Jahres nimmt Eddington an der [[Feier]] zur [[Beförderung]] von [[Captain]] Sisko teil. Als zu einem angeblichen [[Putsch]] auf der [[Tzenkethi]]-[[Heimatwelt]] kommt, fliegt die ''Defiant'' in diesen [[Sektor]], um die [[Kolonie]]n der Föderation vor einen möglichen Angriff der Tzenkethi zu schützen. Eddington nimmt an dieser [[Mission]] an Bord der ''Defiant'' teil und bekommt den Auftrag, [[Botschafter]] [[Krajensky]] zu schützen. Einige Zeit später sieht es so aus, als haben die Tzenkethi eine Kolonie der Föderation angegriffen und ein [[Krieg]] droht. Zur selben Zeit kommt es zu Systemausfällen an Bord der ''Defiant'' und Sisko vermutet einen Saboteur an Bord des Schiffes. Eddington bietet sofort an, zusammen mit Odo nach dem Saboteur zu suchen. Doch Sisko und [[Jadzia Dax]] finden einen anderen Weg, den Saboteur zu enttarnen, und es stellt sich heraus, dass Krajensky in Wirklichkeit ein Gründer ist. Der Gründer versucht einen Krieg zwischen der Föderation und den Tzenkethi auszulösen, damit das Dominion es so leichter hat, den Alpha-Quadranten zu erobern. Eddington und seine Sicherheitsleute versucht den flüchtigen Gründer zu finden. Während der Suche nach dem flüchtigen [[Krajensky (Gründer)|Wechselbalg]] bilden Eddington und Odo ein Team, um diesen schnell auf zu spüren. Doch inzwischen gelingt es dem Wechselbalg, [[Doktor]] [[Julian Bashir]] in ein Quartier zu sperren, und er sabotiert in dessen Gestalt einen [[Bluttest]] von Eddington und lässt es so aussehen, als sei Eddington der Gründer. Doch als der echte Bashir gefunden wird, flieht der Gründer wieder und Eddington wird wieder frei gelassen. Am Ende gelingt es Odo den Gründer aufzuhalten, indem er ihn tötet. [[Chief]] [[Miles O'Brien]] gelingt es darauf, die Sabotage des Gründers zu beseitigen und die ''Defiant'' kehrt in den [[Föderationsraum]] zurück. Dadurch bleibt der Frieden zwischen der Föderation und den Tzenkethi erhalten. ({{DS9|Der Widersacher}})

[[2372]] wollen einige [[Wissenschaftler]] vom [[Wissenschaftsministerium der Trill]] ein künstliches [[Wurmloch]] erzeugen und die Sternenflotte stellt dafür die ''Defiant'' zur Verfügung. Die ersten Tests verlaufen erfolgreich und Eddington überwacht diese Mission vom [[Maschinenraum]] aus. Beim zweiten Testlauf kommt es zu einem [[Unfall]] und das künstliche Wurmloch kollabiert und durch die [[Druckwelle]] wird die ''Defiant'' schwer beschädigt. Im Maschinenraum bricht ein [[Plasmafeuer]] aus und dadurch wird Eddington [[Verletzung|verletzt]]. Die Wissenschaftlerin [[Lenara Kahn]] wird von dem Feuer eingeschlossen und Eddington weiß noch nicht mal, ob sie noch am Leben ist. Da das [[Feuer]] den [[Warpkern]] bedroht, will Eddington eine Luke öffnen, damit das Feuer in den [[Weltraum]] entweichen kann, doch dies würde Khan töten. [[Jadzia Dax]] beschließt über ein [[Kraftfeld]] zu Khan zu gelangen und Eddington versucht das Kraftfeld so lange wie möglich stabil zu halten. Das Kraftfeld bricht kurz darauf zusammen, doch Dax kann Kahn gerade so noch in Sicherheit bringen, während es Eddington gelingt das Feuer zu löschen. ({{DS9|Wiedervereinigt}})

== Maquis ==

Während seiner Zeit bei der Sternenflotte wird Eddington Mitglied einer Widerstandszelle des [[Maquis]] in der [[Entmilitarisierte Zone|Demilitarisierten Zone]], wobei er zunächst seine Position als Sternenflottenoffizier ausnutzt und auf der Raumstation bleibt. Eddington nutzt seine Position als Sicherheitschef aus, um den Maquis mit Informationen zu versorgen. Zu der Zeit beliefert die Föderation zwölf [[Industriereplikator]]en an die [[Cardassianer]] und der [[Konvoi]] passiert auch Deep Space 9. Gleichzeitig [[Verdacht|verdächtigen]] Odo und Eddington [[Kasidy Yates]], die Freundin von Sisko, dass diese für den Maquis arbeitet. Sisko bittet die beiden, dass diese ein Auge auf Yates halten, um zu sehen, ob sich dieser Verdacht bestätigt. Die ''Defiant'' folgt unter dem Kommando von Worf der [[Xhosa|''Xhosa'']] in die [[Badlands]] und dort trifft sich Yates mit einem Maquis-Schiff. Nach diesen Ereignissen schlagen Odo und Eddington Sisko vor, Yates [[Verhaftung|verhaften]] zu lassen. Eddington schlägt vor sich persönlich um die Überwachung der Replikatoren zu kümmern, während Sisko persönlich mit der ''Defiant'' in die Badlands fliegt. Sisko überwacht die ''Xhosa'', aber diesmal erscheint kein Maquis-Schiff. Die ''Defiant'' wartet fünf Stunden und schließlich enttarnt sich man sich und Sisko stellt Yates zur Rede. Sisko und Odo verhaften darauf Yates, da diese Güter für den Maquis geliefert hat und Yates erklärt Sisko, dass sie den Auftrag gehabt hat in den Badlands zu warten. Zur selben Zeit stiehlt Eddington die Industriereplikatoren und setzt dabei Kira außer Gefecht. Eddington übergibt die Replikatoren dem Maquis und taucht unter. Sisko und Odo tun alles, um ihn zu finden, doch sie sind dabei erfolglos. Eddington sendet Sisko eine Botschaft, in der er seine Motive erklärt. Doch Sisko setzt nun alles daran, den [[Verräter]] auf zu spüren und zu verhaften. ({{DS9|In eigener Sache}})

