Wenig später befördert sie Paris wieder zum Lieutenant J.G. In diesem Augenblick empfängt man einen Notruf und folgt diesem. Man findet jedoch nur noch eine zerstörte Kolonie und einen Borg-Kubus vor. Janeway lässt daraufhin auf den alten Kurs zurückkehren und macht eine Logbucheintragung. Wenig später berichtet ihr Seven of Nine, dass sie während ihres Regenerationszyklusses Kontakt mit einer Gruppe abtrünniger Borg aufgenommen hat, die in ihrer Regeneration an einen virtuellen Ort namens [[Unimatrix Zero]] gelangen und dort als Individuen existieren können. Da das Kollektiv kurz davor steht, Unimatrix Zero zu vernichten, bitten sie um Hilfe. Janeway zeigt sich aufgeschlossen, will jedoch zunächst mehr Informationen sammeln, ehe sie zu einer Entscheidung kommt. Daher geht sie mit Tuvok und Seven of Nine eine Gedankenverschmelzung ein und ignoriert dabei die Bedenken des Doktors. Janeway gelangt so nach Unimatrix Zero und begibt sich mit Seven auf die Suche nach Axum. Als sie ihn finden, schlägt Janeway vor, nach einem Weg zu suchen, wie sie dem Kollektiv effektiv WIderstand entgegensetzen können, anstatt sich nur zu verstecken. Ihre Unterhaltung wird unterbrochen, als es der Königin gelingt drei Drohnen nach Unimatrix Zero zu bringen. Korok kann zwei der Drohnen mit seinem Bat'leth töten, wird jedoch von der Dritten niedergeschlagen. Janeway greift nach dem Bat'leth und tötet auch die dritte Drohne, wird dabei jedoch auch von der Königin beobachtet. Nach ihrer Rückkehr aus Unimatrix Zero spricht sie mit Chakotay in ihrem Bereitschaftsraum und bittet ihn, um seine Unterstützung bei ihrem Plan, Unimatrix Zero im Kampf gegen die Borg zu helfen. Mit seiner Zustimmung, bespricht Janeway mit Torres, dem Doktor und Seven of Nine in der Krankenstation das weitere Vorgehen. Sie planen einen Nanovirus am zentralen Plexus eines Borgschiffes freizusetzen und so den Mitgliedern von Unimatrix Zero zu ermöglichen, ihre Erinnerungen behalten zu können. Das einzige Borgschiff in Reichweite ist jedoch ein taktischer Kubus der Klasse 4, was Seven beunruhigt. Janeway spricht daher mit ihr und teilt ihr mit, dass sie Unimatrix Zero besuchen und ihnen mitteilen soll, dass sie sie nicht vergessen haben. Bei einer weiteren Besprechung offenbart Janeway, dass sie allein zum zentralen Plexus gelangen will. Dies akzeptieren ihre Führungsoffiziere jedoch nicht und so begleiten Tuvok und Torres den Captain bei dieser Mission. Wenig später kontaktiert die Borgkönigin die ''Voyager'' und bietet ihnen Transwarptechnologie gegen die Nichteinmischung in Unimatrix Zero. Dies lehnt der Captain jedoch ab. Sie begibt sich mit Tuvok und Torres in den Flyer. Sie entern den Kubus und schießen sich den Weg zum Plexus frei. Jedoch passen sich die Borg an und sie fliehen. Wenig später werden sie assimiliert und in Drohnen verwandelt. ({{VOY|Unimatrix Zero, Teil I}})