Wenig später wird der Bajoraner [[Ibudan]] tot in der [[Holosuite]] aufgefunden. Bashir leitet die medizinische Untersuchung in dem Fall und Odo beginnt mit den Ermittlungen. Mit der Zeit führen die [[Indiz]]ien auf Odo und dieser wird [[Verdacht|verdächtigt]] Ibudan [[Mord|ermordet]] zu haben. Bashir sammelt inzwischen [[Gen|Gen-Proben]] vom Tatort und untersucht diese. Bashir und Dax forschen gemeinsam und mit der Zeit entwickelt sich eine [[Zelle (Biologie)|Zellkultur]] die zu wachsen beginnt. Schließlich erkennt Bashir, dass sich aus dieser Zellkultur ein [[Klon]] von Ibudan entwickelt. Es stellt sich dadurch heraus, dass Ibudan in Wirklichkeit gar nicht ermordet worden ist, sondern das sein [[Ibudan (Klon 1)|Klon]] getötet wurde. Später kann Odo den echten Ibudan für den Mord an seinem Klon verhaften. Ibudan wollte diesen Mord Odo in die Schuhe schieben, um sich an Odo zu rächen, da Odo ihn vor Jahren verhaften lassen hat. Zu dieser Zeit ist Bashir ziemlich [[Eifersucht|eifersüchtig]] auf Sisko in Bezug auf Dax. Bashir denkt, Sisko und Dax könnten eine Beziehung beginnen, aber nach einem Gespräch mit diesem erfährt Bashir, dass Sisko kein Interesse an Dax hat und die beide nur Freunde sind. ({{DS9|Unter Verdacht}})

Wenige Wochen später löst [[Chief]] [[Miles O'Brien]] bei der Reparatur eines [[Replikator]]s eine Vorrichtung aus, durch die ein [[Aphasie|Aphasie-Virus]] über die Station verbreitet wird. Durch die Benutzung des Replikators wird der Virus verbreitet und O'Brien ist der erste Infizierte dieser Krankheit. Durch den [[Virus]] werden die neuralen und visuellen Reize vom [[Gehirn]] falsch verarbeitet. Bashir untersucht O'Brien und versucht heraus zu finden, was diese seltsame Aphasie auslöst. Doch Bashir findet keine Hinweise was diese Aphasie auslöst. Als Bashir erste Erkenntnisse über diese Krankheit Sisko erläutern will, erkrankt auch Dax an dieser Krankheit. Durch diese plötzliche Erkrankung findet Bashir heraus, dass ein Virus für diese Aphasie verantwortlich ist. Da immer mehr Personen an dieser Krankheit erkranken, wird die Station unter [[Quarantäne]] gestellt. Bei seinen Forschungen erkennt Bashir, dass sich der Virus mittlerweile über die [[Luft]] verbreitet. Während Bashir versucht ein Heilmittel zu finden, wird auch er infiziert. Major Kira gelingt es später zusammen mit dem Bajoraner [[Surmak Ren]], der Mitentwickler des Virus gewesen ist, ein Heilmittel zu finden. Surmak Ren bewundert den Erfolg von Bashir und knüpft daran an. Mit dem Heilmittel können die kranken Bewohner der Station behandelt werden. ({{DS9|Babel}})

Als ein [[Tosk]] aus dem [[Gamma-Quadrant]] auftaucht und auf Deep Space 9 herum geführt wird, ist dieser erstaunt eine Krankenstation vor zu finden. O'Brien stellt Tosk Bashir als Chefarzt vor. Später kehrt Tosk in den Gamma-Quadrant zurück. ({{DS9|Tosk, der Gejagte}})

Nach einer [[Expedition]] in den Gamma-Quadranten, wird eine junge Frau namens [[Vash]] mit nach Deep Space 9 gebracht. Die [[Offizier]]e an Bord der Station können sich nicht erklären, wie sie ohne das Wissen über das Wurmloch in den Gamma-Quadrant gekommen ist. Bashir untersucht diese nach Krankheiten, stellt aber fest, dass sie absolut gesund ist. Bei der Untersuchung von Vash [[flirt]]et Bashir mit ihr. Später stellt sich heraus, dass Vash mit [[Q]] zusammen im Gamma-Quadrant gewesen ist, allerdings will Vash nichts mehr mit Q zu tun haben. Als Vash gerade mit Q [[streit]]et, besucht Bashir sie in ihrem [[Quartier]] und Q verschwindet. Bashir will sich mit ihr im Replimat verabreden. Bei dem Gespräch erscheint Q heimlich hinter Bashir und schneidet Grimassen ohne dass es Bashir bemerkt. Wenig später wartet Bashir auf Vash im Replimat und bestellt einen [[Pfefferminztee]]. Da erscheint Q als [[Kellner]] und will ihm die Verabredung ausreden. Als sich Bashir dies nicht ausreden lässt, wird Bashir durch den Einfluss von Q müde und legt sich schlafen. Bashir verschläft die darauf folgenden Ereignisse, die beinahe zur Vernichtung der Station geführt hätten. Wenig später verschwindet Q wieder und Bashir erkundigt sich bei Dax ob er in der Zwischenzeit etwas verpasst hat. ({{DS9|"Q" – Unerwünscht}})

Wenig später wird bei einer Expedition in den Gamma-Quadranten eine fremde Technologie mitgebracht. Bashir hält dieses Gerät für einen medizinischen [[Scanner]] und möchte diesen untersuchen. Zu der Zeit dockt die [[USS Enterprise (NCC-1701-D)|USS ''Enterprise'' (NCC-1701-D)]] an Deep Space 9 an. Da die Station noch nicht über die geeigneten Mittel verfügt, untersucht Bashir das Gerät an Bord der ''Enterprise''. Er untersucht es unerlaubt auf der Krankenstation und [[Lieutenant Commander]] [[Data]] stellt ihn deswegen zur Rede. Bashir entschuldigt sich bei ihm und Data unterstützt Bashir darauf bei seiner Forschung. Bashir ist von Data fasziniert und erkundigt sich über Datas persönliche Funktionsweise. Bei dem [[Experiment]] mit dem Gerät geht aber etwas schief und Data wird von einen Plasmastrahl getroffen und verliert sein Bewusstsein. In diesem Zustand [[Traum|träumt]] Data zum ersten Mal und er will diesen Zustand weiter Erforschen. Bashir ist von diesen Ereignissen begeistert und hilft Data weitere Träume zu erleben. Nachdem das Experiment erfolgreich verlaufen ist und Data weitere Träume erlebt hat, erlaubt Data Bashir für seine Hilfe einen Bericht von diesen Ereignissen für das [[Kybernetik-Journal]] der Sternenflotte zu schreiben. Bashir bedankt sich dafür bei Data und wünscht angenehme Träume. ({{TNG|Der Moment der Erkenntnis, Teil I}})

Einige Zeit später verabreden sich Bashir und Dax im Replimat. Bashir möchte nach der Verabredung Dax in ihr Quartier begleiten, doch Dax lehnt dies ab und sie macht ihm klar, dass sie kein romantisches Interesse an ihm hat und geht. Bashir folgt ihr aber zu ihrem Quartier und sieht wie Dax von Fremden angegriffen und [[Entführung|entführt]] wird. Bashir versucht ihr zu helfen, aber die Angreifer können mit ihr entkommen. Bashir gelingt es mit letzter Kraft die Sicherheit zu rufen, doch die Entführer können mit ihrem Schiff entkommen. Mit dem [[Traktorstrahl]] von Deep Space 9 kann das fliehende Schiff jedoch aufgehalten werden. Die Entführer sind [[Klaestroner]]. [[Ilon Tandro]], welcher Dax entführt hat, hat einen Haftbefehl gegen sie und macht den vorherigen Wirt von Jadzia [[Curzon Dax]] für den Verrat an seinem [[Ardelon Tandro|Vater]] verantwortlich und will sie dafür anklagen. Sisko will dies aber nicht zulassen, da Curzon und Jadzia zwei unterschiedliche Personen sind. Es kommt zu einer [[Verhandlung]] wegen der [[Auslieferung]] von Dax. Bashir macht dort seine Aussage zu diesem Fall aus der medizinischen Sicht. Inzwischen findet Odo auf [[Klaestron IV]] [[Beweis]]e, dass Dax unschuldig ist. Durch die Beweise ist die Unschuld von Curzon Dax erwiesen und Ilon Tandro zieht seinen Haftbefehl zurück. ({{DS9|Der Fall Dax}})

Während einer Mission mit der [[USS Rio Grande|USS ''Rio Grande'']] erhalten Bashir und Kira einen [[Notruf]] von einem [[Kobliade|kobliadischen]] [[Frachter]]. Die beiden gehen den Notruf nach und begeben sich auf dem Frachter. Dort hilft Bashir den Kobliaden, aber [[Ty Kajada]] warnt Bashir davor, den in einem versiegelten Bereich befindlichen Verbrecher [[Rao Vantika]] zu helfen. Als Arzt hilft er ihm aber trotzdem. Bashir kann aber nicht mehr viel für ihn tun und Vantika stirbt. Bashir bemerkt nicht, dass Vantika seinen Geist in seinen [[Körper]] transferiert, als Vantika Bashir unerwartet [[Würgen|würgt]]. Vantika hat nun die Kontrolle über Bashirs Körper. Mit Hilfe von [[Quark]] und einigen Mittelsmännern gelingt es Vantika im Körper von Bashir die Kontrolle über den [[Deuridium]]-Frachter [[Norkova|''Norkova'']], der sich auf dem Weg vom Gamma-Quadranten zu Deep Space 9 befindet, zu übernehmen. Bashir versucht zu mit den Frachter zu fliehen, doch mit einem modifizierten Traktorstrahl, den Commander Sisko auf den den [[Frachter]] schießt, gelingt es Sisko, den fliehenden Vantika aufzuhalten. Vantika droht den Frachter zu vernichten und somit auch Bashir zu töten. Doch inzwischen erlangt Bashir durch den modifizierten Traktorstrahl kurzzeitig die Kontrolle über den Körper und deaktiviert die [[Schutzschild]]e des Frachters. Bashir wird auf Deep Space 9 zurück gebeamt und dort von Vantika befreit. Die Überreste von Vantika werden durch Kajada vernichtet. Nach diesen Ereignissen kann sich Bashir an nichts erinnern, was Vantika mit seinem Körper getan hat. ({{DS9|Der Parasit}})

Nur wenige Wochen später kommt eine [[Delegation]] der [[Wadi]] an Bord von Deep Space 9. Bashir bekommt mit Sisko Ärger, da dieser keine [[Galauniform]] dabei hat. Als die Wadi ankommen, wollen diese sofort ins [[Quark's]], um dort zu spielen. Als Quark die Wadi beim [[Dabo]] betrügt, wollen die Wadi mit Quark ein neues Spiel spielen. Das Spiel heißt [[Chula]]. Ohne Quarks Wissen werden Sisko, Kira, Bashir und Dax Spielfiguren in diesem Spiel. Bashir wacht in einem Raum auf und denkt, dass es sich um einen [[Albtraum]] handelt. Bashir schreit laut los, um so aus seinem Traum wach zu werden. Durch die Schreie von Bashir finden die anderen ihn. Bashir wird nun klar, dass es sich nicht um einen Traum handelt. Die vier Offiziere müssen unwissend das Spiel spielen und mehrere Aufgaben lösen. Eine davon ist die [[Chandra (Wadi)|Chandra]], die durch ein [[Kraftfeld]] springt. Bashir findet einen Lösungsansatz, aber dieser funktioniert nicht ganz und er wird von dem Kraftfeld getroffen. Erst Dax findet die Lösung und die Offiziere gelangen durch das Kraftfeld. Danach werden die Offiziere in einen Raum geführt, indem giftiges [[Gas]] austritt. Bashir findet hier die Lösung und trinkt das [[Getränk]] der Wadi und kann die anderen damit retten. Währenddessen bemerkt Quark, dass seine Spielfiguren die vier Offiziere sind und versucht diese sicher durch das Spiel zu bringen. Der nächste Spielzug verläuft schlecht für Quark; er verliert eine Figur. Im Spiel wird Bashir von einer Energieentladung getroffen und löst sich vor den Augen der anderen auf. Das Spiel läuft für Quark weiter schlecht und er muss eine Figur opfern. Da sich Quark nicht entscheiden kann, wählt das Spiel Dax aus. Doch Sisko will Kira und Dax durchbringen und dabei verlieren sie und stürzen in einen Abgrund. Quark hat somit das Spiel verloren, doch die vier Offiziere erscheinen wieder gesund im Quarks, da sich das ganze ja nur um ein Spiel gehandelt hat. ({{DS9|Chula – Das Spiel}})

Wenig später besucht der [[Großer Nagus|große Nagus]] [[Zek]] die Station, um dort eine wichtige [[Konferenz]] über die neuen Profitquellen im Gamma-Quadrant zu halten. Während der Konferenz ernennt Zek Quark zu seinem Nachfolger. Wenig später sieht es so aus als sei Zek verstorben und Quark übernimmt seinen neuen Posten als Nagus. Kurz darauf wird ein Anschlag auf Quark verübt. Bashir behandelt danach den verletzten Quark. Später stellt sich heraus, dass [[Krax]] der Sohn des Nagus für die Anschläge verantwortlich ist. Doch in Wirklichkeit ist Zek nicht Tod, dieser hat seinen Tod vorgetäuscht, um zu sehen ob sein Sohn Krax ein guter Nagus ist und von Quark die Macht ergreift. Doch in Zeks Augen hat sein Sohn versagt und Zek übernimmt wieder seinen Posten als Nagus. ({{DS9|Die Nachfolge}})

Bashir bleibt mit auf der Station, um diese gegen den Kreis zu verteidigen. Kira und Dax versuchen währenddessen den Beweis nach Bajor zu bringen, welcher Beweist, dass der Kreis von den Cardassianern mit Waffen beliefert wird. Einige Zeit später übernimmt eine militärische Einheit der Bajoraner die Station. Die Bajoraner such die Station ab, da diese vermuten das einige Offiziere der Sternenflotte sich noch versteckt halten. Während die Offiziere warten verpflegt O'Brien seine Kameraden mit [[Kampfration]]en, doch Bashir und die anderen sind nicht besonders begeistert davon. Als sich eine Gruppe bajoranische Soldaten in einen Frachtraum begibt, nimmt Bashir mit seiner Gruppe diese Gefangen. Die Sternenflottenoffiziere sorgen weiterhin für genügend Ablenkung und es gelingt ihnen genügend Zeit zu verschaffen, so dass Kira und Dax den Beweis überbringen können. Als die Bajoraner sehen, dass die Cardassianer hinter all dem stecken, wird der [[Putsch]] des Kreises beendet und die Föderationsangehörigen kehren nach Deep Space 9 zurück. Trotz des Siegs wird Li von [[Colonel]] [[Day Kannu]] erschossen. Bashir kann nichts für ihn tun und er stirbt. ({{DS9|Die Belagerung}})

Kurz darauf wird Deep Space 9 aufgrund eines [[Plasmasturm]]s vollständig evakuiert. Nur eine Notbesatzung, darunter auch Bashir bleibt zurück. Auch Quark bleibt wegen seinem Latinum auf der Station zurück. Quark versucht weiter Geschäfte zu machen und hat mit einem Söldner namens [[Yeto]] Kontakt. Quark manipuliert für ihn die [[Andockrampe]]. Kurz darauf erhält die Station einen Notruf von einem Schiff und Sisko lässt es an die Station andocken. Aufgrund von Quarks Manipulation können die Söldner, welche von dem Trill [[Verad]] angeführt werden, bewaffnet auf die Station eindringen. Bashir wird gezwungen Odo in einem Behälter zu sperren und in die [[Stasiskammer]] einzuschließen. Verad befiehlt Bashir den Symbionten von Jadzia zu entfernen und in Verad einzusetzen. Doch Bashir weigert sich, da er Jadzia nicht töten will. Darauf schießt Verad auf O'Brien und droht alle anderen zu töten. Da Jadzia nicht möchte, dass jemand wegen ihr stirbt, bittet sie Bashir den Symbionten zu entfernen. Die Operation verläuft zwar erfolgreich, aber aufgrund des Verlustes des Symbionten liegt Jadzia im Sterben. Bashir tut alles um sie am Leben zu erhalten, doch er macht sich schwere Vorwürfe. Quark, der wie die anderen Offiziere gefangen gehalten wird, erkennt seinen Fehler und dass er für den Tod von Jadzia verantwortlich sein wird. Er greift darauf den Klingonen [[T'Kar]] an und wird beim Angriff leicht verletzt. Auf der Krankenstation tut Quark so als ob er schwer verletzt ist und so gelingt es ihm und Bashir den Klingonen Yeto zu überwältigen und Odo zu befreien. Odo und Sisko gelingt es schließlich Verad und seine Söldner aufzuhalten. Im letzten Moment kann Bashir Jadzia ihren Symbionten zurückgeben und sie wird gerettet. ({{DS9|Der Symbiont}})

