Im 23. Jahrhundert der Original [[Zeitlinie ]] vermutet die [[Historiker]]in [[Marla McGivers]], dass er ein sogenannter ''[[Sikh]]'' ist, welche besonders gut ausgebildete Krieger sind und aus der nördlichen Region von [[Indien]] stamme.

Im Jahr [[1993]] tauchen plötzlich neben Khan plötzlich mehrere Augments auf, die es nach einer Weile schaffen, die Macht in mehr als 40 Ländern der [[Erde]] an sich zu reißen. Von [[1992]] bis [[1996]] herrscht Khan über mehr als ein Viertel der Menschheit, zu denen überwiegend die Ländereien von [[Asien]] und dem [[Mittlerer Osten|Mittleren Osten]] zählen. Dabei herrscht er wie ein Tyrann über <q>sein</q> Volk, wodurch es sowohl blutige Auseinandersetzungen als auch interne Machtkämpfe gibt.

Während der Mitte der [[1990er|90er]] Jahre des [[20. Jahrhundert]]s bekriegen sich die Augments gegenseitig. Andere Staaten nutzen diese Lage aus, um in einer Serie von Kämpfen den <q>Tyrannen</q> ihre Macht zu nehmen, die mit den Eugenischen Kriegen ihren Höhepunkt finden. Nachdem die meisten Augments gestürzt und ihre Reiche aufgelöst sind, gelingt es Khan sowie 84 seiner Anhänger zu fliehen. Sie schwören Khan Treue und geloben, für ihn zu leben und zu sterben.

[[Admiral]] [[Alexander Marcus]], der Oberbefehlshaber der Sternenflotte , lässt Khan aufwecken. Sein Plan ist es, Khans überlegenen Fähigkeiten zu benutzennutzen, um für die Sternenflotte neue [[Waffe]]n zu entwickeln, denn ein [[Krieg]] mit dem [[Klingonisches Reich|klingonischen Imperium]] steht kurz bevor.

[[Datei:USS Vengeance stürzt in der Bucht von San Francisco ab.jpg|thumb|Khan stürzt die ''Vengeance'' auf San Francisco]] James Kirk verfolgt auf Befehl von Admiral Marcus Khan mit der Enterprise nach Kronos und trifft dort auf klingonische Patrouillen, die von Kahn ausgeschaltet werden. Dieser ergibt sich Kirk, als er erfährt, dass die Enterprise die Langstreckentorpedos mit seiner Besatzung an Bord hat. Er klärt Kirk über Marcus Pläne und seine wahre Identität auf. Kurz darauf erscheint Admiral Marcus persönlich mit der ''Vengeance'' und fordert Khans Auslieferung. Als Kirk sich weigert, kommt es zum Kampf: Die ''Vengeance'' verfolgt die Enterprise bis zum Erdmond und schießt das Schiff kampfunfähig. Als die ''Vengeance'' überraschend durch Sabotage alle Energie verliert, entern Kirk und Khan das Schalchtschiff Schlachtschiff und schaffen es, die Mannschaft zu überwältigen. Khan wendet sich daraufhin gegen Kirk, tötet Marcus vor den Augen seiner Tochter [[Carol Marcus (Neue Zeitlinie)|Carol]], erzwingt die Herausgabe der Torpdedos, beamt alle Überlebenden auf die Enterprise und eröffnet schließlich das Feuer. Als überraschend die Torpedos explodieren und die ''Vengeance'' schwer beschädigen, wähnt Kahn seine Besatzung endgültig tot und stürzt das Schlachtschiff auf das Sternenflotten-Hauptquartier. Der Einschlag zerstört einen Teil der Innenstadt von San Francisco, Khan wird auf der Flucht von Spock nach einer wilden Verflogungsjagd gestellt und mit Hilfe Uhuras besiegt. Anders als in der ursprünglichen Zeitlinie kommt Khan jedoch nicht ums Leben. Er wird stattdessen wieder in den Kälteschlaf versetzt und zusammen mit seiner Besatzung auf unbestimmte Zeit an einem geheimen Ort "gelagert".

{{HGI|Laut dem [[Khan (Comic)|Comic ''Khan'']] wird Khan , nachdem die ''[[Botany Bay]]'' von Admiral Alexander Marcus vorgefunden wird, auf eine geheime Basis im Orbit von [[Io]] gebracht, wo . Dort löscht man sein Gedächtnis gelöscht wird und verändert chirurgisch sein Äußeres chirurgisch verändert wird, um seine wahre Herkunft zu verschleiern während der . Der Rest seiner Crew wird währenddessen nach London gebracht wirdgeschickt. Khan wird erklärt man, dass sein Name sei <em>John Harrison</em> sei und dass er arbeite für [[Sektion 31]]arbeite. Als Grund für seinen Gedächtnisverlust wird ihm eine gescheiterte Mission auf [[Kronos]] genannt. Er In der Folgezeit arbeitet er an dem Schlachtschiff [[USS Vengeance|USS ''Vengeance'']] und verbessert ihre Antriebs - und Waffensysteme. Bei einer Undercover-Mission vernichtet er den Klingonischen Mond [[Praxis]] und erinnert sich an seine tatsächliche Identität.}}