Als [[Major]] [[Kira Nerys]] unter starken [[Stress]] steht, verordnet [[Julian Bashir]] Kira ihr, sich im Quarks zu entspannen. Sie bekommt dort zur Auswahl, ein Glas Karvino-Saft, [[Lorvan-Cracker]], einen [[Jumja-Stick]], Spielmarken und ein Besuch in der [[Holosuite]]. Bashir verordnet ihr, dass sie zwei von diesen Dingen nutzen muss. Quark bekommt von Bashir den Auftrag sie Kira zu überwachen, damit sie sich Kira entspannt. ({{DS9|Defiant}})

Als die Führungsoffiziere mit der ''Defiant'' die Erde besuchen, kommt es zu einem Transporterunfall. Sisko, Dax und Bashir werden in die Vergangenheit gebeamt. Bashir und Sisko erwachen in [[San Francisco]] im Jahr [[2024]]. Die beiden werden von zwei Aufsehern gefunden und da sich die beiden nicht ausweisen können, werden Sisko und Bashir in eine [[Schutzzone]] gebracht. In diesen Schutzgebieten leben zu dieser Zeit, Arbeitslose und Behinderte, die dort versorgt werden sollen. In Wirklichkeit herrscht in diesen Gebieten große Armut. Sisko und Bashir versuchen aus dieser Schutzzone zu entkommen, aber dies gelingt ihnen nicht. Die Den beiden gelingt es, dort heimische Kleidung zu bekommen und sich mit einigen Einwohnern der Schutzzone an zu freundenanzufreunden. Eines Abends wird Bashir von [[B.C. Coleridge]] angegriffen. Bashir wird darauf von [[Gabriel Bell]] verteidigt. Coleridge tötet Bell, raubt ihn dann aus und verschwindet. Sisko bemerkt, dass durch diesen Mord die [[Zeitlinie]] verändert worden ist. Kurz darauf brechen Unruhen in den Schutzzonen aus, damit . Damit die Zeitlinie erhalten bleibt, übernimmt Sisko die Rolle von Gabriel Bell. ({{DS9|Gefangen in der Vergangenheit, Teil I}})

Durch einen Unfall wird [[Vedek]] [[Bareil Antos]] schwer verletzt. Bashir tut zwar alles um ihn zu retten, aber Bareil stirbt an seinen Verletzungen. Bei der [[Autopsie]] werden plötzlich [[Nerv]]en von Bareil aktiviert und Bareil erwacht wieder. Zu der Zeit finden wichtige Behandlungen Verhandlungen zwischen den Cardassianern und den Bajoranern statt. [[Kai]] [[Winn Adami]] benötigt Bareil als Berater für die Verhandlungen. Aber Bareils Zustand ist nicht stabil und Bashir möchte ihn zu Sicherheit ins Koma versetzen. Aber Bareil lehnt ab und will lieber ein neues Medikament testen. Bashir ist zwar dagegen, aber er verabreicht ihm aber das Medikament. Durch das Medikament versagen die [[Organ]]e von Bareil und auch das [[Gehirn]]. Winn gelingt es erfolgreich die Verhandlungen abzuschließen. Aber bei Bareil versagt das Gehirn. Bashir könnte es zwar durch ein Implantat ersetzen, aber Bashir will das nicht, da er so den Funken des Lebens von Bareil auslöscht. Kurz darauf stirbt Bareil. ({{DS9|Der Funke des Lebens}})

Bashir wird kurz darauf für den [[Carrington-Preis]] nominiert. Bashir Er ist damit die jüngste Person, welche jemals für diesen Preis nominiert worden ist. Aber Bashir ist nicht begeistert über diese Auszeichnung, da er sich ebenfalls zu jung für diesen Preis hält. Seine Freunde versuchen ihn in der Zwischenzeit zu ermutigen diesen Preis anzunehmen. Als die Verleihung stattfindet warten alle gespannt, wer den Preis bekommt. Schließlich bekommt Doktor [[Henri Roget]] den Preis und Bashir ist ein wenig enttäuscht, dass er doch nicht gewonnen hat. ({{DS9|Das Motiv der Propheten}})