Als sich Bashir und Garak im Replimat treffen, wird Garak von dem cardassianischen Jungen [[Rugal]] angegriffen. Der Junge ist eine cardassianische Kriegswaise, welche auf Bajor zurückgeblieben ist. Plötzlich meldet sich Gul Dukat und zeigt großes Interesse an dem Jungen. Dukat ist besorgt, dass die cardassianischen Waisen auf Bajor dazu erzogen werden ihr eigenes Volk zu hassen. Garak vermutet jedoch, dass da etwas mit Rugal nicht stimmt und dieser erklärt Bashir, dass Cardassianer niemals Kinder zurück lassen würden. Garak erklärt auch das Dukat auch den Rückzug von Bajor überwacht hat. Als sich später Dukat meldet, wirft Bashir Dukat vor, dass er absichtlich die Kinder zurück gelassen hat. Sisko ist über Bashir verärgert, da er Dukat diese Vorwürfe gemacht hat, obwohl es sich nur um Vermutungen handelt. Bashir und Garak forschen darauf wegen den Kriegswaisen auf Bajor nach. In der Zwischenzeit stellt sich heraus, dass Rugal der Sohn von [[Kotan Pa'Dar]] , einem hohen Politikers, ist. Garak und Bashir finden heraus, dass Dukat hinter einer Konspiration steckt, welche Kotan Pa'Dar entmachten soll. Rugal ist das Opfer dieser Konspiration und verschwindet während der [[Cardassianische Besetzung von Bajor|Cardassianischen Besetzung von Bajor]] und wird für tot erklärt. Später soll er laut Dukat als Kriegswaise auftauchen und Kotan Pa'Dar als verantwortungslosen Vater darstellen. Damit hätte Kotan Pa'Dar seine Position in der Regierung verloren. Als Bashir Dukat dieses alles vorwirft, verlässt Dukat den Raum und gibt somit indirekt seine Schuld zu. Rugal kehrt zu seinem Vater nach Cardassia zurück. ({{DS9|Die Konspiration}})

Bashir und O'Brien arbeiten die nächsten Wochen lange zusammen, um alles für [[Melora Pazlar]], welche von einem Planeten mit niedriger [[Schwerkraft]] stammt, auf Deep Space 9 vorzubereiten. Pazlar will aufgrund ihr Behinderung in normaler Schwerkraft keine Hilfe von Fremden. Da Bashir ihr helfen will, ist sie auch zu ihm anfangs feindselig. Wenig später entschuldigt sich Pazlar für ihr Verhalten bei Bashir. Die beiden verabreden sich darauf im [[Klingonisches Restaurant auf Deep Space 9|klingonischen Restaurant]], doch Bashir hat etwas Schwierigkeiten bei der Bestellung und Pazlar hilft ihm bei der Bestellung des Essens. Mit der Zeit kommen sich die beiden näher und Pazlar zeigt Bashir wie es ist mit geringer Schwerkraft zu leben. Bashir schwebt in ihrem Quartier und darauf küssen die beiden sich. Wenig später findet Bashir eine Methode, wie sich Pazlar auch bei normaler Schwerkraft bewegen kann. Sie stimmt dieser Behandlung zu. Pazlar macht Fortschritte und kann sich mit der Zeit normal bewegen. Doch mit der Zeit kommen bei Pazlar Zweifel auf, da sie dadurch nie wieder in ihre Heimatwelt zurück kehren kann. Kurz darauf wir das Runabout, auf dem Pazlar arbeitet von dem Verbrecher [[Fallit Kot]] entführt und dieser nimmt Pazlar, Dax und Quark als Geiseln. Mit einem Traktorstrahl versucht Sisko das Runabout festzuhalten, doch um seine Macht zu demonstrieren, schießt Kot auf Pazlar. Bashir muss mit ansehen wie sie zusammen bricht. Das Runabout flieht in den Gamma-Quadrant und Sisko verfolgt dieses mit einem weiteren Runabout. Doch durch die Behandlung von Bashir hat der Schuss keine Folgen für Pazlar und sie deaktiviert die Schwerkraft und Kot verliert die Kontrolle über das Runabout. Pazlar setzt diesen außer Gefecht und Sisko und Bashir beamen auf das Runabout und bringen Kot in den Arrest. Auf Deep Space 9 erklärt Pazlar Bashir, dass sie die Behandlung abzubrechen will, da sie so nicht mehr auf ihrer Heimatwelt leben kann. Kurz darauf verlässt Pazlar wieder die Station. ({{DS9|Das "Melora"-Problem}})

Als Quark von einem Unbekannten angegriffen wird, behandelt Bashir den schwer verletzten Quark. Obwohl Quark in Lebensgefahr schwebt, gelingt es Bashir sein Leben zu retten. ({{DS9|Die Ermittlung}})

Einige Zeit später kommt ein Schiff mit Flüchtlingen aus dem Gamma-Quadranten nach Deep Space 9. Sisko nimmt die Flüchtlinge auf die Station auf. Bashir behandelt die Verletzten [[Skrreea]]. Da Bashir aber ein Mann ist, vertraut ihm [[Haneek]], die Anführerin der Skrreea nicht. Kira kann Haneek aber davon überzeugen, dass Bashir den Skrreea helfen kann und Bashir darf die Skrreea schließlich untersuchen. ({{DS9|Auge des Universums}})

Um sich mit O'Brien besser anzufreunden, lädt Bashir ihn zu einem Racquetballmatch ein. O'Brien nimmt widerwillig an, verliert aber gegen den überlegenen Bashir. O'Brien fühlt sich in seiner [[Ehre]] verletzt und fordert Bashir einige weitere Male heraus. Obwohl O'Brien weiterhin verliert, versucht er weiter gegen den Arzt zu spielen. Bashir macht sich inzwischen Sorgen um den Chief, da er nicht mehr der jüngste ist. Um O'Brien nicht zu überfordern, gelingt es Bashir mit einigen Tricks die Spiele vorzeitig abzubrechen. Zu der Zeit befindet sich der [[El-Aurianer]] [[Martus Mazur]] an Bord der Station. Dieser besitzt ein außerirdisches [[Glücksspiel|Glücksspielgerät]]. Zu der Zeit weiß niemand, dass seine Spielgeräte das Glück jeder Person auf der Station beeinflussen. Mazur eröffnet sein eigenes Lokal und wird somit einen direkter Konkurrent von Quark. Um sein Geschäft wieder aufleben zulassen, lässt Quark ein Racquetballmatch zwischen Bashir und O'Brien veranstalten. Doch beide weigern sich daran an diesem Spiel teilzunehmen. Allerdings erklärt Quark, dass er einen teil der Wetteinsätze für bajoranische Kriegswaisen zu spenden. Nun haben die beiden keine andere Wahl sie nehmen das Spiel an. Quark nimmt die Wetteinsätze auf den Sieger entgegen, um aber selbst zu gewinnen, versucht Quark Bashir mit einem Trank außer Gefecht zu setzen. Bashir durchschaut aber Quark und somit findet das Spiel zwischen O'Brien und Bashir ohne Quarks Manipulation statt. Obwohl Bashir wieder überlegen ist, scheint er in diesem Spiel nur Pech zu haben, während O'Brien jeden Ball trifft. Anhand dieses Spiels finden die Führungsoffiziere heraus, dass die Glücksspielgeräte von Mazur für den ganzen Zustand verantwortlich sind. Darauf vernichten Sisko und Dax die Geräte. ({{DS9|Rivalen}})

Bashir behandelt Dax, [[Mora Pol]] und [[Weld Ram]], nach dem diese durch den Einfluss eines [[Gas]]es auf [[L-S VI]] verletzt worden sind. Wenig später wird das Labor auf Deep Space 9 verwüstet. Die Offiziere glauben, dass eine Lebensform, welche das Forschungsteam mitgebracht haben, für diese Verwüstung verantwortlich ist. Es wird fieberhaft nach dieser Kreatur gesucht, doch O'Brien findet die Lebensform tot vor. Bashir untersucht die Überreste und stellt fest, dass diese Lebensform in Folge an [[Kohlendioxid]]mangel gestorben ist. Plötzlich taucht wieder eine Kreatur auf und greift den verletzten Mora und Bashir an. Bashir kann sich gerade so noch mit einem [[Laserskalpell]] schützen und die Kreatur vertreiben. Später stellt sich heraus, dass Odo diese Kreatur ist. Durch den Einfluss des Gases von L-S VI verwandelt sich Odo unbewusst in diese Kreatur. Sisko und ein Sicherheitsteam jagen nun Odo und nutzen Mora als Köder, um Odo in ein Kraftfeld zu sperren. Bashir und Mora entfernen danach die Spuren des Gases aus dem Körper von Odo. ({{DS9|Metamorphosen}})

Kurz darauf werden Bashir und O'Brien von den [[T'Lani]] und [[Kelleruner]]n, gebeten bei der Vernichtung einer [[biologische Waffe|biologischen Waffe]], genannt [[Harvester]], zu helfen. Nach einer Woche harter Arbeit gelingt es den Wissenschaftlern diese Waffe zu vernichten. Nachdem die Harvester fast vollständig vernichtet worden ist, werden die Forscher angegriffen und getötet. Als Bashir angegriffen wird, rettet O'Brien ihm das Leben. Alle Forscher kommen ums Leben und die Angreifer ziehen sich zurück. Doch da die beiden nicht auf ihr Runabout zurück beamen, können beamen sie auf den Planeten [[T'Lani III]], um sich dort in Sicherheit zu bringen. Die Botschafter der T'Lani und der Kelleruner erklären die beide Offiziere für tot und übermitteln dies Commander Sisko. Sisko will darauf eine [[Gedenkfeier]] für die beiden veranstalten. Zur selben Zeit versucht O'Brien auf der Planetenoberfläche Kontakt mit der Station herzustellen, allerdings stört ihn Bashir dabei. Darauf bittet O'Brien Bashir ihn erstmal in Ruhe zu lassen. Wenig später fühlt sich O'Brien erschöpft und matt. Bashir stellt darauf fest, dass sich O'Brien mit der Harvester infiziert hat und daran zu sterben droht. Bashir tut alles um seinen Freund zu retten und versucht eine Nachricht nach Deep Space 9 zu schicken, in der Hoffnung, dass beide gerettet werden. Auf Deep Space 9 erkennt [[Keiko O'Brien]], dass es sich bei der Aufzeichnung um eine Fälschung handelt, da sich ihr Mann anders Verhält als üblich. Sisko geht dem Verdacht von Keiko O'Brien nach und fliegt mit einem Runabout zu dem Planeten T'Lani III. Auf der Oberfläche geht es O'Brien immer schlechter, doch plötzlich tauchen die Botschafter beider Völker auf. Bashir glaubt an ihrer Rettung, doch die Botschafter erklären, dass die beiden getötet werden müssen, da die beiden über die Harvester Bescheid wissen. Als die beiden erschossen werden sollen, werden O'Brien und Bashir von Sisko auf das Runabout gebeamt. Die T'Lani und die Kelleruner greifen das Runabout zwar an, aber Sisko kann mit einer List entkommen. Auf Deep Space 9 kann Bashir O'Brien behandeln und rettet ihn somit das Leben. Nach diesen Ereignissen, bemerken die beiden das dieses Erlebnis sie zusammen geschweißt hat und sie nun Freunde geworden sind. ({{DS9|Das Harvester-Desaster}})

Während einer Mission wird O'Brien durch einen [[Replikant]]en von [[Parada II]] ersetzt. Dieser O'Brien weiß aber nicht das er ein Replikant ist und später als Attentäter fungieren soll. Bashir bekommt von Sisko den Auftrag O'Brien vollständig zu untersuchen, doch Bashir kann an O'Brien vorläufig nichts finden. Dem falschen O'Brien fällt inzwischen auf, dass sich alle seltsam Benehmen. O'Brien glaubt an eine Verschwörung und flieht von der Station zurück nach Parada II, um dort die Wahrheit raus zu finden. Sisko verfolgt O'Brien in einem Runabout und Bashir begleitet ihn dabei. Auf Parada II gelingt es den Offizieren den richtigen O'Brien ausfindig zu machen und Bashir behandelt diesen. Allerdings kommt dabei der Replikant ums Leben. ({{DS9|O'Briens Identität}})

Auf einen Transport lernt Bashir wenig später den jungen Trill-Kandidaten [[Arjin]] kennen. Er erzählt dem nervösen Trill alles über Dax, welche Arjin zur Vereinigung mit dem Symbionten vorbereitet soll. Arjin macht sich sorgen, da Dax dafür bekannt ist Trill-Kandidaten aus dem Trainingsprogramm fliegen zu lassen. Doch Bashir erklärt ihm das Jadzia Dax völlig anders als ihre vorigen Wirte ist. Später hilft Bashir bei der Erforschung eines [[Protouniversum]]s. Doch dieses wird zu einer Bedrohung, als sich das Protouniversum beginnt auszudehnen. Später bringen Dax und Arjin das Protouniversum zurück in den Gamma-Quadranten. ({{DS9|Der Trill-Kandidat}})

Einige Zeit später befinden sich Bashir und Garak im Replimat und unterhalten sich. Plötzlich tauchen drei Cardassianer auf. Bashir fällt an Garak auf, dass dieser sich sehr für sie interessiert. ({{DS9|Profit und Verlust}})

Wenig später explodiert der cardassianische [[Frachter]] [[Bok'Nor|''Bok'Nor'']], als dieser Deep Space 9 verlässt. Es gibt keine Überlebenden. Die Führungsoffiziere beginnen sofort zu ermitteln, was die [[Explosion]] auf den Frachter ausgelöst hat. Zu dieser Zeit haben die Föderation und die Cardassianer einen neuen Vertrag abgeschlossen und es wurde eine [[Entmilitarisierte Zone]] gegründet, allerdings müsse beide Großmächte einige Kolonien aufgeben. Sisko beginnt mit Commander [[Calvin Hudson]] weiter zu dieser Explosion zu ermitteln, da beide den neuen Friedensvertrag in Gefahr sehen. Schließlich mischen sich auch die Cardassianer in diese Ermittlung ein und Gul Dukat wendet sich an Sisko. Es kommt inzwischen zu Konflikten zwischen den Cardassianern und den Kolonisten in der Entmilitarisierten Zone und stellt sich heraus, dass die Kolonisten für den Anschlag auf die ''Bok'Nor'' verantwortlich sind. Wenig später wird auch Dukat von diesen Kolonisten entführt. Sisko will diese Kolonisten, welche sich [[Maquis]] nennen, aufsuchen und verfolgt die Spur von Dukats Entführern in die [[Badlands]] und nimmt dafür auch Bashir und Kira mit. Auf einen [[Asteroid]]en trifft Sisko auf den Maquis und unter den Anhängern befindet sich auch Siskos Freund Hudson. ({{DS9|Der Maquis, Teil I}})

