Anfang [[2370]] behandelt Bashir [[Li Nalas]], nachdem er und einige Bajoraner von Kira und O'Brien aus einem Cardassianischen [[Arbeitslager]] befreit worden sind. Zu der Zeit wird die [[Allianz für globale Einheit]] auf Bajor und Deep Space Nine aktiv. Diese Organisation wird auch <q>Der Kreis</q> genannt und hat das Ziel Bajor von allen Nichtbajoranern zu befreien. Einige Mitglieder des Kreises greifen kurz darauf Quark an. Bashir behandelt den verletzten Quark. In der Zwischenzeit übernimmt Li Nalas den Posten von Major Kira ein und Kira wird nach Bajor versetzt. Die Freunde von Kira, darunter auch Bashir verabschieden sich von ihr und wünschen Kira alles gute. Auf Bajor wird Kira vom Kreis entführt und gefoltert. Sisko startet darauf eine Befreiungsaktion und fliegt nach Bajor. Es kommt zu kämpfen Kämpfen im Versteck des Kreises und Bashir findet die schwer verletzte Kira und kann an mit ihr an Bord des Runabout [[beamen]]. Dem Kreis gelingt es die [[Regierung]] von Bajor zu Übernehmen. Die Föderation wird aufgefordert sich von Deep Space 9 zurückzuziehen. Sisko hat mit Hilfe von Odo herausgefunden, dass der Kreis von den Cardassianern mit Waffen beliefert wird. Sisko will verhindern, dass die Cardassianer wieder Bajor übernehmen. Sisko bleib bleibt deswegen mit einigen Offizieren auf Deep Space 9 zurück um die Übernahme des Kreises zu verhindern. Kira und Dax bringen währenddessen den Beweis nach Bajor, dass die Bajoraner von den Cardassianern beliefert werden. Es kommt auf der Station zu einigen Kämpfen und die Sternenflottenoffiziere sorgen für genügend Ablenkung. Es gelingt , ihnen genügend Zeit zu verschaffen, so dass Kira und Dax den Beweis überbringen können. Als die Bajoraner sehen, dass die Cardassianer hinter alldem all dem stecken, wird der [[Putsch]] des Kreises beendet und die Föderationsangehörigen kehren nach Deep Space 9 zurück. Trotz des Siegs wird Li Nalas von [[Colonel]] [[Day Kannu|Day]] erschossen. Bashir kann nichts für ihn tun. ({{DS9|Die Heimkehr|Der Kreis|Die Belagerung}})

Kurz darauf wird Deep Space 9 aufgrund eines [[Plasmasturm]]s vollständig evakuiert. Nur eine Notbesatzung, darunter auch Bashir bleibt zurück. Auch Quark bleibt wegen seinem Latinum auf der Station zurück. Quark versucht weiter Geschäfte zu machen und hat mit einem Söldner namens [[Yeto]] Kontakt. Quark manipuliert für ihn die [[Andockrampe]]n. Kurz darauf erhält die Station einen Notruf von einem Schiff und Sisko lässt es an die Station andocken. Aufgrund von Quarks Manipulation können die Söldner, welche von dem Trill [[Verad]] angeführt werden, bewaffnet auf die Station eindringen. Bashir wird gezwungen Odo in einem Behälter zu sperren und in die [[Stasiskammer]] einzuschließen. Später wird Bashir gezwungen den [[Trill-Symbiont|Symbiont]] von Jadzia zu entfernen und in Verad einzusetzen. Die Operation verläuft zwar erfolgreich, aber aufgrund des Verlustes des Symbionten liegt Jadzia im sterben. Bashir tut alles um sie am Leben zu erhalten. Quark, der wie die anderen Offiziere gefangen gehalten wird erkennt seinen Fehler und das dass er für den Tod von Jadzia verantwortlich sein wird. Er greift den Klingonen [[T'Kar]] an und wird beim Angriff leicht verletzt. Auf der Krankenstation tut Quark, als ob er schwer verletzt ist und so gelingt es ihm und Bashir den Klingonen Yeto zu überwältigen und Odo zu befreien. Odo und Sisko gelingt es schließlich Verad und seine Söldner aufzuhalten. Im letzten Moment kann Bashir Jadzia ihren Symbiont zurückgeben und sie wird gerettet. ({{DS9|Der Symbiont}})