Nach einem gemeinsamen Essen mit Garak kommt es zu einem Anschlag auf dessen Geschäft. Garak wird dabei verletzt und Bashir eilt sofort seinem Freund sofort zur Hilfe. Odo leitet die Ermittlung, wer diesen Anschlag begangen hat. Er findet heraus, dass Garak selbst für diesen Anschlag verantwortlich gewesen ist. Garak will dadurch verhindern, dass er vom ehemaligen Chef des Obsidianischen Orden Enabran Tain getötet wird. Odo und Garak versuchen darauf Tain aufzuspüren. Bashir verabschiedet sich von seinen Freund und Garak beginnt mit seiner Suche nach Tain. Odo und Garak werden kurz darauf von den Romulanern und Cardassianern gefangen genommen. Die beiden Spezies planen einen Angriff auf das Dominion und Tain leitet diese Operation. Zu der Zeit bemerkt Bashir, der mit O'Brien zusammen Mittag isst, dass Garak ihm sehr fehlt. Gleichzeitig fliegt die Flotte der Cardassianer und der Romulaner durch das Wurmloch in den Gamma-QuadrantQuadranten. Bashir beteiligt sich an der Rettung von Garak und Odo, er fliegt mit der ''Defiant'' in den Gamma-Quadranten. Die Romulaner und Cardassianer geraten in eine Falle des Dominions und die Flotte wird vollständig vernichtet. Odo und Garak gelingt es im letzten Moment zu entkommen und sie werden auf die ''Defiant'' gebeamt. Bashir behandelt die beiden danach. Der ''Defiant'' gelingt es der Dominionflotte zu entkommen und in den Alpha-Quadrant zurück zufliegen. ({{DS9|Der geheimnisvolle Garak, Teil I|Der geheimnisvolle Garak, Teil II}})

Wenige Wochen später erfährt Bashir, dass seine ehemalige Studienkollegin Elizabeth Lense von der ''Lexington'' nach Deep Space 9 kommt. Bashir ist ganz aufgeregt, aber als sie ihn sieht beachtet Lense ihn nicht. Bashir ist ziemlich enttäuscht darüber. Zusammen mit O'Brien betrinkt er sich und er ist sehr wütend auf Lense. Aber O'Brien rät ihm Lense anzusprechen, Bashir tut dies dann auch. Es stellt sich heraus, dass Lense ihn damals auf der Akademie mit dem [[Andorianer]] [[Erib]] verwechselt hat. Darauf verbringen die beiden ihren Abend im Quarks. ({{DS9|Die Erforscher}})

Ende des Jahres nimmt Bashir an der Feier zur [[Beförderung]] von Captain Sisko teil. Später fliegt Bashir mit der ''Defiant'' zur [[Tzenkethi]]-[[Heimatwelt]]. Sisko hat den Auftrag einen Krieg zwischen der Föderation und den Tzenkethi zu verhindern. Aber auf der ''Defiant'' befindet sich ein Saboteur, welcher das Schiff sabotiertbeschädigt. O'Brien verdächtigt zuerst Bashir, da er diesen in den [[Jefferies-Röhre]]n gesehen hat. Bashir bestreitet dies aberjedoch. Später stellt sich heraus, dass ein [[Gründer]] für die Sabotage verantwortlich ist und auch Bashirs Gestalt angenommen hat. Der Gründer versucht einen Krieg zwischen der Föderation und den Tzenkethi auszulöschenauszulösen, damit sie so leichter den Alpha-Quadrant Quadranten erobern können. Der Gründer sperrt kurz darauf Bashir ein und setzt in Bashirs dessen Gestalt Jadzia Dax außer Gefecht. Später kann der Gründer enttarnt werden, als der echte Bashir wieder auftaucht. Am Ende gelingt es Odo den Gründer aufzuhalten, indem er ihn tötet. Dadurch bleibt der Frieden zwischen der Föderation und den Tzenkethi erhalten. ({{DS9|Der Widersacher}})