Hudson erklärt Sisko, dass die Föderation die Kolonisten aufgegeben hat und das die Cardassianer Waffen in die Entmilitarisierte Zone schmuggeln. Sisko versucht Hudson zu überzeugen zur Sternenflotte zurück zu kehren, doch Hudson setzt Sisko, Kira und Bashir außer Gefecht. Die drei Offiziere kehren darauf auf die Station zurück. Inzwischen verhaftet Odo Quark, da er festgestellt hat, dass Quark Waffen an den Maquis verkauft. Sisko und Odo verhören darauf Quark und Quark verrät seine Geschäftspartner beim Maquis. Wenig später spürt Sisko die Maquis-Basis auf, wo Dukat gefangen gehalten wird. Sisko, Bashir und Odo gelingt es Dukat aus der Gewalt des Maquis zu befreien und einige Anhänger des Maquis zu verhaften. Später ist Sisko gezwungen eine Waffenlieferung des Maquis zu stoppen und es kommt zu einem Kampf im [[Weltraum]]. Mit O'Brien befindet sich Bashir auf der [[USS Mekong|USS ''Mekong'']] und greift die Maquis-Schiffe an. Sisko muss bei diesem Kampf wieder gegen seinen Freund Hudson kämpfen. Zwar kann der Maquis aufgehalten werden, aber Sisko weiß das die Lage in der Entmilitarisierte Zone angespannt bleiben wird. ({{DS9|Der Maquis, Teil II}})

Als sich Garak und Bashir über cardassianische Literatur unterhalten, zeigt Garak Schmerzsymptome. Bashir will Garak auf die Krankenstation bringen und ihn dort untersuchen, doch Garak verweigert dies. Bashir versteht nicht, warum sich Garak nicht von ihm helfen lassen will. Wenig später sieht Bashir Garak bei Quark. Als sich Bashir bei Quark über Garak erkundigt, erklärt Quark das Garak nur Material für sein Geschäft kaufen wollte. Doch Bashir glaubt Quark nicht und forscht weiter. Wenig später findet Bashir Garak betrunken bei Quark vor. Bashir will nun Garak untersuchen, doch er weigert sich. Plötzlich bricht Garak zusammen und Bashir bringt diesen auf die Krankenstation. Dort stellt Bashir fest, dass in Garak ein Implantat implantiert ist, welches ausgefallen ist. Durch Odo erfährt Bashir, dass Quark im Auftrag Kontakt mit einigen cardassianischen Offizieren hat, um an ein neues Implantat zu gelangen. Bashir erfährt auch etwas über die Vergangenheit von Garak und das dieser etwas mit dem [[Obsidianischer Orden|Obsidianischen Orden]] zu tun hat. Als Bashir auf die Krankenstation zurück kehrt, ist Garak verschwunden und Bashir findet diesen in seinem Quartier vor. Von Garak erfährt Bashir, dass das Implantat [[Endorphin]]e frei setzt und er mittlerweile davon abhängig ist. Um Garaks Leben zu retten, deaktiviert Bashir das Implantat. Garak erzählt Bashir mehrere Lügengeschichten, wie er dieses Implantat erhalten hat. Als Garak allerdings unter Entzugserscheinungen leidet beschimpft er Bashir und erzählt wie er sein Leben hasst. Doch um Garaks Leben zu retten, begibt sich Bashir zu [[Enabran Tain]], dem ehemaligen Chef des Obsidianischen Ordens. Von ihm bekommt Bashir ein neues Implantat und kann damit Garaks Leben retten. Garak entschuldigt sich daraufhin für sein Verhalten und er ist Bashir sehr dankbar, dass dieser sein Leben gerettet hat. ({{DS9|Das Implantat}})

=== 2371 ===

Nach dem Angriff auf die ''Odyssey'' ist sich die Föderation der Gefahr durch das Dominion bewusst. Auf Deep Space 9 bereiten sich die Offiziere auf eine [[Invasion]] des Dominions vor. Es finden in dieser Zeit Simulationen statt, um sich auf den Angriff des Dominions vorzubereiten. Allerdings verlaufen die Simulationen schlecht für die Station, da die Jem'Hadar bei einem Angriff auf die Station überlegen sind. Deswegen bekommt Commander Sisko für Deep Space 9 die [[USS Defiant (NX-74205)|USS ''Defiant'' (NX-74205)]] zugeteilt. Sisko hat den Auftrag Kontakt mit den [[Gründer]]n des Dominions aufzunehmen. Die ''Defiant'' ist für diese Mission mit einer [[Romulaner|romulanischen]] [[Tarnvorrichtung]] ausgestattet. Bashir begleitet Sisko mit in den Gamma-Quadranten, allerdings muss dieser vorher noch die Krankenstation an Bord der ''Defiant'' aufrüsten. Bei der Mission wird die ''Defiant'' von den [[Jem'Hadar]] angegriffen und schwer beschädigt. Bei den Kampf übernimmt Bashir die [[Conn]], aber schließlich wird die ''Defiant'' von den Jem'Hadar übernommen und nur Kira und Odo können entkommen. Auf der Brücke kämpft Bashir gegen die Jem'Hadar, doch dieser wird beim Kampf überwältigt. Die ''Defiant'' wird darauf zur [[Heimatwelt der Gründer]] gebracht. ({{DS9|Die Suche, Teil I}})

Die Gründer erzeugen für die bewusstlosen Offiziere eine Illusion, was geschehen wird, wenn das Dominion Fuß im Alpha-Quadrant fasst und die Kontrolle über Bajor übernimmt. In dieser Illusion drohen durch den Kontakt mit dem Dominion Konflikte im Alpha-Quadranten auszubrechen, unter anderem ein Krieg mit den Romulanern. In dieser Simulation verletzen die Jem'Hadar O'Brien und Bashir muss eingreifen. Bashir versteht einfach nicht, dass die Jem'Hadar aufgrund der neuen Allianz sämtliche Gesetze der Föderation brechen dürfen. Da Sisko und die Führungsoffiziere durch die neue Allianz mit dem Dominion und deren Übernahme von Bajor eine Bedrohung sehen, beschließen diese das Wurmloch zu versiegeln. Bashir und die anderen Offiziere werden kurz darauf von Odo und Kira, welche sich ebenfalls auf dem Planeten befinden, befreit und stellen fest das es sich um eine Illusion gehandelt hat. Es stellt sich schließlich heraus, dass Odos Volk die Gründer des Dominions sind. Die ''Defiant'' kehrt nach diesen Ereignissen nach Deep Space 9 zurück. ({{DS9|Die Suche, Teil II}})

Wenige Wochen später leidet Dax unter starken [[Halluzination]]en und sie verliert mehrmals ihr Bewusstsein. Bashir tut alles um ihr zu helfen, aber es gelingt ihm nicht. Da Bashir Dax nicht helfen kann, bringt die ''Defiant'' Dax zu ihren Heimatplaneten [[Trill (Planet)|Trill]]. Während des Fluges zum Planeten wünscht Dax die Gesellschaft von Bashir und möchte in seinem Quartier mit Übernachten. Doch auf Trill sinken die [[Isoboramin]]werte von Dax und diese droht daran zu sterben. Bashir kümmert sich auch auf Trill um Dax. Es stellt sich heraus, dass es Probleme mit einen der Wirte von Dax gibt. Die Erinnerungen von [[Joran Belar]] wurden im [[Dax (Symbiont)|Dax-Symbionten]] unterdrückt. Schließlich werden die unterdrückten Erinnerungen in Dax freigesetzt und Jadzia wird gerettet. ({{DS9|Das Equilibrium}})

Kurz darauf kauft Quark die Trümmerteile eines im Gamma-Quadranten abgestürzten Raumschiffs. In diesen Trümmern befindet sich jedoch ein [[Baby]]. Quark bringt das Kind zu Bashir und dieser untersucht es. Das Baby scheint zwar gesund zu sein, allerdings kann Bashir die Spezies des Babys nicht zu ordnen. Allerdings stellt Bashir fest, dass das Baby einen erhöhten Stoffwechsel hat. Das Baby entwickelt sich innerhalb von wenigen Stunden zu einem Teenager. Bashir wundert sich über die Entwicklung, aber er stellt fest, dass dies bei seiner Spezies normal zu sein scheint. Innerhalb von wenigen Stunden wächst der Junge heran und es stellt sich heraus, dass es sich um einen Jem'Hadar handelt. Dieser greift Bashir an, aber Odo kann ihn unter Kontrolle bringen. Die Sternenflotte wünscht die Auslieferung des Jungen, da diese so ein Jem'Hadar untersuchen kann. Doch Bashir und Odo sind dagegen und wollen nicht das der Junge als Versuchsobjekt endet. Während seiner Arbeitet findet Bashir heraus, dass die Jem'Hadar die [[Droge]] [[Ketracel-White]] zum Überleben benötigen. Odo versucht inzwischen den Jem'Hadar zu zähmen, aber der Jem'Hadar will nichts anderes als kämpfen und töten. Odo sieht schließlich ein, dass er den Jem'Hadar nicht helfen kann und bringt ihn zurück zu seinem Volk. ({{DS9|Der Ausgesetzte}})

Bei der Löschung einiger Programme in der [[Erzverarbeitungsanlage]] aktiviert O'Brien aus Versehen das [[Antirebellionsprogramm]] der Cardassianer. Kira, Dax und Bashir versuchen das Programm von der Ops aus zu deaktivieren, doch ihnen gelingt dies nicht und auch Odo hat, trotz cardassianischer Sicherheitsberechtigung keine Möglichkeit das Programm zu deaktivieren. Inzwischen wird die nächste Stufe des Antirebellionsprogramms gestartet und Deep Space 9 wird durch [[Kraftfeld]]er abgesichert. Dadurch sitzen Bashir und die anderen Offiziere auf der Ops fest. Als die nächste Stufe des Programms gestartet wird, droht [[Neurozingas]] in den [[Habitatring]] auszuströmen und dort alle Personen zu töten. Dax versucht dies zu verhindern und deaktiviert die [[Lebenserhaltungssystem]]e. Dabei wird Dax verletzt und Bashir behandelt diese. Durch die Deaktivierung der Lebenserhaltungssysteme wird die nächste Stufe des Programms aktiviert und die [[Selbstzerstörung]] von Deep Space 9 wird eingeleitet. Als man versucht diese zu deaktivieren, wird die nächste Stufe aktiviert und die Offiziere werden von einem [[Phaser]] beschossen. Schließlich kommt Dukat an Bord und warnt Bashir, da dieser fast vom Phaser getroffen wird. Dukat deaktiviert danach den Phaser. Dukat stellt einige Forderungen, damit er seine Kommandocodes eingibt, doch Kira geht nicht darauf ein. Als sich Dukat darauf wieder weg beamen will, aktiviert sich eine weitere Stufe des Programms und Dukats Kommandocodes werden ungültig. Dukat sitzt nun mit den anderen auf der Station fest und ihm gelingt es weder, die Selbstzerstörung abzuschalten, noch die Flucht. Sisko und O'Brien gelingt es zur selben Zeit die Energie, welche für die Vernichtung der Station verantwortlich ist, umzuleiten und sie können so das Programm endgültig deaktivieren. ({{DS9|In der Falle}})

Trotz der Gefahr durch das Dominion führt die Föderation weitere Forschungsmissionen im Gamma-Quadranten durch. Im [[Trialus-System]] taucht plötzlich ein Planet aus dem Nichts heraus auf. Die Bewohner des Planeten rufen die ''Defiant'' und laden die Offiziere auf ihren Planeten [[Meridian]] ein. Die Bewohner erklären Sisko, dass ihr Planet immer für 60 Jahre in eine andere Dimension springt und sie dort als reine Gedanken leben, doch nun bleibt der Planet vorerst für die nächsten 12 Tage an diesem Ort. Darauf beamt ein Außenteam auf den Planeten. Bashir gefällt der Planet sehr und er nimmt an dem Essen mit den Bewohnern teil. In dieser Zeit verliebt sich Dax auf dem Planeten in [[Deral]]. Um auf Meridian bleiben zu können, nachdem der Planet in die andere Dimension wechselt, muss Bashir die [[Molekül]]e von Dax ändern. Aber dies funktioniert nicht und durch Dax Anwesenheit wird der Übergang in die andere Dimension gestört und sie droht dabei zu sterben. Im letzten Moment kann Dax auf die ''Defiant'' gebeamt werden und der Planet verschwindet ohne sie. ({{DS9|Meridian}})

Als Major Kira unter starken [[Stress]] steht, verordnet Bashir ihr, sich im Quarks zu entspannen. Sie bekommt dort zur Auswahl, ein Glas [[Karvino-Saft]], [[Lorvan-Cracker]], einen [[Jumja-Stick]], Spielmarken und ein Besuch in der Holosuite. Bashir verordnet ihr, dass sie zwei von diesen Dingen nutzen muss. Quark bekommt von Bashir den Auftrag Kira zu überwachen, damit sie sich entspannt. ({{DS9|Defiant}})

[[Datei:Sisko und Bashir in der Vergangenheit.jpg|thumb|Sisko und Bashir sitzen in der Vergangenheit fest.]]

Einige Zeit später werden die Führungsoffiziere von Deep Space 9 zu einem [[Symposium]] auf der Erde eingeladen. Die ''Defiant'' fliegt darauf zur Erde und Sisko, Bashir und Dax beamen darauf auf die Erde. Doch es kommt zu einem Transporterunfall und die Offiziere kommen nicht auf dem Symposium an, sondern landen in der Vergangenheit. Bashir und Sisko erwachen in [[San Francisco]] im Jahr [[2024]]. Die beiden werden von zwei Aufsehern gefunden und da sich die beiden nicht ausweisen können, werden Sisko und Bashir in eine [[Schutzzone]] gebracht. In diesen Schutzgebieten leben zu dieser Zeit, Arbeitslose und Behinderte, die dort versorgt werden sollen. In Wirklichkeit herrscht in diesen Gebieten große Armut. Sisko und Bashir versuchen aus dieser Schutzzone zu entkommen, aber dies gelingt ihnen nicht. Den beiden gelingt es, dort heimische Kleidung zu bekommen und sich mit einigen Einwohnern der Schutzzone anzufreunden. Eines Abends wird Bashir von [[Biddle Coleridge]] angegriffen und dieser will Bashirs [[Rationskarte]] stehlen. Doch plötzlich greift [[Gabriel Bell]] ein und beschützt Bashir vor Coleridge. Coleridge tötet darauf Bell, nimmt stattdessen seine Rationskarte und verschwindet. Sisko bemerkt sofort, dass durch diesen Mord die [[Zeitlinie]] verändert worden ist. Kurz darauf brechen Unruhen in den Schutzzonen aus. Damit die Zeitlinie erhalten bleibt, übernimmt Sisko die Rolle von Gabriel Bell. ({{DS9|Gefangen in der Vergangenheit, Teil I}})

Wenig später ist Bashir begeistert von den [[Zaubern|Zaubertricks]] von Dax. Er beobachtet sie gern dabei und er lernt auch von ihr einige Tricks um Quark zu ärgern. Später als [[Lenara Kahn]] an Bord der Station kommt, bittet Dax Bashir zu einer gemeinsamen Verabredung mit ihr und Kahn. Khan und Dax sind in einem früheren Leben verheiratet gewesen. Damit es nicht so aussieht, dass die beiden eine romantische Verabredung haben, begleitet Bashir sie, obwohl er zu Beginn nicht will. Dax und Khan unterhalten sich bei der Verabredung über ihre früheren Leben und Bashir beginnt sich sehr schnell zu langweilen. Erst als er wegen eines medizinischen Notruf gerufen wird, kann dieser endlich zu seiner Erleichterung gehen. Khan und Dax scherzen daraufhin, dass Bashir Dax diesen langweiligen Abend nie verzeihen wird. ({{DS9|Wiedervereinigt}})

Kurz darauf verlässt Nog Deep Space 9 um auf die Sternenflottenakademie zu gehen. Zum Abschied verkauft Nog all seine Sachen. Dax kauft Nog ein erotisches Holosuite-Programm ab und schenkt dieses Programm Bashir. Später schenken O'Brien und Bashir Nog zum Abschied einen Reiseführer über die Erde und Nog nimmt diesen Dankbar entgegen. ({{DS9|Kleine, grüne Männchen}})

Bashir befindet sich mit im Quark's als der [[Dahar-Meister]] [[Kor]] seine Geschichten erzählt, aber Bashir hält diese für übertrieben. ({{DS9|Das Schwert des Kahless}})

