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Die ersten drei Monate verlaufen schlecht für die Föderation. Die Föderation und die Klingonen haben viele Verluste im Dominion-Krieg. Bashir verbringt diese Zeit auf der ''Defiant'' und muss sich um die vielen Verletzten kümmern. Schließlich wird die ''Defiant'' zur [[Sternenbasis 375]] beordert. Dort angekommen bekommt Captain Sisko von Admiral [[William Ross]] den Auftrag mit einem erbeuteten Jem'Hadar-Angriffsjäger ein Ketracel-White Lager des Dominions zu vernichten. Siskos Offiziere üben zwei Wochen auf dem Schiff, um sich mit der Steuerung vertraut zu machen. Bashir ist besorgt, dass es auf diesem Schiff keine Krankenstation gibt. Unter dem Kommando von Sisko beginnt die Mission und es gelingt ihnen das Vorratslager des Dominions zu vernichten. Aber durch einen Unfall wird das Schiff schwer beschädigt und der Warpantrieb fällt aus. Somit sind Sisko und seine Crew im Dominionraum gestrandet. ({{DS9|Zeit des Widerstands}})
[[Datei:Dax_Energiezelle_Phaserphalanx.jpg|thumb|left|Die Offiziere feiern ihren Erfolg.]]
Kurz darauf übernimmt die ''Defiant'' die [[Argolis-Mission]]. Zu der Zeit ist Sisko der [[Adjutant]] von Admiral Ross und arbeitet auf der Sternenbasis 375. Jadzia Dax wird der neue Kommandant der ''Defiant''. Die ''Defiant '' hat bei dieser Mission den Auftrag eine [[Sensorenphalanx]] des Dominions zu vernichten. Während der Mission übernimmt Bashir die [[Conn]] für den erkrankten [[Haj]]. Dax ist erstaunt, dass Bashir ein so guter Pilot ist. Die Mission ist erfolgreich und die Phalanx wird vernichtet. Später Nach dieser Mission feiern die Offiziere bei Sternenbasis 375 ihren Erfolg. ({{DS9|Hinter der Linie}})
Captain Sisko bereitet auf der Sternenbasis 375 die [[Operation Rückkehr]] für die Rückeroberung von Deep Space 9 vor. Die Föderationsflotte bricht auf, um die Station zurück zu erobern. Es kommt zu schweren Gefechten mit den Cardassianern und den Dominion. Mit Hilfe der Klingonen gelingt es der Föderation Deep Space 9 zurück zu erobern. Als Bashir und O'Brien wieder zurück auf der Station sind, verabreden sich die beiden für die Holosuite, um ihre Schlachten wieder durch zuspielen. ({{DS9|Ein kühner Plan|Sieg oder Niederlage}})