Als sich Bashir und Garak im Replimat treffen , wird Garak von einem cardassianische cardassianischen Jungen [[Rugal]] angegriffen. Der Junge ist eine Cardassianische cardassianische Kriegswaise, welche auf Bajor zurückgeblieben ist. Plötzlich meldet sich [[Gul]] [[Dukat]] und zeigt großes Interesse an dem Jungen. Garak vermutet, dass da etwas mit Rugal nicht stimmt. Bashir und Garak forschen wegen den Kriegswaisen auf Bajor nach. In der Zwischenzeit stellt sich heraus, dass Rugal der Sohn von [[Kotan Pa'Dar]] ist. Garak und Bashir finden heraus, dass Dukat hinter einer Konspiration steckt, welche Kotan Pa'Dar entmachten soll. Rugal ist das Opfer dieser Konspiration und verschwindet während der [[Cardassianische Besetzung von Bajor|Cardassianischen Besetzung von Bajor]] und wird für tot erklärt. Später soll er nach laut Dukat als Kriegswaise auftauchen und Kotan Pa'Dar als verantwortungslosen Vater darstellen. Damit hätte Kotan Pa'Dar seine Position in der Regierung verloren. Als Bashir Dukat dieses alles vorwirft, verlässt Dukat den Raum und gibt somit indirekt seine Schuld zu. Rugal kehrt zu seinem Vater nach Cardassia zurück. ({{DS9|Die Konspiration}})

Bashir und O'Brien arbeiten lange zusammen um alles für [[Melora Pazlar]], welche von einem Planeten mit niedriger [[Schwerkraft]] stammt, auf Deep Space Nine vorzubereiten. Melora Pazlar will aufgrund ihr Behinderung in normaler Schwerkraft keine Hilfe von Fremden. Da Bashir ihr Helfen helfen will, ist sie auch zu ihm anfangs feindselig. Bashir findet kurz darauf eine Methode, wie sie sich auch bei normaler Schwerkraft bewegen kann. Sie stimmt dieser Behandlung zu. Melora Pazlar macht Fortschritte und kann sich mit der Zeit normal bewegen. In der Zeit wo Bashir Melora Pazlar behandelt, kommen sich die beiden näher. Die beiden verabreden sich im [[Klingonisches Restaurant|klingonischen Restaurant]]. Später küssen sich die beiden in dem [[Quartier]] von Melora. Melora Pazlar entscheidet sich später die Behandlung abzubrechen, da sie so nicht mehr auf ihrer [[Heimatwelt]] leben kann. Kurz darauf verlässt Melora Pazlar wieder die Station. ({{DS9|Das Melora-Problem}})

Bashir behandelt Quark, nachdem dieser umgefallen ist , als er erfahren hat, dass Pel eine Ferengifrau ist. ({{DS9|Profit oder Partner}})

Als Quark von einem unbekannten Unbekannten angegriffen wird , behandelt Bashir den schwer verletzten Quark. Obwohl Quark in Lebensgefahr schwebt, gelingt es Bashir sein Leben zu retten. ({{DS9|Die Ermittlung}})

Einige Zeit später kommt ein Schiff mit Flüchtlingen aus dem Gamma-Quadrant Quadranten nach Deep Space 9. Sisko nimmt die Flüchtlinge auf die Station auf. Bashir behandelt die verletzten Verletzten [[Skrreea]]. Da Bashir aber ein Mann ist, vertraut ihm [[Haneek]], die Anführerin der Skrreea nicht. Kira, kann sie aber davon überzeugen ,dass Bashir den Skrreea helfen kann. ({{DS9|Auge des Universums}})

Um sich mit O'Brien besser anzufreunden , lädt Bashir ihn zu einem Racquetballmatch ein. O'Brien nimmt an, aber verliert gegen den überlegenen Bashir. O'Brien fühlt sich in seiner [[Ehre]] verletzt und fordert Bashir einige weitere Male heraus. Obwohl O'Brien weiterhin verliert , versucht er weiter gegen den Arzt zu spielen. Bashir macht sich inzwischen Sorgen um den Chief, da er nicht mehr der jüngste ist. Um O'Brien nicht zu überfordern gelingt es Bashir mit einigen Tricks die Spiele vorzeitig abzubrechen. Zu der Zeit befindet sich der [[El-Aurianer]] [[Martus Mazur]] an Bord der Station. Dieser besitzt ein außerirdischen außerirdisches [[Glücksspiel|Glücksspielgerät]]. Zu der Zeit weiß niemand, dass seine Spielgeräte das Glück jeder Person auf der Station beeinflusst. Mazur eröffnet sein eigenes Lokal und wird somit einen direkter Konkurrent von Quark. Um sein Geschäft wieder aufleben zulassen , lässt Quark ein Racquetballmatch zwischen Bashir und O'Brien veranstalten. Quark nimmt die Wetteinsätze auf den Sieger entgegen, um aber selbst zu gewinnen , versucht Quark Bashir mit einem Trank außer Gefecht zu setzen. Bashir durchschaut aber Quark und das Spiel zwischen O'Brien und Bashir findet ohne Quarks Manipulation statt. Obwohl Bashir wieder überlegen ist, scheint Bashir in diesem Spiel nur Pech zu haben, während O'Brien jeden Ball trifft. Anhand dieses Spiels finden die Führungsoffiziere heraus, dass die Glücksspielgeräte von Mazur für den ganzen Zustand verantwortlich istsind. ({{DS9|Rivalen}})