Wenige Wochen später spielt Bashir neues Holosuitprogramm, als Garak ihn in der Holosuite besucht. In diesem [[Julian Bashir, Geheimagent|Holosuitprogamm]] ist Bashir ein [[Julian Bashir (Geheimagent)|Geheimagent]] im Jahr [[1964]]. Bashir ist über Garak verärgert, da dieser einfach die Holosuite betreten hat und ihn bei seinem Spiel beobachtet hat. Trotzdem erlaubt Bashir Garak bei diesem Programm mit zu machen. Zur gleichen Zeit kehren die Führungsoffiziere von einer Konferenz zurück, allerdings wird ihr Runabout [[USS Orinoco|USS ''Orinoco'']] von einer cardassianischen Gruppe, welche sich [[Der wahre Weg]] nennt, sabotiert. Wenig später explodiert das Runabout, allerdings gelingt es Sisko, Kira, Worf, Dax und O'Brien sich von Bord zu beamen. Durch die Explosion werden die Muster der Offiziere im Musterpuffer der Station gespeichert, doch da sich dort die Muster schnell zersetzen, werden die Musterdaten, auf Befehl von [[Michael Eddington]], im Computer der Station intrigiert und so gelangen auch die Daten in Bashirs Programm. Als Bashir Kira plötzlich in seinem Programm sieht, hält er dies anfangs für einen [[Scherz]], doch Kira scheint Bashir nicht wieder zu erkennen. Lieutenant Commander Eddington informiert Bashir darauf über die aktuelle Lage und das er das Programm weiter laufen lassen muss, damit die Muster der Personen nicht verloren gehen. Bashir ist nun gezwungen das Programm durch zu spielen um seine Freunde zu retten. Inzwischen versuchen Eddington und Odo einen Weg zu finden die Muster der Offiziere aus der Holosuite zu bekommen. Plötzlich taucht O'Brien in der Rolle des [[Falcon]] auf und bedroht Bashir und Garak. Doch Bashir gelingt es diesen außer Gefecht zu setzen, doch dabei wird Garak verletzt und beide erkennen, dass die [[Schutzvorrichtung]] der Holosuite nicht funktioniert. Trotz allem spielen Bashir und Garak das Programm weiter durch und dabei geraten beide mehrmals in Lebensgefahr. Garak will darauf das Programm beenden, um sein Leben zu retten. Doch Bashir schießt Garak nieder, um so das Leben seiner Freunde zu schützen. Garak ist von Bashir positiv überrascht, da er nicht damit gerechnet hat das dieser auf ihn schießt. Inzwischen gelingt es Eddington, Odo und Rom den Transporter der ''Defiant'' mit der Holosuite zu verbinden und die Muster werden schließlich heraus gebeamt. ({{DS9|Unser Mann Bashir}})

Nachdem die Gründer einen Anschlag auf der Erde verübt haben, ist Bashir in schlechter Stimmung. In dieser Zeit versuchen sich Bashir und O'Brien auf der Holosuite abzulenken. Auf der Erde findet Captain Sisko inzwischen heraus, dass Admiral [[Leyton]] einen [[Militärputsch (2372)|Militärputsch]] plant. Sisko beordert die ''Defiant'' zur Erde, welche Beweise für den Putsch von Leyton hat. Leyton will dies verhindern und lässt die ''Defiant'' von der [[USS Lakota|USS ''Lakota'']] angreifen. Es gibt Tote und Verletzte an Bord der ''Defiant'' und Bashir muss diese behandeln. Schließlich bricht die ''Lakota'' den Angriff auf die ''Defiant'' ab, als ihr Captain [[Erika Benteen]] den Verrat von Leyton erkennt. Später wird Leyton von Sisko gezwungen zurückzutreten. ({{DS9|Die Front|Das verlorene Paradies}})

Wenige Wochen später führt Bashir einige [[Impfung]]en an Kira durch, da diese eine Konferenz der Cardassianer und Bajoraner auf dem Planeten Korma besuchen will. Als Bashir die Nebenwirkungen der Impfungen sieht, ist dieser froh das er nicht nach Cardassia muss. ({{DS9|Zu neuer Würde}})

Wenig später kommt der Klingone [[Kurn]] an Bord der Station, allerdings ist dieser betrunken und bedroht Odo und seine Sicherheitsoffiziere. Schließlich kommt Worf hinzu, um sich um seinen Bruder zu kümmern. Kurn will, dass Worf bei ihm das [[Mauk-to'Vor]] durchführt, damit dieser einen ehrenvollen Tod stirbt. Doch Dax findet heraus, dass Worf seinen Bruder töten will. Sie und Odo versuchen Worf aufzuhalten, doch sie kommen zu spät Worf hat das Messer schon in den Körper von Kurn gestoßen. Dax beamt Kurn sofort auf die Krankenstation und Odo droht Worf, falls dieser stirbt er Worf wegen Mordes anklagen wird. Bashir gelingt es jedoch das Leben von Kurn zu retten. Wenig später dockt die schwer beschädigte [[IKS Drovana|IKS ''Drovana'']] an der Station an und Bashir kümmert sich um die verletzten Klingonen. Da das Schiff an einer verdeckten Mission gegen die Föderation arbeitet, verändert Bashir vorübergehend die DNS und das Aussehen von Worf und Kurn, damit die beiden unbemerkt auf das klingonische Schiff gelangen können. Worf und Kurn können an Bord ihre Mission erfüllen, aber dennoch hat Kurn nun endgültig seinen Lebenswillen verloren und will nur noch sterben. Für Worf gibt es nur noch einen Weg das Leben seines Bruders zu retten, er lässt von Bashir das Gedächtnis von Kurn löschen und Kurn bekommt eine neue Identität als [[Rodek]], damit dieser ein neues Leben beginnen kann. ({{DS9|Die Söhne von Mogh}})

Einige Zeit später bricht Rom im Quark's zusammen und wird auf die Krankenstation gebracht. Bashir entdeckt bei Rom eine Infektion des [[Trommelfell]]s, an der Rom hätte sterben können. Als Bashir von Rom von den Schrecklichen Bedingungen im Quark's erfährt, rät er Rom eine [[Gewerkschaft]] zu gründen. Als Quark wenig später seinen Angestellten den Lohn kürzt, treten Rom und die anderen Angestellten in den Streik. Die Angestellten kämpfen um ihre Forderungen nach mehr Lohn und besseren Arbeitsbedingungen. Wenig später wetten Bashir und O'Brien vor der Bar, wer den Streik unterstützt oder die Bar besucht. Als Worf unerwartet die Bar besucht, wollen die beiden ihn aufhalten. Es kommt zu einer kleinen Rangelei in der Bar und Bashir wird von Worf über den Tisch geworfen. Odo greift schließlich ein darauf werden die Drei in eine [[Arrestzelle]] gebracht. Zur Strafe für dieses Verhalten lässt Sisko die Drei über Nacht dort. Kurz darauf geht Quark auf die Forderungen seines Bruders ein und der Streik wird beendet. ({{DS9|Der Streik}})

Als Keiko O'Brien nach einem Jahr von Bajor nach Deep Space 9 zurück kehrt, hilft Bashir O'Brien beim Aufräumen seines Quartiers. Da O'Brien sich nun um seine Familie kümmern muss, hat er jetzt weniger Zeit für seinen besten Freund Bashir. Anstatt mit O'Brien verbringt Bashir seinen Dartabend mit Morn, aber das ist nicht das gleiche wie mit O'Brien. Auch Keiko O'Brien bemerkt, dass es ihrem Mann schlecht geht und so bringt sie die beiden mit einem Trick wieder zusammen und beide treffen sich daraufhin wieder in der Holosuite. ({{DS9|Die Übernahme}})

Nachdem Worf wegen eines Angriffs auf einen klingonischen Transporter bei einem Prozess freigesprochen wird, organisieren O'Brien und Bashir eine Party für ihn. Worf will zuerst nicht mit feiern, doch Sisko ermutigt diesen mit zu feiern. ({{DS9|Das Gefecht}})

Durch die [[Argrathi]] wird das Gedächtnis von O'Brien wenige Wochen später verändert. Der Chief glaubt nun, dass er 20 Jahre im Gefängnis der Argrathi gefangen gewesen ist. Bashir versucht alles um diese Erinnerung zu löschen, aber es gelingt ihm nicht. Inzwischen hat O'Brien Probleme in sein normales Leben zurück zu kehren. Er hat Streit mit seiner Familie und auch mit seinen Arbeitskollegen. Da O'Brien auch nicht mehr seinen [[Counselor]] besucht, meldet Bashir Sisko diesen Vorfall. Sisko entbindet O'Brien darauf vom Dienst. Darauf schreit O'Brien Bashir an und kündigt ihm die Freundschaft, da sich dieser in sein Leben eingemischt hat. O'Brien bekommt mit der Zeit immer mehr Probleme sich in seinem normalen Leben zurecht zu finden und schließlich plant dieser seinen [[Selbstmord]]. Als O'Brien sich mit einem Phaser erschießen will, kommt Bashir dazwischen und versucht dies zu verhindern. O'Brien berichtet Bashir schließlich von seinen Erfahrungen, die ihn im Gefängnis so belastet haben. Bashir hilft dann O'Brien, so dass er wieder ein normales Leben führen kann. ({{DS9|Strafzyklen}})

Bashir und die anderen Führungsoffiziere werden einige Wochen später zur [[Hochzeit]] von Lwaxana Troi und Odo eingeladen. Die Gäste ahnen aber nicht, dass diese Hochzeit nur stattfindet, damit Troi ihr ungeborenes Kind, welches von [[Jeyal]] stammt, behalten kann. Später muss Bashir Jake Sisko behandeln, der aufgrund des Einflusses von [[Onaya]] im Sterben liegt. ({{DS9|Die Muse}})

Garak lädt kurz darauf Bashir zu einem [[Springball]]-[[Spiel]] ein. Die beiden schauen interessiert dem Spiel zu, bis sich Garak mehr für [[Tora Ziyal]] interessiert. ({{DS9|In eigener Sache}})

Als sich Bashir mit Kira und Dax im Gamma-Quadranten befindet, erhält ihr Runabout einen Notruf von einem unbekannten Planten. Der Notruf stammt von den [[Teplaner]]n und ist über 200 Jahre alt. Bashir und Dax beamen darauf auf die Oberfläche und Bashir bemerkt, dass die Bevölkerung an einer unheilbaren Krankheit namens [[Quickening]] leidet. Als Arzt bietet Bashir sofort seine Hilfe an, um ein [[Heilmittel]] gegen die Krankheit zu finden. Aber die Teplaner wollen sich nicht von Bashir helfen lassen, da sie diesen für einen Schwindler halten welcher nur Profit machen will. Die Teplaner haben schon lange die Hoffnung auf ein Heilmittel aufgegeben. Einzig [[Ekoria]] ist bereit sich helfen zu lassen. Bashir und Dax forschen nach dem Heilmittel und machen mit der Zeit auch Fortschritte bei der Forschung. Schließlich erklären sich weitere Teplaner bereit, sich von Bashir helfen zu lassen. Aber durch die Energiefelder der medizinischen Instrumente mutiert das Virus und viele der Patienten von Bashir sterben qualvoll. Nun wollen die Teplaner endgültig nichts mehr mit Bashir zu tun haben. Bashir sieht was er angerichtet hat und zweifelt an sich selbst. Auf bitten von Ekoria bleibt Bashir dort und forscht mit ihr gemeinsam. Inzwischen ist auch bei ihr die Krankheit ausgebrochen und Bashir verspricht ihr, alles zu tun damit sie bis zur Geburt überlebt. Bashir forscht weiter und er probiert einige Medikamente an Ekoria aus, allerdings liegt diese wenig später im sterben. Darauf leitet Bashir die Geburt des Kindes ein. Zu seiner Verwunderung ist Ekorias Baby völlig gesund und Ekoria sieht kurz ihr gesundes Kind bevor sie stirbt. Durch seine Forschung hat Bashir zwar kein Heilmittel gefunden, allerdings hat er einen Impfstoff gegen die Krankheit gefunden und kann so den Teplanern helfen. ({{DS9|Hoffnung}})

Bei einer weiteren Mission im Gamma-Quadranten kommt es zu einem Unfall und Keiko O'Brien wird verletzt. Um ihr ungeborenes Kind zu retten, implantiert Bashir den [[Embryo]] in den Körper von Kira. Zu der Zeit glaubt Quark, dass er am [[Dorek-Syndrom]] leidet und sterben wird. Er will seine sterblichen Überreste verkaufen und der einzige Käufer ist der [[Liquidator]] [[Brunt]]. Als sich aber herausstellt, dass Quark nicht sterben wird, muss er seinen Vertrag mit Brunt brechen. Aufgrund des Vertragsbruches konfisziert Brunt Quarks gesamten Besitz. Bashir und die Bewohner von Deep Space 9 helfen Quark danach bei der Wiedereinrichtung seiner Bar. ({{DS9|Quarks Schicksal}})

=== 2373 ===

Sisko bekommt Anfang [[2373]] den Auftrag, die Klingonen zu infiltrieren und Gowron als Gründer zu enttarnen. Um dies zu erreichen, verändert Bashir durch [[Plastische Chirurgie|plastische Chirurgie]] das Aussehen von Sisko, Worf, Odo und O'Brien, damit diese wie Klingonen aussehen. Die Mission der Vier verläuft darauf erfolgreich. Zwar stellt sich heraus, dass Gowron kein Gründer ist, dafür wird General Martok als [[Martok (Gründer)|Gründer]] enttarnt. Nach der erfolgreichen Mission stellt Bashir das normale Aussehen der Vier wieder her. ({{DS9|Die Apokalypse droht}})

Seit Kira wegen ihrer Schwangerschaft bei den O'Briens eingezogen ist, kommt es häufig zu Streitereien zwischen O'Brien und Kira. Auch Bashir hört manchmal bei diesen Streitereien zu und spricht darauf O'Brien an. Später behandelt er Quark und [[Grilka]], ebenso Dax und Worf, welche sich beim [[Sex]] einige Verletzungen zugezogen haben. ({{DS9|Gefährliche Liebschaften}})

Wenige Wochen später begleitet Jake Sisko Bashir auf eine medizinische Konferenz, um einen Artikel über ihn zu schreiben. Auf den Rückflug zur Station, berichtet Bashir von seinen medizinischen Erfolgen, doch dem jungen Sisko langweilen diese Erzählungen. Plötzlich erhält das Runabout einen Notruf von [[Ajilon Prime]]. Die Kolonie wird von Klingonen angegriffen und da es an medizinischen Personal mangelt, fliegt Bashir dort hin. Allerdings macht sich Bashir Sorgen, dass Jake Sisko etwas geschehen könnte, doch Jake erwähnt er wird schon auf sich achten. Auf der Oberfläche leistet Bashir medizinische Hilfe und Sisko wird als Sanitäter eingesetzt. Bashir führt einige Operationen an den Patienten durch, als ein weiter Angriff der Klingonen auf die Kolonie stattfindet und der Strom fällt aus. Da die Kolonie ihre weiteren Generatoren zum Schutz vor den Klingonenangriffen benötigen und die Patienten aufgrund des Energieausfalls im sterben liegen, versucht Bashir zusammen mit Sisko einen Generator aus ihrem Shuttle zu holen. Auf dem Weg dorthin werden die beiden von den Klingonen angegriffen. Bashir wird verletzt und von dem jungen Sisko getrennt. Sisko bekommt Angst und versucht sein Leben zu retten indem er weg rennt. Inzwischen gelingt es Bashir mit letzter Kraft dem Generator aus dem Runabout zu bergen und zur Kolonie zu bringen. Die Energieversorgung wird wieder hergestellt und Bashirs Verbrennungen werden versorgt. Bashir macht sich Vorwürfe, da er nicht weiß was mit Sisko geschehen ist und er den Jungen in Gefahr gebracht hat. Als Sisko wieder auftaucht, ist Bashir erleichtert und entschuldigt sich bei ihm, dass er ihn auf diesen Planeten mitgenommen hat. Doch Bashir ahnt nichts von Siskos Schuldgefühlen ihm gegenüber, da Sisko Bashir im Stich gelassen hat. Bei einem weiteren Angriff der Klingonen, dringen diese in den Komplex ein und Bashir hilft bei der Evakuierung der Patienten. Wenig später trifft die ''Defiant'' bei Ajilon Prime ein und die Klingonen können vertrieben werden. Wieder an Bord von Deep Space 9 schreibt Jake Sisko über die Ereignisse und seine Erlebnisse auf Ajilon Prime. ({{DS9|Die Schlacht um Ajilon Prime}})

