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[[Datei:Data und Bashir.jpg|thumb|left|Data und Bashir arbeiten zusammen.]]
Als [[Tosk]] aus dem [[Gamma-Quadrant]] auftaucht und auf Deep Space 9 herum geführt wird, ist dieser erstaunt eine [[Krankenstation]] vor zu finden. O'Brien stellt Tosk Bashir als Chefarzt vor. Später kehrt Tosk in den Gamma-Quadrant zurück. ({{DS9|Tosk, der Gejagte}})
Nach einer Expedition in den Gamma-Quadranten, wird eine junge Frau namens [[Vash]] mit nach Deep Space 9 gebracht. Die [[Offizier]]e an Bord der Station können sich nicht erklären, wie sie ohne das Wissen über das Wurmloch in den Gamma-Quadrant gekommen ist. Bashir untersucht sie nach Krankheiten, stellt aber fest, dass sie absolut gesund ist. Bei der Untersuchung von Vash [[flirt]]et Bashir mit ihr. Später stellt sich heraus, dass Vash mit [[Q]] zusammen im Gamma-Quadrant gewesen ist, allerdings will Vash nichts mehr mit Q zu tun haben. Als Vash gerade mit Q streitet, besucht Bashir sie in ihrem [[Quartier]] und Q verschwindet. Bashir will sich mit ihr im Replimat verabreden. Bei dem Gespräch erscheint Q heimlich hinter Bashir und schneidet Grimassen ohne dass es Bashir bemerkt. Wenig später wartet Bashir auf Vash im Replimat und bestellt einen [[Pfefferminztee]]. Da erscheint Q als [[Kellner]] und will ihm die Verabredung ausreden. Als sich Bashir dies nicht ausreden lässt, wird Bashir durch den Einfluss von Q müde und legt sich schlafen. Bashir verschläft die darauf folgenden Ereignisse, die beinahe zur Vernichtung der Station geführt hätten. Wenig später verschwindet Q wieder und Bashir erkundigt sich bei Dax ob er in der Zwischenzeit etwas verpasst hat. ({{DS9|Q – Unerwünscht}})
Bei einer [[Expedition]] in den Gamma-Quadranten wird eine fremde Technologie mitgebracht. Bashir hält dieses Gerät für einen medizinischen [[Scanner]] und möchte diesen untersuchen. Zu der Zeit dockt die [[USS Enterprise (NCC-1701-D)|USS ''Enterprise'' (NCC-1701-D)]] an Deep Space 9 an. Da die Station noch nicht über die geeigneten Mittel verfügt, untersucht Bashir das Gerät an Bord der ''Enterprise''. Er untersucht es unerlaubt auf der Krankenstation und [[Lieutenant Commander]] [[Data]] stellt ihn deswegen zur Rede. Bashir entschuldigt sich bei ihm und Data unterstützt Bashir darauf bei seiner Forschung. Bashir ist von Data fasziniert und erkundigt sich über Datas persönliche Funktionsweise. Bei den [[Experiment]] mit dem Gerät geht aber etwas schief und Data wird von einen Plasmastrahl getroffen und verliert sein Bewusstsein. In diesem Zustand [[Traum|träumt]] Data zum ersten Mal und er will diesen Zustand weiter Erforschen. Bashir ist von diesen Ereignissen begeistert und hilft Data weitere Träume zu erleben. Nachdem das Experiment erfolgreich verlaufen ist und Data weitere Träume erlebt hat, erlaubt Data Bashir für seine Hilfe einen Bericht von diesen Ereignissen für das [[Kybernetik-Journal]] der Sternenflotte zu schreiben. Bashir bedankt sich bei Data und wünscht angenehme Träume. ({{TNG|Der Moment der Erkenntnis, Teil I}})