[[2373]] steigt Eddington zum Führer einer Maquiszelle auf. In dieser Zeit schließt Eddington viele Freundschaften darunter mit [[Calvin Hudson]]. Während dieser Zeit lernt Eddington den Wert von richtiger [[Nahrung]] zu schätzen und er beginnt [[Replikator|repleziertes]] Essen zu verabscheuen. Eddington hat sogar seinen eignen [[Garten]], in dem er [[Pflanze]]n aufzieht. Wenig später lernt Eddington [[Rebecca Sullivan]] kennen. Die beiden [[Liebe|verlieben]] sich und [[Hochzeit|heiraten]] schließlich. ({{DS9|Glanz des Ruhms}})

Sisko versucht zur selben Zeit den Verräter Eddington auf zu spüren und schließlich findet er ihn auf [[Marva IV]]. Beide führen ein Streitgespräch über den Maquis und den Verrat von Eddington. Eddington bedroht Sisko darauf mit einer [[Waffe]], doch er lässt Sisko gehen und beamt auf sein Schiff. Sisko lässt darauf Eddington sofort mit der ''Defiant'' verfolgen. Zusammen mit der [[USS Malinche|USS ''Malinche'']] unter dem [[Kommando]] von Captain [[Sanders (Captain)|Sanders]] lässt Sisko Eddingtons Schiff verfolgen. Als die ''Defiant'' Eddingtons Schiff aufspürt, aktiviert Eddington einen [[Kaskadenvirus]], welcher den [[Computerspeicher]] der ''Defiant'' löscht und nun ist das Schiff kampfunfähig. Eddington meldet sich bei Sisko und erklärt, dass er die ''Defiant'' ziehen lässt, da er sich nicht im Krieg mit der Föderation, sondern mit den Cardassianern befindet. Da die ''Defiant'' nun außer Gefecht gesetzt ist, übergibt die Sternenflotte Sanders den Auftrag Eddington zu fangen. Inzwischen gelingt es Eddington mit Hilfe von [[Biologische Waffe|biologischen Waffen]] die [[Atmosphäre]] der cardassianischen Kolonie [[Veloz Prime]] zu [[Gift|vergiften]]. Da sich außer der ''Malinche'' kein weiteres Schiff der Sternenflotte im Sektor befindet, nimmt Sisko die schwer beschädigte ''Defiant'' um Eddington aufzuhalten. Inzwischen gelingt es Eddington mit einem Trick die ''Malinche'' außer Gefecht zu setzen. Später vergiftet Eddington auch [[Quatal Prime]] und die Cardassianer müssen auch diese Kolonie aufgeben. Die ''Defiant'' erreicht zwar den Planeten und hilft bei der [[Evakuierung]] der Cardassianer, doch Eddington kann wieder entkommen. Da Eddington immer wieder entkommen kann, bleibt Sisko nur eine Wahl: er muss auch zu einem Bösewicht werden. Sisko beginnt nun Maquiskolonien anzugreifen. Mit einem [[Trilithium]]-Sprengsatz vergiftet Sisko die Atmosphäre von [[Solosos III]]. Eddington kann nicht glauben, dass Sisko dazu in der Lage ist und als Sisko weitere Planeten des Maquis auslöschen will, ergibt sich Eddington. Darauf wird Eddington zurück zur Station gebracht und von Odo in Gewahrsam genommen. ({{DS9|Für die Uniform}})

Eddington wird auf eine [[Sternenbasis]] gebracht und verbringt die nächsten Monate in Haft. Während sich Eddington in [[Arrest]] befindet, hört er von [[Cardassias Anschluss an das Dominion]]. Eddington erfährt, dass der Maquis vollständig vom Dominion ausgelöscht worden ist und er macht sich Vorwürfe, dass mit seiner Hilfe einige seiner [[Freund]]e beim Maquis hätte gerettet werden können. Während seiner Haft muss Eddington an einigen psychologischen Sitzungen teilnehmen. ({{DS9|Glanz des Ruhms}})