Bashir behandelt Jadzia Dax, [[Mora Pol]] und [[Weld Ram]], nach dem diese durch den Einfluss eines [[Gas]]es auf [[L-S VI]] verletzt worden sind. Später wird Mora Pol von einer unbekannten Kreatur, während er sich auf der Krankenstation befindet, von einer unbekannten Kreatur angegriffen. Bashir wird auch von der Kreatur angegriffen, als er Mora Pol verteidigt. Später stellt sich heraus, dass Odo diese Kreatur ist. Durch den Einfluss des Gases von L-S VI verwandelt sich Odo unbewusst in diese Kreatur. ({{DS9|Metamorphosen}})

Kurz darauf werden Bashir und O'Brien von den [[T'Lani]] und [[Kelleruner]]n, gebeten bei der Vernichtung einer [[biologische Waffe|biologischen Waffe]], genannt [[Harvester]], zu helfen. Nach einer Woche harter Arbeit gelingt es den Wissenschaftlern diese Waffe zu vernichten. Nachdem die Harvester fast vollständig vernichtet worden ist, werden die Forscher angegriffen und getötet. Bashir und O'Brien gelingt es im letzten Moment zu entkommen und auf den Planeten [[T'Lani III]] zu beamen. Die Botschafter der T'Lani und der Kelleruner erklären die beide Offiziere für Tod tot und schicken eine Botschaft nach Deep Space Nine. Auf dem Planeten hat sich O'Brien mit der Harvester infiziert und droht zu sterben. Bashir tut alles um seinen Freund zu retten und versucht eine Nachricht nach Deep Space Nine zu schicken, in der Hoffnung , dass beide gerettet werden. Sisko glaubt, dass an der Botschaft der T'Lani und der Kelleruner etwas faul ist und fliegt zu dem Planeten T'Lani III. Auf der Oberfläche werden Bashir und O'Brien von den Botschafter Botschaftern beider Völker gefunden. Diese wollen sie töten, da die beiden über die Harvester bescheid wissen. Im letzten Moment könne beide gerettet werden und werden von Sisko an Bord des Shuttles gebeamt. Die T'Lani und die Kelleruner greifen das Shuttle zwar an, aber Sisko kann entkommen. Nachdem Bashir und O'Brien fast gestorben wären, bemerken sie das dieses Erlebnis sie zusammen geschweißt hat und die beiden werden Freunde. ({{DS9|Das Harvester-Desaster}})

Als O'Brien durch einen [[Replikant]] en von [[Parada II]] ersetzt worden ist, bekommt Bashir von Sisko den Auftrag O'Brien genau zu untersuchen, um dies zu Beweisenbeweisen. Aber Bashir kann nichts feststellen. Später kann der Replikant entkommen und Bashir nimmt an der Verfolgung mit teil. Auf Parada II gelingt es den richtigen O'Brien ausfindig zu machen und Bashir behandelt diesen. ({{DS9|O'Briens Identität}})

Als sich Odo und Jadzia Dax im Gamma-Quadrant befinden, bekommt Bashir von Kira den Auftrag Quark zu überwachen, damit dieser keine illegale illegalen Geschäfte durchführt. Bashir ist von diesem Auftrag begeistert, da er von Garak einige Überwachungs -Tricks gelernt hat. ({{DS9|Die Illusion}})

Auf einen Transport lernt Bashir den jungen Trill-Kandidaten [[Arjin]] kennen. Er erzählt dem nervösen Trill alles über Jadzia Dax, welche Arjin zur Vereinigung mit dem Symbionten vorbereitet soll. Später hilft Bashir bei der Erforschung eines [[Mikrokosmos]]es. ({{DS9|Der Trill-Kandidat}})

