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Kurz darauf übernimmt die ''Defiant'' die [[Argolis-Mission]]. Zu der Zeit ist Sisko der [[Adjutant]] von Admiral Ross und arbeitet auf der Sternenbasis 375. Jadzia Dax wird der neue Kommandant der ''Defiant''. Die ''Defiant'' hat bei dieser Mission den Auftrag eine [[Sensorenphalanx]] des Dominions zu vernichten. Während der Mission übernimmt Bashir die [[Conn]] für den erkrankten [[Haj]]. Dax ist erstaunt, dass Bashir ein so guter Pilot ist. Die Mission ist erfolgreich und die Phalanx wird vernichtet. Nach dieser Mission feiern die Offiziere bei Sternenbasis 375 ihren Erfolg. ({{DS9|Hinter der Linie}})
Wenig später bereitet Captain Sisko bereitet auf der Sternenbasis 375 die [[Operation Rückkehr]] für die Rückeroberung von Deep Space 9 vor. Die Föderationsflotte bricht auf, um die Station zurück zu erobern. Es kommt zu schweren Gefechten mit den Cardassianern und den Dominion. Mit Hilfe der Klingonen gelingt es der Föderation Deep Space 9 zurück zu erobern. Als Bashir und O'Brien wieder zurück auf der Station sind, verabreden sich die beiden für die Holosuite, um ihre Schlachten wieder durch zuspielen. ({{DS9|Ein kühner Plan|Sieg oder Niederlage}})
[[Datei:Bashir und O'Brien leiden.jpg|thumb|Julian Bashir und Miles O'Brien leiden während der Kal'Hyah.]]
Nach der Rückeroberung der Station planen Worf und Jadzia Dax ihre [[Klingonische Hochzeit|Hochzeit]]. Worf fragt seine Freunde, ob sie an dem [[Kal'Hyah]]-Ritual teilnehmen. Bashir denkt sofort an eine Junggesellenabschiedsparty und sagt sofort zu. Aber in Wirklichkeit handelt es sich um eine harte Prüfung für die Ausdauer. So muss Bashir vier Tage in der Hitze fastenund dies zerrt sehr an seinen Kräften. Während der Prüfung des Blutes schläft Bashir schließlich vor Erschöpfung ein. Worf fragt darauf wer sich als erstes freiwillig meldet, um sich seine Adern aufschneiden zu lassen. Als O'Brien bemerkt, dass Bashir schläft, treten O'Brien, Sisko und [[Alexander Rozhenko]] einen Schritt zurück. Somit ist Bashir ohne es zu ahnen der erste Freiwillige für diese Prüfung. Später müssen Bashir und O'Brien über glühende Kohlen [[Kohle]]n hängenund beide schwören sich bei Worf für diese Qualen zu rächen. Durch Doch durch einen Streit von Worf und Dax wird die Hochzeit abgesagt. Als dies Bashir und O'Brien erfahren, freuen sie sich, dass sie endlich wieder was essen dürfen. Als die Beide begeben sich darauf in Quarks, um dort etwas zu essen. Doch als Quark den beiden gerade bei Quark was essen wollendas Essen vorbei bringt, hält sie Sisko davon vom Essen ab, da die Hochzeit nun doch statt findet. Auf der Hochzeit dürfen die Teilnehmer der Kal'Hyah darauf das Paar symbolisch verprügeln. Während der Hochzeit Bashir und O'Brien können es nicht erwarten zu schlagen zu können und Bashir fragt Bashir Martok ständig wann er endlich zuschlagen darf. Als die Hochzeit abgeschlossen ist, dürfen Bashir und O'Brien endlich auf Worf einschlagenund beide stürzen sich auf Worf, um sich für das Leiden, welches die beiden während des Kal'Hyah ertragen mussten, zu rächen. ({{DS9|Klingonische Tradition}}) [[Datei:Bashir und die Mutanten.jpg|thumb|left|Bashir und die genetisch aufgewerteten Menschen führen Berechnungen durch.]]
Als [[Bareil Antos (Spiegeluniversum)|Bareil Antos]] aus dem [[Spiegeluniversum]] erscheint, interessiert sich Bashir sehr für das Verhältnis zwischen ihm und Major Kira. ({{DS9|Erkenntnis}})
[[Datei:Bashir kümmert sich um die Überlebenden.jpg|thumb|Julian Bashir kümmert sich um die Überlebenden der USS ''Honshu''.]]
== Alternative Leben ==
=== Alternative Zukunft ===
[[Datei:Bashir 2422.jpg|thumb|Julian Bashir in einer alternativen Zukunft.]]
In einer [[Alternative Zeitlinie|Alternativen Zeitlinie]] wird Captain Sisko 2372 durch einen Unfall in den [[Subraum]] gezogen. Da es keine Möglichkeit gegeben hat Sisko zu retten, wird dieser für tot erklärt. Bashir nimmt schließlich an der Gedenkfeier für Sisko teil. 2373 taucht Sisko wieder auf und Bashir untersucht ihn darauf. Aber Bashir kann nicht verhindern, dass Sisko wieder in den Subraum gezogen wird. In der Zwischenzeit verschlechtern sich die Beziehung zwischen den Klingonen und der Föderation immer mehr und schließlich verlässt die Sternenflotte Deep Space 9. Jake Sisko versucht einige male seinen Vater zurück zu holen, aber es gelingt ihm nicht. [[25. Jahrhundert|2422]] versuchen Jake Sisko, Jadzia Dax, Julian Bashir und Captain Nog Sisko aus dem Subraum zu befreien. Bashir ist in dieser Zeit bereits zum Commander befördert worden. Bashir führt in dieser Zeit viele Referate oder er kümmert sich um seine Kinder. Auf der ''Defiant'' wird der Unfall, durch den Sisko in den Subraum gezogen worden ist, nachgestellt. Aber auch dies misslingt Jake und ihm gelingt es nicht seinen Vater zu retten. Jahre später findet Jake heraus, dass sein Tod seinen Vater retten kann. Beim letzten Besuch von seinen Vater tötet sich Jake und Benjamin Sisko wird zu dem Moment des Unfalls zurück geschleudert. Sisko kann diesen Unfall verhindern und diese [[Zeitlinie]] wird aufgelöst. ({{DS9|Der Besuch}})
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