Einige Zeit später verabreden sich Bashir und Dax wiederim Replimat. Bashir möchte nach der Verabredung Dax in ihr Quartier begleiten, doch Dax lehnt dies ab und sie macht Bashir ihm klar, dass sie kein romantisches Interesse an ihm hat und geht. Bashir folgt ihr aber zu ihrem Quartier und sieht wie Dax von Fremden angegriffen und [[Entführung|entführt ]] wird. Bashir versucht ihr zu helfen, aber die Angreifer können mit ihr entkommen. Bashir gelingt es mit letzter Kraft die Sicherheit zu rufen, doch die Entführer können mit ihrem Schiff entkommen. Mit dem [[Traktorstrahl]] von Deep Space 9 kann das fliehende Schiff jedoch aufgehalten werden. Die Entführer sind [[Klaestroner]]. [[Ilon Tandro]] , welcher Dax entführt hat, hat einen Haftbefehl gegen und macht den vorherigen Wirt von Jadzia [[Curzon Dax]] für den Verrat an seinem [[Ardelon Tandro|Vater]] verantwortlich und will sie dafür anklagen. Sisko will dies aber nicht zulassen, da Curzon und Jadzia zwei unterschiedliche Personen sind. Es kommt zu einer Verhandlung wegen der Auslieferung von Dax. Bashir macht dort seine Aussage zu diesem Fall aus der medizinischen Sicht. Am Ende der Verhandlung wird auch erwiesenInzwischen findet Odo auf [[Klaestron IV]] [[Beweis]]e, dass Dax unschuldig ist. Durch die Beweise ist die Unschuld von Curzon diesen Verrat nie begangen hat Dax erwiesen und Dax wird freigesprochenIlon Tandro zieht seinen Haftbefehl zurück. ({{DS9|Der Fall Dax}})
[[Datei:Chula chap4.jpg|thumb|left|Bashir scheidet bei Chula aus.]]
Während einer Mission mit der [[USS Rio Grande|USS ''Rio Grande'']] erhalten Bashir und Kira einen [[Notruf]] von einem [[Kobliade|kobliadischen]] [[Frachter]]. Die beiden gehen den Notruf nachund begeben sich auf dem Frachter. Bashir hilft den Kobliaden, aber [[Ty Kajada]] warnt Bashir davor, den in einem versiegelten Bereich befindlichen Verbrecher [[Rao Vantika]] zu helfen. Als Arzt hilft er ihm aber trotzdem. Bashir kann aber nicht mehr viel für ihn tun und Vantika stirbt. Bashir bemerkt nicht, dass Vantika seinen Geist in seinen [[Körper ]] transferiert, als Vantika Julian Bashir unerwartet [[Würgen|würgt]]. Vantika hat nun die Kontrolle über Bashirs Körper. Mit Hilfe von [[Quark]] und einigen Mittelsmännern gelingt es Vantika im Körper von Bashir die Kontrolle über den [[Deuridium]]-Frachter [[Norkova|''Norkova'']], der sich auf dem Weg vom Gamma-Quadranten zu Deep Space Nine befindet, zu übernehmen. Mit Bashir versucht zu mit den Frachter zu fliehen, doch mit einem modifizierten Traktorstrahl, den Commander Benjamin Sisko auf den den [[Frachter]] schießt, gelingt es Sisko, den fliehenden Vantika aufzuhalten. Vantika droht den Frachter zu vernichten und somit auch Bashir zu töten. Doch inzwischen erlangt Bashir durch den modifizierten Traktorstrahl kurzzeitig die Kontrolle über seinen den Körper und er stoppt darauf den Frachterdeaktiviert die [[Schutzschild]]e des Frachters. Bashir wird auf Deep Space 9 zurück gebeamt und dort von Vantika befreit. Die Überreste von Vantika werden durch Kajada vernichtet. Nach diesen Ereignissen kann sich Bashir an nichts erinnern, was Vantika mit seinem Körper getan hat. ({{DS9|Der Parasit}})
[[Datei:Julian Bashir im Kampfgebiet.jpg|thumb|Bashir umgeben von toten Ennis und Nol-Ennis.]]