Das Körperinnere der Klingonen unterscheidet sich erheblich von dem menschlichen. Es gibt wesentlich mehr Redundanz ihrer Organe[[Organ]]e, eine Eigenschaft die sie [[brak'lul]] nennen. Dadurch können Klingonen auch schwere Verletzungen im Kampf überleben. Sie haben dreiundzwanzig Rippen[[Rippe]]n, drei Lungenflügel[[Lunge]]nflügel, zwei Lebern[[Leber]]n, ein acht-kammeriges [[Herz ]] und sogar doppelte Nervenfunktionen sowie mehrere [[Magen|Mägen]]. Der [[Medizin ]] wird in der klingonischen Gesellschaft ein recht geringer Stellenwert zugeschrieben abgesehen von der Gentechnik. Das ist vor allem auf ihre Krieger-Tradition zurückzuführen - ein verletzter Klingone überlebt, wird zum Sterben zurückgelassen oder vollzieht das [[Hegh'bat]], den rituellen Selbstmord ({{TNG|Die Operation}}).

Insbesondere weibliche Klingonen neigen zu einer Krümmung der [[Wirbelsäule]]. Dieser Defekt ist vererbbar, lässt sich aber durch vorbeugende Genmanipulation oder nachträgliche Operationen beheben ({{VOY|Abstammung}}).