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[[Datei:Ibudans Klon.jpg|thumb|Bashir untersucht den Klon von Ibudan.]]
Wenig später wird der Bajoraner [[Ibudan]] tot in der [[Holosuite]] aufgefunden. Bashir leitet die medizinische Untersuchung in dem Fall und Odo beginnt mit den Ermittlungen. Mit der Zeit führen die [[Indiz]]ien auf Odo und dieser wird [[Verdacht|verdächtigt]] Ibudan [[Mord|ermordet]] zu haben. Bashir sammelt inzwischen [[Gen|Gen-Proben]] vom Tatort und untersucht diese. Bashir und Dax forschen gemeinsam und mit der Zeit entwickelt sich eine [[Zelle (Biologie)|Zellkultur]] die zu wachsen beginnt. Schließlich erkennt Bashir, dass sich aus dieser Zellkultur ein [[Klon]] von Ibudan entwickelt. Es stellt sich dadurch heraus, dass Ibudan in Wirklichkeit gar nicht ermordet worden ist, sondern das sein [[Ibudan (Klon 1)|Klon ]] getötet wurde. Später kann Odo den echten Ibudan für den Mord an seinem Klon verhaften. Ibudan wollte diesen Mord Odo in die Schuhe schieben, um sich an Odo zu rächen, da Odo ihn vor Jahren verhaften lassen hat. Zu dieser Zeit ist Bashir ziemlich [[Eifersucht|eifersüchtig]] auf Sisko in Bezug auf Dax. Bashir denkt, Sisko und Dax könnten eine Beziehung beginnen, aber nach einem Gespräch mit diesem erfährt Bashir, dass Sisko kein Interesse an Dax hat und die beide nur Freunde sind. ({{DS9|Unter Verdacht}})
Wenige Wochen später löst [[Chief]] [[Miles O'Brien]] bei der Reparatur eines [[Replikator]]s eine Vorrichtung aus, durch die ein [[Aphasie|Aphasie-Virus]] über die Station verbreitet wird. Durch die Benutzung des Replikators wird der Virus verbreitet und O'Brien ist der erste Infizierte dieser Krankheit. Durch den [[Virus]] werden die neuralen und visuellen Reize vom [[Gehirn]] falsch verarbeitet. Bashir untersucht O'Brien und versucht heraus zu finden, was diese seltsame Aphasie auslöst. Doch Bashir findet keine Hinweise was diese Aphasie auslöst. Als Bashir erste Erkenntnisse über diese Krankheit Sisko erläutern will, erkrankt auch Dax an dieser Krankheit. Durch diese plötzliche Erkrankung findet Bashir heraus, dass ein Virus für diese Aphasie verantwortlich ist. Da immer mehr Personen an dieser Krankheit erkranken, wird die Station unter [[Quarantäne]] gestellt. Bei seinen Forschungen erkennt Bashir, dass sich der Virus mittlerweile über die [[Luft]] verbreitet. Während Bashir versucht ein Heilmittel zu finden, wird auch er infiziert. Major Kira gelingt es später zusammen mit dem Bajoraner [[Surmak Ren]], der Mitentwickler des Virus gewesen ist, ein Heilmittel zu finden. Surmak Ren bewundert den Erfolg von Bashir und knüpft daran an. Mit dem Heilmittel können die kranken Bewohner der Station behandelt werden. ({{DS9|Babel}})
Ende des Jahres kommt es durch [[Vedek]] [[Winn Adami]] zu einem Konflikt zwischen der Föderation und den Bajoranern auf der Station. Zu dieser Zeit wird [[Fähnrich]] [[Aquino]] von der Bajoranerin [[Neela]] getötet. Bashir untersucht die Überreste von Aquino und Odo ermittelt in diesem Fall. Kurz darauf besucht Vedek [[Bareil Antos]] die Station, um diesen Konflikt beilegen. Doch Neela versucht Bareil im Auftrag von Winn zu ermorden, doch sie kann von Sisko aufgehalten werden. Bareil gelingt es mit seinen friedlichen Reden den Konflikt beilegen. ({{DS9|Blasphemie}})
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[[Datei:Bashir rettet Kira.jpg|thumb|left|Bashir rettet Kira.]]