Als Keiko O'Brien auf Bajor die [[Feuerhöhle]]n besucht, kümmern sich Bashir und Miles O'Brien um ihre [[Pflanze]]n. Aber dies geht schief und ein [[Idranischer Hybrid|Idranischer Hybrid]] vertrocknet den beiden. Bashir entschuldigt sich später bei ihr und schenkt ihr eine andere Pflanze. Allerdings ahnt Bashir zu dieser Zeit nicht, dass Keiko O'Brien von einem [[Pah-Geist]] besessen ist und ihren Mann erpresst. Der Pah-Geist droht Keiko O'Brien zu töten, falls O'Brien die Forderungen nicht erfüllt. Später nimmt Bashir an der Geburtstagsparty von O'Brien teil, dort fällt ihm das seltsame Verhalten seines Freundes auf. Doch O'Brien möchte nur seine Ruhe haben und weist Bashir wieder ab. O'Brien hält dem Druck der Erpressung nicht stand und will Sisko und Odo davon berichten. Als der Pah-Geist dies mitbekommt stürzt der Pah-Geist Keiko O'Brien von der Oberen Ebene auf das Promenadendeck. Bashir behandelt ihre Verletzungen und erklärt O'Brien, dass sie großes Glück gehabt hat. O'Brien erfüllt nun die Forderungen des Pah-Geistes und bekommt dabei Unterstützung von dem nichts ahnenden Rom. Als die Sabotage von O'Brien entdeckt wird, macht dieser Rom dafür verantwortlich und Rom wird verhaftet. O'Brien kann seine Arbeit fortsetzen und er findet schließlich einen Weg den Pah-Geist im Körper seiner Frau zu vernichten. Nachdem O'Brien den Pah-Geist vernichtet hat, erklärt dieser sein Verhalten den anderen Offizieren. ({{DS9|Die Erpressung}})

Als die Cardassianer den Bajoranern den [[Drehkörper der Zeit]] übergeben, stiehlt der ehemalige klingonische Agent [[Arne Darvin]] diesen und reist damit in die Vergangenheit. An Bord der [[Raumstation K-7]] plant Darvin [[James T. Kirk]] umzubringen. Die ''Defiant'' befindet sich durch den Drehkörper ebenfalls in der Vergangenheit. Nach dem Zeitsprung realisieren Sisko und seine Crew, dass sich diese im Jahr [[2268]] befinden. Dort versuchen Sisko und seine Leute Darvin auf der Raumstation K-7 und auf der [[USS Enterprise (NCC-1701)|USS ''Enterprise'' (NCC-1701)]] zu finden. Um nicht aufzufallen ziehen Sisko und seine Crew die [[Sternenflottenuniform (2265-2270)|Uniformen]] dieser Zeit an und beginnen mit der Suche nach Darvin. Bashir und O'Brien beginnen mit der Suche auf der ''Enterprise''. Aber dort haben sie gleich Probleme mit der Technologie dieser Zeit, den beiden gelingt es nicht den [[Turbolift]] zu bedienen. Erst durch die Hilfe von Lieutenant [[Watley]] gelangen sie aufs richtige Deck. Später treffen beide wieder auf Watley. Als sie ihren Namen nennt, glaubt Bashir, dass sie seine Urgroßmutter ist und dass er durch die Zeit gereist ist, und so sein eigener Urgroßvater wird. Aber O'Brien redet ihm dies aus. Später treffen die beiden in der Bar auf K-7 auf Worf und Odo. Die beiden berichten Bashir und O'Brien, dass sie Hinweise auf Darvin gefunden haben und nun warten das dieser in Bar zurückkehrt. Jedoch kommt es wenig später zu einer Schlägerei zwischen den Klingonen und der [[Liste von Crewmitgliedern der USS Enterprise (NCC-1701)|Enterprisecrew]] in der Bar. Auch Bashir und O'Brien werden in diese Schlägerei verwickelt. Allerdings taucht in diesem Moment Darvin in der Bar auf und Odo gelingt es mit Worf in diesem Getümmel Darvin in Gewahrsam zu nehmen. Währenddessen werden Bashir und O'Brien von der Sicherheit in Gewahrsam genommen werden. Darauf werden Bashir und O'Brien von Kirk verhört und O'Brien lügt dabei Kirk an. Doch Kirk schickt alle Offiziere in ihr Quartier und Bashir und O'Brien dürfen wieder gehen. Auf dem Gang findet Bashir einen [[Tribble]] und er fragt sich was dieser allein an Bord macht, doch O'Brien zeigt ihm, dass es noch mehr Tribbles an Bord der ''Enterprise'' befinden. An Bord der ''Defiant'' verhören inzwischen Odo und Worf Darvin und erfahren das Darvin eine Bombe in einem Tribble versteckt hat und dieser soll Kirk töten. Darauf befiehlt Sisko seiner Crew nach diesen Tribble zu suchen, doch diese Aufgabe erweist sich als schwierig, da sich inzwischen mehre Millionen Tribbles an Bord der ''Enterprise'' und der Station befinden. Bashir, O'Brien und Odo suchen die Station nach dem vermeintlichen Tribble, doch da sich die Tribbles immer weiter vermehren, hält Odo dies für unmöglich. Dax beschließt in der Nähe von Kirk nach dem Tribble zu suchen und schließlich werden sie und Sisko fündig. Die beiden lassen den Tribble von Bord beamen und die Bombe explodiert im Weltraum. Damit bleibt die Zeitlinie erhalten und die ''Defiant'' kehrt darauf ins 24. Jahrhundert zurück. Allerdings werden dabei einige Tribbles mitgenommen und diese vermehren sich nun auf Deep Space 9. ({{DS9|Immer die Last mit den Tribbles}})

Wenig später machen Bashir, Leeta, Dax, Worf und Quark Urlaub auf [[Risa]]. Worf ist davon nicht begeistert, da er seine Freizeit lieber allein mit Dax verbringen will. Trotzdem begleiten die anderen Worf und Dax nach Risa, um sich dort zu Vergnügen. Bashir und Leeta wollen auf Risa ihre Beziehung freundschaftlich zu beenden. Beide begehen wenig später das [[Ritual der Trennung]] und damit beenden sie ihre Beziehung. Quark dient dabei als Zeuge, doch er ist enttäuscht das die Trennung der beiden so friedlich von statten geht. Bashir und Quark erfahren darauf von Leeta, dass sich diese sich frisch verliebt hat. Als Quark und Bashir jedoch erfahren, dass sich Leeta in Rom verliebt hat, reagieren die beiden entsetzt und können nicht verstehen das es ausgerechnet Rom in den sich Leeta verliebt hat. Zur selben Zeit befindet sich eine [[Essentialisten-Bewegung]] auf Risa und die Gruppe will zeigen, dass die Bürger der Föderation wachsam sein sollen und ihre Zeit nicht mit Urlaub verschwenden sollen. Dabei stören die Essentialisten den Urlaub der anderen Touristen. Die Essentialisten manipulieren mit Hilfe von Worf das [[Wetterkontrollsystem]] und es gibt die nächsten Tage nur noch [[Regen]]. Bashir ist über Worf und die Essentialisten verärgert, da diese ihn seinen Urlaub verderben. Aber Worf sieht sein Fehlverhalten ein und mit seiner Hilfe können die Essentialisten vertrieben werden. Als das Wetter wieder angenehm auf Risa ist, vergnügt sich Bashir auf Risa mit [[Jamaharon]]. ({{DS9|Die Reise nach Risa}})

Bashir behandelt kurz darauf Sisko, Dax, Garak und Odo. Die vier werden bewusstlos in einem Runabout aufgefunden, als sie nach Deep Space 9 zurückgekehrt sind. Die Vier befinden sich durch Odo in einer [[Große Verbindung|Verbindung]] und erleben Erinnerungen von Odo aus der Besatzungszeit. Wenig später können die Vier dank Odo aus der Verbindung befreit werden und erwachen auf der Krankenstation. ({{DS9|Die Schuld}})

Bashir reist kurz darauf zu einer medizinischen [[Medizinische Konferenz auf Meezan IV|Konferenz]] auf [[Meezan IV]]. Er legt sich dort eines Abends zum Schlafen ins [[Bett]] und wacht später im [[Internierungslager 371]] auf. Das Dominion ersetzt ihn unterdessen durch einen [[Julian Bashir (Gründer)|Wechselbalg]], welcher zurück nach Deep Space 9 reist. Bashir verbringt mehre Wochen im Internierungslager 371 und freundet sich dort mit dem echten General [[Martok]] an. Nachdem sich Bashir über die Essensrationen beschwert hat, kommt er für fünf Tage in [[Isolationshaft]]. Als er aus der Isolationshaft entlassen wird, ist er überrascht auf Garak und Worf zu treffen, die ebenfalls vom Dominion gefangen genommen worden sind. Um festzustellen, dass keiner ein Wechselbalg ist, macht Bashir mit den anderen einen Bluttest. Auch Enabran Tain ist ein Gefangener im Lager. Bashir ist dabei, als Tain stirbt und Tain sich von Garak verabschiedet. So erfährt Bashir das Tain Garaks Vater ist. Garak, Worf, Martok und Bashir beginnen darauf mit der Planung der Flucht aus dem Internierungslager. ({{DS9|Die Schatten der Hölle|Inquisition}})

Garak bekommt den Auftrag den [[Subraumtransmitter]] zu manipulieren um Kontakt mit dem Shuttle aufnehmen zu können, damit sie fliehen können. Garak arbeitet in einem Schacht hinter der Wand an dem Transmitter, allerdings leidet dieser unter [[Klaustrophobie]]. Bashir bemerkt dies schnell und er verordnet Garak einige Pausen, damit er sich von diesem Stress erholen kann. Bashir muss aber auch Worf behandeln, welcher nach Kämpfen mit den Jem'Hadar in der [[Jem'Hadar-Arena]] Verletzungen zugezogen hat. Als Garak weiter am Transmitter arbeitet, kommen die Jem'Hadar und wollen ihn zur [[Hinrichtung]] abholen. Bashir versucht die Jem'Hadar abzulenken und wird von ihnen angegriffen. Schließlich finden die Jem'Hadar Garaks Schacht hinter der Wand. Plötzlich greift ein [[Breen]] die Jem'Hadar an und verschafft Garak die nötige Zeit um den Transmitter zu aktivieren. Bashir und die anderen Gefangenen können so aus dem Internierungslager entkommen und in den Alpha-Quadranten zurückkehren. Zur selben Zeit hat das Dominion mit der [[Invasion]] des Alpha-Quadranten begonnen und Cardassia hat sich dem Dominion angeschlossen. Das Dominion will Deep Space 9 und das Bajoranische-System durch die Explosion deren Sonne vernichten. Bashir warnt Deep Space 9 vor dem Wechselbalg. Die ''Defiant'' beginnt darauf mit der Verfolgung des Shuttles mit dem Wechselbalg. Das Shuttle fliegt auf die [[Bajoranische Sonne]] zu, um diese zu vernichten. Im letzten Moment gelingt es der ''Defiant'' das Shuttle aufzuhalten und dieses zu vernichten. Bashir, Worf, Martok und Garak kehren darauf nach Deep Space 9 zurück. Dort ist vor allem O'Brien entsetzt, dass er den Wechselbalg vier Wochen lang für Bashir gehalten hat. ({{DS9|Im Lichte des Infernos}})

Kurz darauf wählt Doktor [[Lewis Zimmerman]] Julian Bashir als Vorlage für sein neues [[Medizinisch-Holographisches Langzeitprogramm]]. Zimmerman kommt nach Deep Space 9 und entwickelt dort sein neues Programm. Das MHL bekommt das Aussehen und auch die Persönlichkeit von Bashir. Um soviel über Bashir zu erfahren befragt Zimmerman die Freunde und Kollegen von Bashir. Obwohl Bashir Zimmerman gebeten hat seine Eltern nicht zu befragen, lädt Zimmerman diese trotzdem auf die Station ein. Bashir hat noch immer Probleme mit seinen Eltern und möchte eigentlich den Kontakt mit ihnen vermeiden. Bashirs größte Angst besteht doch darin, dass seine Eltern verraten könnten, dass er genetisch aufgewertet worden ist. Nachdem Bashirs Eltern eingetroffen sind geht dieser verärgert zu Zimmerman da dieser, obwohl Bashir nicht damit einverstanden gewesen ist, seine Eltern eingeladen hat. Obwohl Bashir darüber verärgert ist, interviewt Zimmerman trotzdem Bashirs Eltern. Wenig später testet Zimmerman das MHL und durch einen Zufall treffen Bashirs Eltern auf das Hologramm. Diese ahnen nicht, dass es sich nur um ein Hologramm handelt und geben ihm gegenüber dem Hologramm zu, nicht zu verraten, dass Bashir genetisch aufgewertet worden ist. So erfahren Zimmerman und O'Brien das Bashir genetisch aufgewertet ist. Da genetische Aufwertung verboten ist, rechnet Bashir damit das er unehrenhaft aus der Sternenflotte entlassen wird. Bashir ist über O'Brien verärgert, dass er mit geholfen hat und seine Eltern mit dem Hologramm hat auflaufen lassen. Von Bashir erfährt O'Brien die Wahrheit über seine Kindheit und die genetische Aufwertung und O'Brien kann es nicht glauben, dass Bashir genetisch aufgewertet worden ist. Bashir zieht nun die Konsequenzen und will bei Sisko seine Kündigung einreichen, da genetische Aufwertung innerhalb der Sternenflotte verboten ist. Aber Richard Bashir stellt sich der Sternenflotte und nimmt die ganze Schuld der genetischen Manipulation von Julian Bashir auf sich. Bashir darf dadurch sein Offizierspatent behalten, während Richard Bashir für zwei Jahre in die Strafkolonie nach [[Neuseeland]] kommt. Durch diese Ereignisse versöhnt sich Bashir wieder mit seinen Eltern. ({{DS9|Dr. Bashirs’ Geheimnis}})

Wenige Wochen später bekommt Bashir von seinem Freund [[Felix]] ein weiteres Kapitel seiner Holosuitereihe ''Julian Bashir – Geheimagent''. Er verabredet sich mit seinen Freunden in der Holosuite, um dieses Kapitel zu spielen. Dax und O'Brien sagen sofort zu, doch Odo sagt ab. Als Bashir dann später das Programm spielt, taucht Odo plötzlich auf und erkundigt sich bei ihm über seine Erfahrungen mit Frauen. Bashir kann Odo darauf ein paar Tipps geben. ({{DS9|Der Datenkristall}})

Als der Cardassianer [[Tekeny Ghemor]] an Bord der Station kommt, behandelt Bashir ihn wegen des tödlichen [[Yarim-Fel-Syndrom]]s. Aber Bashir kann nicht mehr viel für ihn tun. Da Kira Ghemor am nächsten steht, begleitet sie den Sterbenden. Bevor Ghemor stirbt, gibt er noch wichtige Informationen über die Cardassianer an Kira weiter. Nachdem Ghemor gestorben ist, stellt Bashir den [[Totenschein]] aus. ({{DS9|Die Überwindung}})

Nachdem O'Brien Leeta und Rom wieder zusammengebracht hat, ist Bashir stolz auf seinen Freund und bezeichnet ihn scherzhaft als [[Cupido]]. ({{DS9|Liebe und Profit}})

