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Wenig später fliegt die ''Enterprise'' zur [[Sternenbasis 6]], damit sich die Crew dort erholen kann. Allerdings bekommt die ''Enterprise'' den Auftrag nach der vermissten [[USS Intrepid (NCC-1631)|USS ''Intrepid'']] zu suchen. Die ''Enterprise'' findet auf dem Kurs der ''Intrepid'' eine Art Dunkelzone im Weltraum und fliegt in diese hinein. Während die ''Enterprise'' in die Zone rein fliegt, brechen viele der Crew zusammen und werden Ohnmächtig. McCoy kümmert sich in dieser Zeit um die Verletzten. Da sich aufgrund dieser Region die Crew immer schwächer wird, verabreicht McCoy einige Injektionen, welche die Crew wieder zu kräften bringen soll. Später stellt sich heraus, dass eine riesige [[Weltraumamöbe]] für diese Zone und der Vernichtung der ''Intrepid'' verantwortlich ist. Da die Weltraumamöbe eine große Gefahr für die Galaxie darstellt, erklärt sich McCoy sofort bereit mit einen Shuttle in die Amöbe hinein zu fliegen um diese zu untersuchen. Aber auch Spock meldet sich bereit, obwohl er sich der großen Gefahr, welche von der Amöbe ausgeht bewußt ist, die Amöbe zu untersuchen. Kirk entscheidet sich für Spock, da dieser logischer und rationaler als McCoy denkt und handelt. Spock findet heraus, dass die Amöbe kurz vor einer Zellteilung steht und Kirk ist gezwungen die Weltraumamöbe zu vernichten. Mit Hilfe von Spocks gesammelten Daten findet Kirk eine Möglichkeit die Amöbe zu vernichten. Die Amöbe wird durch eine [[Antimaterie]]-[[Explosion]] vernichtet und die ''Enterprise'' und auch Spocks Shuttle sind dadurch gerettet. ({{TOS|Das Loch im Weltraum}})
Einige Zeit später werden Kirk, Spock und McCoy von [[Bela Okmyx]] auf den Planeten [[Sigma Iotia II]] eingeladen. Doch der Planet wird von Gangstern regiert Okmyx fordert von Kirk Waffen. Als Kirk keine ausliefern will, werden die drei gefangen genommen. Doch den drei gelingt es zu entkommen. McCoy und Spock kehren auf die ''Enterprise'' zurück geraten später aber in eine weitere Falle von Okmyx und werden wieder gefangen genommen. Doch Kirk gelingt es die beiden zu retten. Später bekommt McCoy den Auftrag Okmyx zu bewachen, während Kirk und Spock versuchen eine Einigung zwischen den Gangsterbossen zu finden. Kirk findet schließlich eine Lösung und alle Gangsterbosse arbeiten nun friedlich mit Bela Okmyx zusammen. Später auf der Enterprise stellt McCoy fest, dass er seinen [[Kommunikator]] auf der Planetenoberfläche vergessen hat. McCoy macht sich schwere Vorwürfe, da er weiß das die [[Iotanier]] nund die Technik kopieren können. ({{TOS|Epigonen}}) Auf einen unbekannten Planeten erhält die ''Enterprise'' einen Notruf von den [[Kelvaner]]n. Doch dieser Notruf entpuppt sich als Falle und die Kelvaner nehmen das Außenteam gefangen. Wenig später gelingt es den Kelvanern die ''Enterprise'' zu übernehmen. Später tut Spock so, als währe er Krank und so dürfen McCoy und Spock zurück auf die ''Enterprise''. An Bord behandelt McCoy den scheinbar kranken Spock. Die Kelvaner fliegen wenig später mit der ''Enterprise'' zur [[Galaktische Barriere|Galaktischen Barriere]] und Spock und Scott wollen die ''Enterprise'' sabotieren, doch dies schlägt fehl. Nachdem die Enterprise die Barriere durchflogen verwandeln die Kelvaner fast die gesamte Crew in Kristallblöcke. McCoy muss mit ansehen wie sein gesamter Medizinischer Stab in Kristallblöcke verwandelt wird. Die einzigen die ihre normale Gestalt behalten sind Kirk, Spock, McCoy und Scott. Die ''Enterprise'' fliegt nun zur [[Andromeda-Galaxie]]. Spock erkennt das die Kelvaner [[Emotion]]en nicht verstehen und darauf versuchen die Vier Offiziere die Kelvaner zu verwirren. McCoy spritzt einen der Kelvaner ständig [[Formazin]] und dieser wird mit der Zeit immer nervöser. Auch bei den anderen Kelvanern zeigt diese List Wirkung. Die Kelvaner erkennen das sie in ihren menschlichen Körpern nicht mit Emotionen klar kommen und sie geben die ''Enterprise'' wieder frei und kehren auf den Planeten zurück, um sich dort eine neue Heimat zu errichten. ({{TOS|Stein und Staub}})
=== 2269 ===
Als Kirk vor dem Kampf mit den Romulanern steht, ist dieser sehr erschöpft und beginnt auch an sich zu zweifeln. Doch McCoy spricht seinem Freund Mut zu und versucht diesen Aufzubauen. Nach dem ausführlichen Gespräch setzt Kirk seine Mission fort und er kämpft erfolgreich gegen die Romulaner. ({{TOS|Spock unter Verdacht}})
McCoy macht sich Sorgen, als Kirk ein seltsames Verhalten im Bezug auf die Dikironium-Nebelkreatur zeigt. McCoy versteht nicht, warum Kirk diese Kreatur jagen will, anstatt eine wichtige Transportmission durch zu führen. McCoy ist sogar bereit seinen Freund bei der Sternenflotte, wegen seines seltsamen Verhalten zu melden. Doch später erkennt McCoy die große Gefahr, welche von der Kreatur ausgeht und McCoy versteht das Verhalten seines Freundes. ({{TOS|Tödliche Wolken}})
Kirks Freundschaft zu McCoy ist so innig, dass dieser McCoy sogar in seinem Testament erwähnt. 2268 bekommt McCoy dieses zu Gesicht als Kirk in der Interphase verschwindet und für tot erklärt wird. Als Kirk wieder an Bord der ''Enterprise'' auftaucht, leugnen Spock und McCoy sich das Testament angesehen zu haben. ({{TOS|Das Spinnennetz}})