Einige Wochen später wird der cardassianische [[Frachter]] ''[[Bok'Nor]]'' vom Maquis bei Deep Space 9 vernichtet. Sisko und Gul Dukat leiten einige Untersuchungen zu diesem Anschlag. Sisko will den Maquis in den [[Badlands]] aufspüren und nimmt dafür auch Bashir mit. Auf einen einem Planeten werden sie vom Maquis gefangen genommen. Aber sie werden kurz darauf wieder freigelassen. Später ist Sisko gezwungen einige Schiffe des Maquis aufzuhalten. Es kommt zu einem Kampf im [[Weltraum]]. Mit O'Brien befindet sich Bashir auf der [[USS Mekong|USS ''Mekong'']] und greift die Maquis -Schiffe an. Am Ende gelingt es der Sternenflotte den Maquis vorläufig aufzuhalten. ({{DS9|Der Maquis, Teil I|Der Maquis, Teil II}})

Einige Zeit später bricht Garak im Replimat zusammen. Bashir will Garak behandeln, aber Garak weigert sich von Bashir behandeln zu lassen. Garak begibt sich darauf ins Quark und betrinkt sich dort. Quark ist gezwungen Bashir zu rufen. Bashir bringt den betrunkenen Garak auf die Krankenstation. Dort erfährt Bashir von Garak, dass ein implantat Implantat ausgefallen ist, welches in seinen Körper [[Endorphin]]e frei setzt. Doch Garak ist von diesem Implantat abhängig. Um Garaks Leben zu retten deaktiviert Bashir das Implantat. Garak erzählt Bashir mehre Lügengeschichten, wie er dieses Implantat erhalten hat. Als Garak allerdings unter Entzugserscheinungen leidet beschimpft Garak er Bashir und erzählt wie er sein Leben hasst. Doch um Garaks Leben zu retten , begibt sich Bashir zu [[Enabran Tain]], dem ehemaligen Chef des [[Obsidianischer Orden|Obsidianischen Ordens]]. Von ihm bekommt Bashir ein neue neues Implantat und kann damit Garaks Leben retten. Garak entschuldigt sich darauf für sein Verhalten und er ist Bashir sehr Dankbardankbar, dass dieser sein Leben gerettet hat. ({{DS9|Das Implantat}})

Bashir und Kira helfen wenige Wochen später bei der Einrichtung eines Krankenhauses auf [[Neu Bajor]] im Gamma-QuadrantQuadranten. Als die beiden durch das Wurmloch zurückfliegen, gelangen die beiden sie durch einen Unfall in das [[Spiegeluniversum]]. Die beiden werden dort gefangen genommen und zur Raumstation [[Terok Nor (Spiegeluniversum)|Terok Nor]] gebracht. Da Bashir ein Terraner ist , muss er in die Erzverarbeitung, welche unter der Aufsicht von [[Odo (Spiegeluniversum)|Odo]] steht. Kira wird währenddessen zur [[Intendant]]in [[Kira Nerys (Spiegeluniversum)|Kira]] gebracht. Bashir hat schwer unter Odo zu leiden. Dort freundet Bashir sich mit [[Miles O'Brien (Spiegeluniversum)|Miles "Smiley" O'Brien]] an. Als eine Leitung bricht, nutzen Bashir und die anderen Terraner das Chaos zur Flucht, dabei erschießt Bashir Odo. Mit Hilfe von [[Benjamin Sisko (Spiegeluniversum)|Benjamin Sisko]] aus dem Spiegeluniversum, können die Terraner, Kira und Bashir fliehen. Schließlich gelingt es Bashir und Kira wieder in unser Universum zurück zu kehren. ({{DS9|Die andere Seite}})

Als Ende 2370 Sisko, sein Sohn Jake, Quark und [[Nog]] von dem [[Dominion]] gefangen genommen worden sind, hilft Bashir bei der Befreiung. Zusammen mit der [[USS Odyssey|USS ''Odyssey'']] fliegen die drei Runabouts in den Gamma-Quadrant Quadranten um diese aufzuspüren. Zwar gelingt es Sisko und die anderen zu befreien, aber die Schiffe werden in Kämpfe mit [[Jem'Hadar-Angriffsjäger]]n verwickelt. Als die Föderationsschiffe fliehen wollen , fliegt ein Angriffsjäger in die ''Odyssey'' und vernichtet diese. Die Runabouts gelangen sicher in den Alpha-QuadrantQuadranten. ({{DS9|Der Plan des Dominion}})