Während einer Mission im Gamma-Quadranten will Dax einen [[Gaia|unbekannten Planeten]] erforschen. Ein den Planeten umgebendes [[Energiefeld]] verhindert [[Scan]]s aus größerer Entfernung und so fliegt die ''Defiant'' mit modifizierten [[Schilde]]n durch das Feld hindurch. Bei dem Durchflug durch das Energiefeld bekommt Major Kira eine [[Energie]]entladung ab und wird leicht verletzt. Bashir behandelt sie, kann jedoch nicht viel für Kira tun. Er muss sie nach Deep Space 9 bringen, um sie dort zu behandeln. Auf der Oberfläche des Planeten trifft die Crew der ''Defiant'' auf die eigenen Nachfahren. Die Mannschaft erfährt, dass die ''Defiant'' durch die Energiebarriere ins [[22. Jahrhundert]] zurückgeschleudert wird und auf den Planeten abstürzt. Dort beginnt die Crew eine Siedlung aufzubauen. Bashir erfährt, dass er mit [[Angie Kirby]] zusammen kommt und mit ihr Kinder haben wird. Bashirs Nachfahren sind ebenfalls Ärzte und Bashir ist sehr stolz auf seinen Nachlass. Da man nicht will, dass die Siedlung aus der Geschichte ausgelöscht wird, lässt Sisko den Kurs der ''Defiant'' auf die berechneten Koordinaten setzen, damit das Schiff in die Vergangenheit geschleudert wird. Aber der Odo, welcher die letzten Jahrhunderte auf den Planeten verbracht hat, hat die Flugroute der ''Defiant'' verändert, damit das Schiff im 24. Jahrhundert bleibt. Er will mit dieser Aktion verhindern, dass Kira in der Vergangenheit aufgrund ihrer Verletzungen stirbt. Die Siedlung wird aus der Geschichte ausgelöscht und die ''Defiant'' kehrt nach Deep Space 9 zurück. ({{DS9|Kinder der Zeit}})

Wenig später erzählt Quark Morn, dass ein Angriff des Dominions auf die Station bevorsteht und alle sterben werden. Darauf gerät Morn in Panik und wirft einen Barhocker auf Quark. Danach rennt dieser nackt über das Promenadendeck und ruft das alle verloren sind. Schließlich gelingt es Odo Morn im bajoransichen Schrein aufzugreifen. Danach wird Quark von Bashir behandelt. ({{DS9|Glanz des Ruhms}})

Wenig später versucht Jake Sisko seinem Vater eine Freude zu machen und versucht bei einer [[Auktion]] eine [[Baseballkarte]] von [[Willie Mays]] zu ersteigern. Doch der Wissenschaftler [[Elias Giger]] ersteigert diese Karte. Damit Jake Sisko und Nog von Geiger diese Karte bekommen, bittet Geiger sie einige Dinge zu besorgen. Um die Karte zu bekommen, müssen die beiden Jungs von Bashir zwei Liter [[Anaerobie|anaerobes]] [[Metabolit]] in [[Hydrosalinelösung]] [[Suspension|suspendiert]] besorgen. Bashir verlangt dafür, dass Jake und Nog ihm seinen Teddy Kukalaka von Leeta zurück holen. Die beiden tun dies und Bashir bekommt seinen Teddy wieder. Mit Hilfe des Gemischs können Jake und Nog die Baseballkarte für Benjamin Sisko besorgen. ({{DS9|Die Karte}})

Ende des Jahres will die Föderation weitere Konvois des Dominions aus dem Gamma-Quadranten stoppen. Aus diesen Grund lässt die Sternenflotte das Wurmloch verminen. Allerdings will das Dominion dies nicht zu lassen und droht mit Krieg, falls Sisko die Minen nicht wieder entfernen lässt. Allerdings lässt sich Sisko nicht davon abbringen und die ''Defiant'' vermint weiterhin das Wurmloch. Bashir hofft, dass die Sternenflotte noch weitere Verstärkung schickt, doch Sisko muss Bashir leider enttäuschen. Darauf bereitet man sich auf der Station auf einen Angriff des Dominions vor. Bashir und Jake Sisko kümmern sich um die Verteilung der medizinischen Ausrüstung an das Personal. Nach dem die beiden fertig sind warten die beiden auf das Eintreffen von Verwundeten. Wenig später beginnt mit der [[Schlacht von Deep Space 9 (2373)|Schlacht um Deep Space 9]] der [[Dominion-Krieg]]. Es gelingt der Föderation zwar das Wurmloch zu verminen, aber der Übermacht des Dominions gelingt es die Station zu übernehmen. Sämtliche Mitglieder der Sternenflotte, inklusive Bashir werden darauf mit der ''Defiant'' evakuiert. Nachdem die ''Defiant'' Deep Space 9 verlassen hat, fliegt das Schiff mit einem Kampfverband der Föderation und Klingonen in die nächste Schlacht. ({{DS9|Zu den Waffen!}})

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=== 2374 ===

Die ersten drei Monate verlaufen schlecht für die Föderation. Die Föderation und die Klingonen haben viele Verluste im Dominion-Krieg. Bashir verbringt diese Zeit auf der ''Defiant'' und muss sich um die vielen Verletzten kümmern. Schließlich wird die ''Defiant'' zur [[Sternenbasis 375]] beordert. Dort angekommen bekommt Captain Sisko von Admiral [[William Ross]] den Auftrag mit einem erbeuteten Jem'Hadar-Angriffsjäger ein Ketracel-White Lager des Dominions zu vernichten. Siskos Offiziere üben zwei Wochen auf dem Schiff, um sich mit der Steuerung vertraut zu machen. Bashir ist besorgt, dass es auf diesem Schiff keine Krankenstation gibt. Unter dem Kommando von Sisko beginnt die Mission und es gelingt ihnen das Vorratslager des Dominions zu vernichten. Aber durch einen Unfall wird das Schiff schwer beschädigt und der Warpantrieb fällt aus. Somit sind Sisko und seine Crew im Dominionraum gestrandet. ({{DS9|Zeit des Widerstands}})

Während des langen Heimfluges wird Siskos Schiff vom Dominion entdeckt und Angegriffen. Sisko gelingt es zwar in einem [[Nebel]] aus [[Dunkle Materie|dunkler Materie]] zu entkommen, aber dort stürzt das Schiff auf einen Planeten. Während des Angriffs wird Dax verletzt und auf der Planetenoberfläche kümmert sich Bashir um ihre Verletzungen. Währenddessen erkunden Nog und Garak die Gegend, als diese plötzlich von Jem'Hadar angegriffen und gefangen genommen werden. Es stellt sich heraus, dass diese Gruppe Jem'Hadar und ihr Vorta [[Keevan]] ebenfalls auf dem Planeten gestrandet sind. Keevan ist schwer verletzt und verlangt für die Freilassung von Nog und Garak den Kommandanten und einen Arzt als Austausch. Sisko stimmt den Gefangenenaustausch zu, um seine Männer zu retten. Sisko und Bashir werden zu Keevan gebracht und dort muss Bashir den schwer verletzten Keevan behandeln. Bashir operiert Keevan und Bashir gelingt die Operation. Zum Dank verrät Keevan Sisko die Wahrheit, dass er kaum noch Ketracel-White Vorräte hat und bald nicht mehr seine Jem'Hadar kontrollieren kann. Keevan erklärt Sisko, dass er seine Soldaten in eine Falle laufen lassen will, da diese ansonsten auch für ihn gefährlich werden. Keevan will damit erreichen, dass er so von Sisko gerettet wird. Bei den darauffolgenden Kampf werden alle Jem'Hadar getötet und Keevan liefert sich freiwillig an Sisko aus. ({{DS9|Entscheidungen}})

Kurz darauf werden Sisko und seiner Crew von Worf und General Martok gerettet. Die Offiziere verbringen einige Zeit auf der ''Rotarran''. Als die ''Rotarran'' schließlich Sternenbasis 375 erreicht, sind vor allem O'Brien und Bashir froh kein klingonisches Essen und Gesänge mehr hören zu müssen. ({{DS9|Söhne und Töchter}})

Kurz darauf übernimmt die ''Defiant'' die [[Argolis-Mission]]. Zu der Zeit ist Sisko der [[Adjutant]] von Admiral Ross und arbeitet auf der Sternenbasis 375 und Dax wird der neue Kommandant der ''Defiant''. Die ''Defiant'' hat bei dieser Mission den Auftrag eine [[Sensorenphalanx]] des Dominions zu vernichten. Während der Mission übernimmt Bashir die [[Conn]] für den erkrankten [[Haj]]. Dax ist erstaunt, dass Bashir ein so guter Pilot ist. Die Mission ist erfolgreich und die Phalanx wird vernichtet. Nach dieser Mission feiern die Offiziere bei Sternenbasis 375 ihren Erfolg. ({{DS9|Hinter der Linie}})

Wenig später bereitet Captain Sisko auf der Sternenbasis 375 die [[Operation Rückkehr]] für die Rückeroberung von Deep Space 9 vor. Die Föderationsflotte bricht auf, um die Station zurück zu erobern. Es kommt zu schweren Gefechten mit den Cardassianern und den Dominion. Mit Hilfe der Klingonen gelingt es der Föderation Deep Space 9 zurück zu erobern. Als Bashir und O'Brien wieder zurück auf der Station sind, verabreden sich die beiden für die Holosuite, um ihre Schlachten wieder durch zu spielen. ({{DS9|Ein kühner Plan|Sieg oder Niederlage?}})

Nach der Rückeroberung der Station planen Worf und Dax ihre [[Klingonische Hochzeit|Hochzeit]]. Worf fragt seine Freunde, ob sie an dem [[Kal'Hyah]]-Ritual teilnehmen. Bashir denkt sofort an eine Junggasellenabschiedsparty und sagt sofort zu. Aber in Wirklichkeit handelt es sich um eine harte Prüfung für die Ausdauer. So muss Bashir vier Tage in der Hitze fasten und dies zerrt sehr an seinen Kräften. Während der Prüfung des Blutes schläft Bashir schließlich vor Erschöpfung ein. Worf fragt darauf wer sich als erstes freiwillig meldet, um sich seine Adern aufschneiden zu lassen. Als O'Brien bemerkt, dass Bashir schläft, treten O'Brien, Sisko und [[Alexander Rozhenko]] einen Schritt zurück. Somit ist Bashir ohne es zu ahnen der erste Freiwillige für diese Prüfung. Später müssen Bashir und O'Brien über glühende [[Kohle]]n hängen und beide schwören sich bei Worf für diese Qualen zu rächen. Doch durch einen Streit von Worf und Dax wird die Hochzeit abgesagt. Als dies Bashir und O'Brien erfahren, freuen sie sich, dass sie endlich wieder was essen dürfen. Beide begeben sich darauf in Quarks, um dort etwas zu essen. Doch als Quark den beiden das Essen vorbei bringt, hält sie Sisko vom Essen ab, da die Hochzeit nun doch statt findet. Auf der Hochzeit dürfen die Teilnehmer der Kal'Hyah darauf das Paar symbolisch verprügeln. Bashir und O'Brien können es nicht erwarten zu schlagen zu können und Bashir fragt Martok ständig wann er endlich zuschlagen darf. Als die Hochzeit abgeschlossen ist, dürfen Bashir und O'Brien endlich auf Worf einschlagen und beide stürzen sich auf Worf, um sich für das Leiden, welches die beiden während des Kal'Hyah ertragen mussten, zu rächen. ({{DS9|Klingonische Tradition}})

Als [[Bareil Antos (Spiegeluniversum)|Bareil Antos]] aus dem [[Spiegeluniversum]] erscheint, interessiert sich Bashir sehr für das Verhältnis zwischen ihm und Major Kira. ({{DS9|Erkenntnis}})

Bashir bekommt kurz darauf den Auftrag sich um eine Gruppe [[Augment|genetisch aufgewerteten Menschen]] zu kümmern und diesen bei der Resozialisierung zu helfen. Er soll ihnen zeigen, dass auch genetisch aufgewerteten Menschen ein normales Leben führen können. So trifft Bashir auf [[Jack (24. Jahrhundert)|Jack]], [[Lauren]], [[Patrick]] und [[Sarina Douglas]] und Bashir beginnt mit ihnen zusammen zu arbeiten. Bashir erkennt bei dieser Zusammenarbeit, welches Glück er gehabt hat, dass bei seiner genetischen Aufbesserung alles gut gegangen ist. Wenig später sieht die Gruppe eine Aufzeichnung von [[Damar]] und die Gruppe erkennt an dieser Aufzeichnung sofort die Hintergründe von Damar und seiner Machtübernahme. Bashir erkennt darauf das Potential dieser Menschen und gibt ihnen weiter Berichte und Pläne über den Dominion-Krieg. Mit ihren strategischer Analysen helfen sie Sisko bei den Verhandlungen mit dem Dominion. Allerdings ergibt eine weitere Analyse, dass die Föderation den Dominion-Krieg verlieren wird. Bashir ist entmutigt und versucht Sisko zu überreden, dass die Föderation kapituliert, um so viele Leben wie möglich zu retten. Aber Sisko will dies nicht zu lassen. Bashir ist deprimiert über die bevorstehende Zukunft, da er nun weiß das die Föderation diesen Krieg verlieren wird. Da die Föderation nicht kapitulieren will, wollen Jack, Lauren und Patrick Angriffspläne der Föderation an das Dominion übergeben, damit das Dominion den Krieg so schnell wie möglich gewinnt. Die Gruppe will durch eine schnelle Niederlage mehr Leben retten, als über einen langen andauernden Krieg, welchen die Föderation eh verlieren wird. Doch Bashir ist dagegen, er will zwar so wenig wie möglich Verluste in diesem Krieg haben, aber er will kein Verräter sein. Darauf schlägt Jack Bashir nieder und fesselt diesen. Jack will sich danach mit [[Weyoun 5|Weyoun]] und Damar treffen, und wichtige Pläne der Föderation übergeben. Zur selben Zeit wird Bashir aber von Douglas befreit und er kann Jack aufhalten seine Pläne durch zu führen. Durch diese Aktion sieht Bashir ein, dass trotz der Berechnungen eine einzelne Person den Verlauf der Geschichte verändern kann. Darauf verabschiedete sich Bashir von den Vier in Freundschaft und hofft diese wieder zu sehen. ({{DS9|Statistische Wahrscheinlichkeiten}})

Wenige Wochen später unternimmt die ''Defiant'' erfolgreich die erste Mission im cardassianischen Raum seit dem Ausbruch des Krieges. Darauf können Bashir, Dax und O'Brien von ihrer erfolgreichen Mission im Quarks berichten. ({{DS9|Der glorreiche Ferengi}})

Als Morn scheinbar ums Leben gekommen ist, ist Bashir entsetzt als dieser von Morns Tod erfährt. Später besucht Bashir die Gedenkfeier von Morn. Da Bashir die [[Lurianer|lurianischen]] Bräuche kennt, bringt er zu Ehren von Morn ein [[Getränk]] mit, damit Morn dieses symbolisch mit ins Nachleben nehmen kann. Zu ehren von Morn hält kurz darauf Bashir den Platz von Morn warm. Später stellt sich heraus, dass Morn seinen Tod nur vorgetäuscht hat. ({{DS9|Wer trauert um Morn?}})

Wenig später bricht Sisko zusammen und Bashir behandelt ihn. Sisko hat wieder Visionen von den Propheten. Bashir stellt fest, dass Sisko dieselben Symptome hat, wie vor einem Jahr als dieser schon einmal Visionen von den Propheten bekommen hat. Sisko verliert kurz sein Bewusstsein und erlebt in dieser Zeit das Leben des [[Benny Russell]]. Nach wenigen Minuten erwacht Sisko wieder auf der Krankenstation. ({{DS9|Jenseits der Sterne}})

