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* Einige Zeit später übernimmt 2153 eine Gruppe fanatischer Pilger die ''Enterprise''. Archer übergibt das Kommando über die ''Enterprise'' an [[D'Jamat]] und Mayweather muss nun den Befehlen von D'Jamat gehorchen. Der Anführer der Gruppe, D'Jamat, befiehlt, zur Strafe für die Entweihung der Sphäre ein Crewmitglied hinzurichten. Archer wählt sich darauf selbst als Crewmitglied, welches hingerichtet werden soll und übergibt T'Pol das Kommando über die ''Enterprise''. Mit einem Trick wird vorgetäuscht, dass Archer einem Transporterunfall zum Opfer fällt, aber in Wirklichkeit wird er nur an einen anderen Ort des Schiffes gebeamt. ({{ENT|Das auserwählte Reich}})
* Anfang 2154 durchquert die ''Enterprise'' auf ihrer Reise nach Azati Prime eine Anomalie, die für Humanoide, mit Ausnahme von Phlox, tödlich ist. Die gesamte Crew wird in Stasis versetzt, während [[Phlox]] das Kommando über die ''Enterprise'' übernimmt. ({{ENT|Auf ärztliche Anweisung}})
* Die ''Enterprise'' erreicht 2154 sie nach mehreren Wochen [[Azati Prime]], wo die [[Xindi-Superwaffe]] gebaut wird. Archer beschließt, mit dem Shuttle in die Waffe einzudringen und sie von Innen heraus zu zerstören. Der Captain überträgt das Kommando an T'Pol. Nachdem er sich von T'Pol verabschiedet hat, verliert diese ihre emotionale Kontrolle. Sie übergibt das Kommando der ''Enterprise'' an Commander [[Charles Tucker III|Tucker]]. In der Folge greifen mehrere Xindischiffe an. T'Pol kommandiert das Schiff in dieser Situation ({{ENT|Azati Prime}}). T'Pol behält danach bis auf Weiteres das Kommando. ({{ENT|Countdown}}, {{ENT|Sturmfront, Teil I}}, {{ENT|Sturmfront, Teil II}})
* T'Pol übernimmt bei weiteren Außenmissionen Archers das Kommando über die ''Enterprise''. ({{ENT|Cold Station 12}}, {{ENT|Azati Prime}})
* Tucker und Sato infizieren sich 2154 während einer Außenmission mit einem unbekannten Silizium-Virus. Als Tucker und Sato im Sterben liegen, opfert sich Archer, um den beiden zu helfen, indem er sich selbst mit der Krankheit infiziert. Da er weiß, dass er auch bald sterben wird, überträgt der Captain das Kommando über die ''Enterprise'' an T'Pol. ({{ENT|Beobachtungseffekt}})