Kurz darauf untersucht die ''Defiant'' ein [[Subraumkompressionsanomalie|Subraum-Kompressions-Phänomen]]. Diese Forschung soll bei der Erschaffung von [[Transwarpkanal|Transwarpkanälen]] helfen. Durch diese Anomalie werden allerdings auch Objekte [[Schrumpfen|verkleinert]]. Mit einem Runabout erforschen Bashir, Dax und O'Brien die Anomalie. Doch durch den Effekt der Anomalie werden das Runabout und dessen Crew ebenfalls geschrumpft. Sisko und seine Crew überwachen auf der ''Defiant'' die Mission des Runabouts, als plötzlich die ''Defiant'' von den Jem'Hadar angegriffen und darauf übernommen wird. Dadurch bricht der Kontakt zwischen dem Runabout und der ''Defiant'' ab und das Runabout treibt in der Anomalie. Doch dem Runabout gelingt es einen Weg aus der Anomalie zu finden, doch es ist immer noch winzig klein. Das Runabout fliegt zwar aus der Anomalie, ist aber immer noch winzig klein. Da das Runabout keinen Kontakt zur Defiant herstellen kann, fliegt dieses durch den Impulsschacht in die ''Defiant'' hinein. Dort angekommen bemerken Bashir, Dax und O'Brien, dass die ''Defiant'' von den Jem'Hadar übernommen worden ist. Sisko und seine Crew versuchen währenddessen wieder heimlich die Kontrolle über die ''Defiant'' zu bekommen. Dax und O'Brien erkennen, dass Sisko es nicht allein schafft und Hilfe benötigt. Bashir und O'Brien werden ins Computersystem der ''Defiant'' gebeamt und versuchen dort die Computerkontrolle frei zu schalten. Mit viel Mühe schaffen es die beiden die Kontrolle frei zu schalten. Sisko gelingt es dadurch die Kontrolle über das Schiff wieder zu erlangen, doch dabei wird er von den Jem'Hadar entdeckt. Das Runabout greift darauf die Jem'Hadar an und es gelingt der Crew der ''Defiant'' wieder die Kontrolle über das Schiff vollständig zu erlangen. Nach der Rückeroberung der ''Defiant'' werden Bashir, Dax und O'Brien wieder auf ihre normale Größe gebracht. Allerdings bemerken Bashir und O'Brien, als sie neben [[M'Pella]] stehen, dass sie noch nicht ganz ihre normale Größe erreicht haben. Darauf begeben sich beide eiligst auf die Krankenstation. ({{DS9|Das winzige Raumschiff}})

Während sich O'Brien auf einer geheimen Mission auf [[Farius Prime]] befindet, beschwert sich Bashir bei Sisko das es einige Störungen auf der Krankenstation gibt. In Wirklichkeit ist Bashir bei Sisko, weil er sich Sorgen um seinen Freund macht und Bashir wissen will wo sich O'Brien befindet. ({{DS9|Ehre unter Dieben}})

Nachdem O'Brien nach Deep Space 9 zurück gekehrt ist, will O'Brien Quark beim [[Tongo]] schlagen und er bittet Bashir um Unterstützung. Während die beiden Tongo Üben, erkennt O'Brien das Potential von Bashir und schlägt diesem vor, dass er Quark beim Tongo heraus fordert. Quark ist ein sehr guter Spieler und hat zu dieser Zeit eine Glückssträhne, aber O'Brien glaubt, dass Bashir mit seinem genetisch Aufgewerteten Intellekt Quark schlagen kann. Bashir willigt ein und fordert Quark zu einem Tongospiel heraus. Anfangs führt Bashir bei dem Spiel, bis Quark plötzlich anfängt über Jadzia Dax und ihre Beziehung zu Worf zu erzählen. Da Bashir Dax noch immer liebt, ist er schließlich abgelenkt und wird in ein tiefes Gespräch mit Quark über Dax verwickelt. Durch diese Ablenkung macht Bashir einen Fehler und Quark gewinnt das Spiel. ({{DS9|Wandel des Herzens}})

Wenig später schlägt O'Brien Bashir vor, in der Holosuite die [[Schlacht von Alamo]] nach zu spielen. Anfangs ist Bashir wenig begeistert eine Schlacht zu spielen bei der sie verlieren werden, aber bald darauf wird dieses [[Alamoprogramm|Programm]] das Lieblingsprogramm der beiden. Zu der Zeit steht Major Kira unter ziemlichen Stress, wegen einer Botschaft von Dukat an sie. Auch Bashir bekommt dies mit, als Kira ihn anbrüllt. ({{DS9|Tiefes Unrecht}})

Kurz darauf wird Bashir auf eine medizinischen [[Konferenz]] auf [[Casperia Prime]] eingeladen und Bashir freut sich sehr auf diese Konferenz. Bevor er aufbricht behandelt er noch schnell die ausgerenkte Schulter von O'Brien. Bashir legt sich schlafen und er wird schnell wieder vom Computer geweckt. Obwohl Bashir um diese Uhrzeit aufstehen wollte, kommt ihm die Nacht trotzdem ziemlich kurz vor. Gerade als Bashir aufbrechen will, werden er und sämtliche Führungsoffiziere auf die OPS gerufen. Dort angekommen erfährt Bashir, dass er nicht nach Casperia Prime fliegt, sondern an einer Befragung von [[Vizedirektor]] [[Luther Sloan]] aus der [[Abteilung für Interne Angelegenheiten]] des [[Sternenflottengeheimdienst]]es teilnimmt. Wie die anderen Offiziere wird Bashir von Sloan befragt und Sloan erkundigt sich vor allem wegen der Gefangenschaft von Bashir beim Dominion, welche ein Jahr zuvor statt gefunden hat. Die Befragung verläuft freundlich und Bashir ist erleichtert, dass er es nun hinter sich hat. Später meldet sich O'Brien bei Bashir, er erwähnt, dass Sloan Bashir Verdächtigt ein Spion des Dominions zu sein. Kurz darauf wird Bashir wieder von Sloan verhört, aber diesmal ist der Ton schärfer. Sloan wirft Bashir nun vor für das Dominion zu arbeiten. Bashir wird darauf von Sloan verhaftet und in den Arrest gebracht. Sisko verspricht Bashir, ihn wieder da herauszuholen. Als Bashir sich in der Arrestzelle befindet, wird er plötzlich fort gebeamt und er wird von Weyoun empfangen. Weyoun freut sich seinen besten Spion wieder zu haben, aber Bashir streitet dies ab. Doch während Bashir mit Weyoun spricht, wird dieser von der der Crew der ''Defiant'' gerettet und zurück an Bord gebracht. Als sich Bashir wieder an Bord der ''Defiant'' befindet, halten ihn nun auch seine Freunde für einen Spion des Dominions und selbst Sisko glaubt ihn kein Wort mehr. Als Bashir aus Versehen O'Briens Schulter berührt, hat dieser keine Schmerzen und Bashir spricht O'Brien auf seine Schulter an. Schließlich merkt Bashir das etwas faul ist und er stellt O'Brien eine Fangfrage, auf die O'Brien herein fällt. Bashir will bei dem Spiel nicht mehr mitmachen und plötzlich beendet Sloan die Simulation und Bashir erkennt, dass er sich auf einem [[Holodeck]] befindet. Sloan wollte mit diesem Programm die Loyalität von Bashir testen und ihn für Sloan will Bashir für [[Sektion 31]], einem inoffiziellem [[Geheimdienst]] der Sternenflotte rekrutieren. Doch diese Organisation ist illegal und arbeitet im Verborgenen. Da Bashir von den Methoden von Sektion 31 nicht einverstanden ist, lehnt dieser das Angebot Sloan ab. Sloan lässt Bashir darauf betäuben und bringt diesen nach Deep Space 9 zurück. Bashir erstattet darauf dem Führungsstab von Deep Space 9 sofort Bericht. Sisko schlägt darauf vor wenn sich Sloan wieder bei Bashir meldet sein Angebot anzunehmen, um so mehr über Sektion 31 und deren Aktivitäten in Erfahrung zu bringen. ({{DS9|Inquisition}})

Nachdem das Dominion [[Betazed]] erobert hat, versucht Sisko einen Weg zu finden die Romulaner mit in den Dominion-Krieg einzubeziehen. Sisko versucht mit einer gefälschten Botschaft den romulanischen [[Senator]] [[Vreenak]] zu täuschen. Der Verbrecher [[Grathon Tolar]] ist in Lage eine perfekte Fälschung zu erstellen und Sisko lädt ihn darauf auf die Station ein. Dort angekommen greift er Quark bei einem Streit an und er verletzt ihn mit einen Messer. Bashir behandelt darauf den verletzten Quark, doch dieser erstattet keine Anzeige gegen Tolar, da Sisko ihn besticht. Später benötigt Sisko für Tolar ein spezielles Datenstäbchen, doch der Schmuggler von dem Sisko das Stäbchen bekommt verlangt als Preis Biomimetisches Gel. Da Sisko das Stäbchen dringend benötigt, fordert er das Gel von Bashir ein. Aber Bashir weigert sich das Gel auszuliefern, da es illegal und gefährlich ist. Doch Sisko gibt Bashir den Befehl das Gel auszuliefern. Bashir liefert Sisko darauf das Gel, aber er vermerkt dies in seinem [[Logbuch]]. Als Vreenak überreicht ihn Sisko das Datenstäbchen mit der gefälschten Botschaft und Vreenak untersucht dieses. Allerdings erkennt Vreenak schnell das es sich um eine Fälschung handelt. Doch Garak sabotiert das Shuttle von Vreenak und dieses explodiert. Die Romulaner finden das beschädigte Datenstäbchen und sehen die Botschaft. Darauf erklären die Romulaner dem Dominion den Krieg. ({{DS9|In fahlem Mondlicht}})

Einige Zeit später bekommt Bashir von seinem Freund Felix das Programm [[Bashir 62]] mit [[Vic Fontaine's Lounge]] und der Holofigur [[Vic Fontaine]]. Bashir ist so begeistert von dem Programm, dass er es kurz darauf seinen Freunden präsentiert. Später hat Bashir, dank der Ratschläge von Fontaine eine Verabredung mit Fähnrich [[Walker (Sternenflotte)|Walker]]. ({{DS9|Auf seine Art}})

Während der [[Zeit der Abrechnung]] zwischen den Propheten und den Pah-Geistern, bemerkt Bashir die ersten Anzeichen, als er sich mit seinen Freunden unterhält und die Station plötzlich erschüttert wird. Später findet der Kampf zwischen den Propheten und den Pah-Geist in den Körper von Kira und Jake Sisko auf dem Promenadendeck auf Deep Space 9 und Sisko lässt die Station evakuieren. Aber Kai Winn hält den Kampf auf, indem sie die Station mit [[Chronotonpartikel]]n überflutet. Bashir behandelt darauf die leicht verletzte Kira und Jake Sisko. ({{DS9|Zeit der Abrechnung}})

Wenige Wochen später behandelt Bashir die Überlebenden der [[USS Valiant (NCC-74210)|USS ''Valiant'']], darunter Jake Sisko, Nog und [[Dorian Collins]]. ({{DS9|Valiant}})

Bashir behandelt Quarks Mutter, nachdem sie durch einen Streit mit Quark einen Herzanfall bekommen hat. Da Quarks Mutter dadurch außer Gefecht gesetzt worden ist, muss Quark für die darauf folgende Verhandlungen ihre Rolle übernehmen. Um dies zu bewerkstelligen führt Bashir bei Quark eine [[Geschlechtsumwandlung]] durch, damit Quark eine Frau wird. Nachdem Quark als [[Lumba]] die Verhandlungen durchgeführt hat, macht Bashir die Geschlechtsumwandlung rückgängig. ({{DS9|Die Beraterin}})

[[Datei:Bashir hört zu.jpg|thumb|Bashir hört Cusak zu.]]

Während eine Konvoi Mission der ''Defiant'' ist Bashir ziemlich überarbeitet, er schreibt viele Missionsberichte. Zu der Zeit erhält die ''Defiant'' einen Notruf von Captain [[Lisa Cusak]]. Sie ist auf einen Klasse L Planeten abgestürzt und droht an einer [[Kohlendioxid]]vergiftung zu sterben. Während die ''Defiant'' zu dem Planeten fliegt, um sie zu retten unterhält sich Cusak mit der Besatzung der ''Defiant''. Sie unterhält sich auch mit Bashir, aber Bashir ist aufgrund seiner Arbeit desinteressiert, um mit ihr zu reden. Als dies Captain Cusak bemerkt, gibt sie vor von einem [[Monster]] gefressen zu werden und so bekommt sie die vollständige Aufmerksamkeit von Bashir. Bashir vertraut sich mit der Zeit Cusak an und redet viel mit ihr. Als die ''Defiant'' den Planeten endlich erreicht, gehört Bashir zu dem Außenteam, welches auf die Planetenoberfläche fliegt. Auf der Oberfläche findet das Außenteam jedoch nur den Leichnam von Captain Cusak. Cusak ist bereits seit mehren Jahren tot, aber aufgrund der Zeitbarriere, welche den Planeten umgibt konnte die ''Defiant'' mit Cusak Kontakt aufnehmen. Auf Deep Space 9 veranstaltet man später eine Gedenkfeier zu Ehren von Captain Cusak. Bei der Feier hält Bashir eine Rede und erklärt dort, obwohl er Cusak nicht persönlich gekannt hat, hat sie ihm sehr viel bedeutet. ({{DS9|Der Klang ihrer Stimme}})

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=== 2375 ===

In den nächsten Monaten leitet die zum [[Colonel]] beförderten Kira die Station. Bashir und O'Brien befinden sich in dieser Zeit mit der ''Defiant'' häufig auf Konvoimissionen und dies bedrückt sie. Den beiden fällt es auch auf, dass Worf nach dem Verlust seiner Frau sehr schlecht geht. Bashir und O'Brien versuchen Worf zu helfen und finden heraus, dass es Worf bedrückt das seine Frau nicht ehrenvoll gestorben ist und sie nach den klingonischen Sitten nicht ins [[Sto'Vo'Kor]] gelangt. Durch die Konvoimissionen, hat Worf auch keine Möglichkeiten ihre Ehre in einem glorreichen Kampf wieder herzustellen, damit ihre Seele ins Sto'Vo'Kor gelangen kann. Darauf bitten Bashir und O'Brien General Martok, dass dieser eine gefährliche Mission für Worf plant, damit dadurch die Seele von Jadzia ins Sto'Vo'Kor gelangen kann. Mit der IKS ''Rotarran'' plant Martok die Schiffswerft des Dominion im Orbit von [[Monac IV]] an zu greifen und Worf willigt sofort ein an dieser Mission teil zu nehmen. Als Freunde von Jadzia Dax wollen Bashir, O'Brien und auch Quark Worf auf dieser Mission begleiten, um diese zu ehren. ({{DS9|Das Gesicht im Sand}})

Während der Mission ist Worf verärgert über Bashir, O'Brien und Quark das diese ihn auf diese Mission begleiten. Worf ist eifersüchtig auf die Drei, da diese Dax ebenso nah gestanden haben wie er. Obwohl die Drei auch Freunde von Dax gewesen sind, will Worf diese Mission allein zu Ehren von Jadzia Dax durchführen. Als Worf die Drei anbrüllt und erwähnt das sie der Freundschaft mit Jadzia Dax nicht würdig gewesen sind, nimmt sich Martok ihn zur Brust und gibt ihn zu verstehen, dass sein Verhalten falsch gewesen ist und auch die Freunde von Jadzia Dax das Recht haben ihre Ehre wieder herzustellen. Darauf entschuldigt sich Worf bei den Drei für sein Verhalten und erklärt ihnen wie viel Bashir, O'Brien und Quark für Jadzia Dax bedeutet haben. Schließlich erreicht die ''Rotarran'' die Schiffswerft und fliegt dort in die [[Korona]] des Sterns, welcher sich in der nähe befindet, um dort eine Plasmaentladung welche die Schiffswerft vernichten soll aus zu lösen. Trotz des Kampfes mit einigen Dominion-Schiffen gelingt es der ''Rotarran'' die Entladung aus zu lösen und die Schiffswerften zu vernichten. Nun können Worf, Bashir, O'Brien, Quark und Martok diesen Sieg Jadzia Widmen, damit ihre Seele ins Sto'Vo'Kor gelangen kann. Nach diesen Ereignis kehrt Captain Sisko auf die Station zurück und bringt [[Ezri Dax]], den Nachfolgenden Wirt von Jadzia Dax mit. ({{DS9|Schatten und Symbole}})

Wenig später planen Bashir und O'Brien zusammen mit Odo auf der Holosuite die Schlacht von Alamo zu spielen. Zur selben Zeit befindet sich Garak bei ihnen, doch als Bashir Garak nach den Kostümen fragt, reagiert Garak ungewöhnlich aggressiv. Später bricht Garak in seinem Geschäft zusammen und Odo bringt diesen auf die Krankenstation. Bashir erkennt, dass die klaustrophobischen Anfälle von Garak immer stärker werden. Da Dax eine ausgebildete Counselor-Assistentin ist, schlägt Bashir vor, dass sich diese um Garak wegen seinen Anfällen kümmert. Dax kümmert sich darauf um Garak und versucht heraus zu finden, was die Ursache für die starken Anfälle ist. Zur selben Zeit unterhalten sich Quark und Bashir über die neue Dax und beide haben Interesse an ihr. Bashir beginnt darauf sich mit ihr anzufreunden und er flirtet auch mit ihr. Als Worf dies bemerkt bedroht er sofort Bashir und sagt ihm, dass er sich von Dax fernhalten soll. Worf hat Probleme mit Ezri Dax, da in ihr ein Teil von seiner Frau lebt und er will nicht, dass Bashir durch das Flirten mit Ezri Dax das Andenken seiner Frau zerstört. O'Brien spricht darauf Worf wegen des Streites mit Bashir an und Worf erkennt, dass sein Verhalten gegenüber Dax und Bashir falsch gewesen ist. Inzwischen findet Dax die Ursache für die klaustrophobischen Anfälle von Garak. Kurz darauf entschuldigt sich Worf bei Dax zu entschuldigen und er beginnt sie zu akzeptieren. ({{DS9|Nachempfindung}})

Kurz darauf fordert ein ehemaliger Rivale von der Sternenflottenakademie Captain Sisko zu einem [[Baseball]]spiel heraus. Sisko nimmt die Herausforderung an und will den vulkanischen Captain [[Solok (Captain)|Solok]] und seine Crew besiegen. Sisko bittet darauf seine Offiziere an dem Spiel gegen die Vulkanier teil zu nehmen und diese nehmen darauf am Training teil. Allerdings ist Siskos Crew den Vulkaniern unterlegen mit Ausnahme von Worf und den genetisch verbesserten Bashir. Dennoch trainieren Sisko und seine Crew, um die Vulkanier zu besiegen. Nach dem Training muss Bashir die Verletzungen seiner Kameraden, welche häufig durch den ungeschickten Rom entstanden sind, behandeln. Auch Sisko bemerkt Roms Ungeschicklichkeit und schließlich schmeißt er diesen aus dem Team. Doch nachdem Rom das Team verlassen musste, weigern sich Bashir und die anderen weiter für Sisko zu spielen. Erst als Yates ihnen von der Feindschaft zwischen Sisko und Solok erzählt sind alle bereit für Sisko zu gewinnen. Wie Sisko befürchtet hat, ist seine Crew den Vulkaniern unterlegen. Später wird Sisko aus dem Spiel ausgeschlossen, da er eine Regel bricht und während Sisko das Spiel seiner Crew beobachtet, erkennt dieser das Sieg nicht alles ist. Darauf schickt Sisko Rom zurück auf den Platz, damit dieser auch Spielen darf. Obwohl Sisko und seine Crew das Spiel gegen die Vulkanier verlieren, hat Sisko begriffen das nicht der Sieg sondern der Spaß an diesem Sport zählt. Nach dem Spiel feiern Sisko und seine Freunde ihren Erfolg und das dies Solok nicht versteht erfreut Sisko um so mehr. ({{DS9|Wettkampf in der Holosuite}})

Wenig später Bashir gelingt es Bashir ein Heilmittel zu finden, um die genetisch aufgewertete Sarina Douglas aus ihrer Isolation heraus zu helfen. Als dies Jack, Patrick und Lauren erfahren, bringen diese, als Sternenflottenoffiziere verkleidet, Douglas nach Deep Space 9. Nog fällt auf die vermeintlichen Offiziere rein und ruft Bashir auf die Krankenstation, damit sich dieser mit Admiral Patrick trifft. Doch als Bashir erkennt wer sich hinter den Offizieren verbirgt, erklärt Bashir Nog, dass er hereingelegt worden ist. Bashir bringt die Gruppe in den Frachtraum, wo sie vorübergehend wohnen werden, während Bashir Douglas operiert. Die Operation an ihr verläuft erfolgreich und Douglas beginnt ihre Außenwelt wieder wahrzunehmen. Aus dem stummen Mädchen wird eine lebhafte junge Frau. Bashir und sie verbringen ihre Freizeit zusammen und Bashir stellt Douglas auch seinen Freunden vor. Durch den Kontakt mit Bashir fügt sich Douglas wieder erfolgreich in die Gesellschaft ein, aber dadurch verliert sie den Kontakt zu ihrer alten Gruppe. Während der Zusammenarbeit mit Douglas verliebt sich Bashir in sie und die beiden küssen sich. Aber Douglas erwidert seine Gefühle nicht, da sie aber nicht weiß wie sie sich verhalten soll kehrt Douglas in ihren alten Zustand zurück. Als Bashir von Jack, Patrick und Lauren erfährt, dass er dafür verantwortlich ist, lässt Bashir Douglas gehen. Douglas verabschiedet sich bald darauf von Bashir während er seiner neuen Lieben nachtrauert. ({{DS9|Sarina}})

Als Nog den Schreibtisch von Captain Sisko vorübergehend eintauscht, versucht O'Brien einen neuen zu besorgen, aber Bashir erwähnt nur, dass dieser neue Schreibtisch überhaupt keine Ähnlichkeit mit dem alten Schreibtisch von Captain Sisko hat. Doch Nog bringt zum Glück von O'Brien den Schreibtisch noch rechtzeitig zurück. ({{DS9|Verrat, Glaube und gewaltiger Fluß}})

Einige Zeit später wird Bashir mit beauftragt Versorgungsgüter nach [[AR-558]] zu liefern und Captain Sisko dorthin zu begleiten. Dieser Planet wird in dieser Zeit schwer vom Dominion umkämpft. Bevor Bashir zur Front aufbricht, lässt er sich noch einige Musikstücke von Fontaine mitgeben. Auf den Weg dorthin wird die ''Defiant'' von den Jem'Hadar angegriffen. Aber die ''Defiant'' geht aus der Schlacht siegreich hervor. Auf AR-558 verteidigt die Föderation eine wichtige Kommunikationsanlage, welche gegen das Dominion eingesetzt wird. Auf der Planetenoberfläche setzten die Jem'Hadar [[Houdini]]s, kleine [[Subraum]][[Mine (Sprengkörper)|sprengminen]] gegen die Föderation ein. Zu der Zeit bekommt Fähnrich Nog den Auftrag auf der Oberfläche, das Jem'Hadar Lager auskundschaften, da er mit seinem Gehör die Jem'Hadar besser auskundschaften kann. Bei dieser Mission wird Nog angegriffen und am Bein schwer verletzt. Bashir behandelt ihn zwar sofort, aber er kann das Bein von Nog nicht mehr retten und es muss amputiert werden. Während der Behandlung von Nog spielt Bashir die Lieder von Fontaine ab. Nog gefällt diese Musik und erkundigt sich bei Bashir von wem das Lied stammt. Bashir erklärt Nog, dass die Musik von Fontaine stammt. Später wird die Kommunikationsanlage von den Jem'Hadar angegriffen. Auch Bashir nimmt an dem Kampf mit teil und befindet sich an vorderster Front. Ein Jem'Hadar greift Bashir an und tötet ihn fast, aber durch einen gezielten Schuss von Sisko wird Bashir gerettet. Obwohl es viele Verluste bei der Sternenflotte gegeben hat, verläuft die Schlacht siegreich und die Jem'Hadar werden auf AR-558 besiegt. ({{DS9|Die Belagerung von AR-558|Leben in der Holosuite}})

Kurz darauf flirtet Bashir wieder mit Dax und unterhält sich mit Odo über dessen Beziehung mit Kira. ({{DS9|Entscheidung auf Empok Nor}})

Einige Wochen später begibt sich O'Brien heimlich nach [[New Sydney]] um nach [[Miroca Bilby]] zu suchen. Da sie mit dem [[Orion-Syndikat]] zu tun hat, verheimlicht O'Brien Captain Sisko, dass er nach ihr sucht. O'Brien weiht nur Bashir wegen dieser Sache ein. Als sich O'Brien mehre Tage nicht meldet, macht sich Bashir sorgen um seinen Freund. Schließlich berichtet er Sisko was geschehen ist. Bashir bekommt von Sisko Ärger, da er dies um O'Brien verheimlicht hat. Da Dax von New Sydney stammt, schickt er sie dorthin um nach dem Chief zu suchen. Wenig später kann Dax O'Brien auf New Sydney aus findig machen. ({{DS9|Die verlorene Tochter}})

Als Quark bemerkt, dass Bashir wieder mit Dax flirtet, ist dieser schlimm eifersüchtig auf ihn. Kurz darauf betet Quark zum [[Fiskus]] und bittet das Bashir die Station verlässt, damit er Chancen bei Dax hat. ({{DS9|Die Tarnvorrichtung}})

Nach einer erfolgreichen Schlacht feiert Bashir mit Lieutenant [[Hector Ilario]] und seinen Freunden im Quarks. Ilario fragt Bashir und O'Brien ob er sie in die Holosuite zur Schlacht von Alamo begleiten kann. Doch die beiden lehnen ab, da nur die beiden dieses Programm allein spielen. Am nächsten Tag wird Ilario ermordet und Bashir untersucht den Leichnam und es stellt sich heraus, dass dieser mit einem [[TR-116]] erschossen wurde. Bashir ist sehr bedrückt über den Tod von Ilario und macht sich zusammen mit O'Brien Vorwürfe das er Ilario nicht mit in die Holosuite mitgenommen hat. Später wird [[Greta Vanderweg]] ermordet und Bashir und O'Brien versuchen den Sinn an diesen Morden zu finden. Bashir bringt O'Brien auf die Idee, dass der Täter mit einem Transporter arbeitet und so die Opfer tötet. Als nächstes wird der [[Bolianer]] [[Zim Brott]] ermordet und Bashir kann wieder nur den Tod an ihm feststellen. Inzwischen entdeckt Dax den Zusammenhang zwischen den Opfern, überall sind Bilder mit einem Lächeln in ihren Quartieren. Dax findet schließlich heraus, dass Lieutenant [[Chu'lak]] für die Morde verantwortlich ist und dieser wird von Odo verhaftet. ({{DS9|Freies Schußfeld}})

Odo trifft einige Zeit später den Wechselbalg [[Laas]] und will diesen darauf seinen Freunden vorstellen. Aber Laas mag die [[Solid|Humanoiden]] nicht besonders und er gibt dies auch zum Ausdruck. Er [[bericht]]et, überall wo sich Humanoide ausbreiten, zerstören sie die Natur und töten [[Tier]]e. Gerade als Laas davon berichtet, bringt Quark Bashir ein [[Vilm-Steak]]. Als Laas Bashir darauf böse ansieht, zieht Bashir seine Bestellung zurück und sagt zu Quark, dass er das [[Steak]] erstmal warm halten soll. Später nimmt Laas die Form von [[Nebel (Atmosphäre)|Nebel]] an und breitet sich auf dem Promenadendeck aus. Bashir und O'Brien ist dies sehr unangenehm. Auf Bitten von Odo nimmt Laas darauf wieder die Humanoide Gestalt an. Doch plötzlich greift ein Klingone Laas an und Odo geht dazwischen. Doch Laas verletzt darauf einen weiteren Klingonen tödlich und obwohl Bashir diesen darauf behandelt kann Bashir nichts mehr für ihn tun und der Klingone stirbt. Darauf wird Laas verhaftet, doch mit Kiras Hilfe kann Laas fliehen und dieser zieht weiter. ({{DS9|Hirngespinst}})

Wenig später befinden sich Bashir und O'Brien wieder im Vics. Die beiden genießen gerade die Musik als sich das Programm ändert und die Bar wird plötzlich von der [[Mafia]] übernommen. Bashir und O'Brien wollen das Programm ändern, doch es passiert nichts. Bashir meldet sich darauf bei seinem Freund Felix, welcher das Programm programmiert hat, dass er diese Spielerei mit der Mafia in das Programm eingeführt hat. Felix erklärt Bashir, dass sie nur die Mafia wieder los werden müssen und dann wird alles wie es vorher gewesen ist. Fontains Freunde wollen dies bewerkstelligen, indem sie das Casino der Mafia ausrauben. Odo und Kira beginnen zu erst das Kasino auszukundschaften und Kontakte zu knüpfen. Kira verwendet dabei ihren Charme, während Odo seine wandlerischen Fähigkeiten anwendet. Sisko und Fontaine sorgen später für Ablenkung, während Yates mit O'Brien den Wachmann ablenkt. Dax arbeitet als Kellnerin und Bashir vergiftet einen ihrer Drinks, welchen Dax dann den Geldzähler serviert. Nachdem dieser außer Gefecht gesetzt ist sollen Odo und Nog das Geld aus dem Safe stehlen. Die Mission ist trotz einiger Pannen ein Erfolg und Fontaine erhält so seinen Club wieder. ({{DS9|Badda-Bing, Badda-Bang}})

Aufgrund seiner Erfahrungen mit den Biogenen Waffen des Dominions wird Bashir zu einer Konferenz auf [[Romulus]] eingeladen. Vor seinem Abflug wird Bashir von Sloan besucht, welcher ihm für eine Mission für Sektion 31 beauftragt. Admiral Ross fliegt ebenfalls zu der Konferenz und Bashir informiert ihn über Sloan und sein Vorhaben auf Romulus. Ross empfiehlt ihm erstmal mit Sloan zusammen zuarbeiten. Die [[USS Bellerophon (NCC-74705)|USS ''Bellerophon'']] bringt Bashir, Admiral Ross und die Föderationsdelegation nach Romulus. An Bord der ''Bellerophon'' informiert Sloan Bashir über seine wahre Mission. Bashir soll für Sektion 31 feststellen, ob der Vorsitzende des [[Romulaner|romulanischen]] [[Geheimdienst]]es [[Tal Shiar]] [[Koval]] an dem unheilbaren [[Tuvan-Syndrom]] erkrankt ist. Auf der Konferenz trifft Bashir schließlich auf Koval. Bashir kann aber nichts an ihm feststellen. Als Bashir Sloan schließlich durch Admiral Ross verhaften lassen will, erkrankt der Admiral plötzlich. Bashir ist schließlich auf sich allein gestellt und da er niemanden trauen kann wendet er sich an die romulanische Senatorin [[Kimara Cretak|Cretak]]. Als Bashir auf Romulus wieder auf Koval trifft, bringt er Bashir plötzlich in einen Verhörraum. Koval glaubt Bashir sei ein Föderationsagent, welcher ihn töten will. Bashir wird sogar vor dem romulanischen Senat gebracht und dort gesteht Bashir, dass Sektion 31 geplant hat Koval zu töten. Bashir erklärt auch das Sektion 31 eine illegale Organisation ist. Da Cretak Bashir bei dieser Verschwörung geholfen hat wird diese verhaftet. Plötzlich bringt Koval den schwer verletzten Sloan hinein. Koval erzählt, dass Sloan ursprünglich für den [[Geheimdienst der Sternenflotte]] gearbeitet habe und die Sektion 31 erfunden hat, damit er Koval ungestraft töten kann. Bashir wird darauf freigesprochen und darf zur ''Bellerophon'' zurück, während Sloan durch einen Kampf mit einer romulanischen Wache getötet wird. Zurück auf der ''Bellerophon'' stellt Bashir Admiral Ross zur Rede, da er nicht daran glaubt, dass Sloan tatsächlich tot ist. Ross räumt ein, dass Sloan kurz vor dem Phasertreffer weggebeamt werden sollte, wisse aber nichts über dessen Verbleib. Außerdem bestätigt er, dass Koval eigentlich für Sektion 31 arbeitet, man deswegen auf ihn angewiesen ist. Nachdem Bashir nach Deep Space 9 zurück gekehrt ist taucht Sloan plötzlich wieder auf und dankt Bashir für seine Hilfe. ({{DS9|Unter den Waffen schweigen die Gesetze}})

Laut dem [[Romane|Roman]] ''[[Die Rückkehr]]'' behandelt Julian Bashir 2371 zusammen mit [[Leonard McCoy]] den von den [[Borg]] und einer Gruppe abtrünniger Romulaner wieder belebten James T. Kirk. Kirk steht zu dieser Zeit noch unter der Kontrolle der Romulaner, doch zusammen mit McCoy gelingt es Bashir die Borgimplantate, welche Kirk kontrollieren zu entfernen und Kirk erlangt so sein Bewusstsein wieder. Später hilft Bashit mit eine Gruppe von Borg und deren Heimatwelt zu vernichten.

Nach dem Roman ''[[Trill: Unvereinigt]]'' beenden Dax und Bashir Ende 2376 ihre Beziehung.