Bei seiner Abschlussprüfung hat Bashir einige Probleme. Er braucht sehr lange um seine Aufgaben zu lösen und gehört mit zu den letzten, die die Prüfung abschließen. Aber trotz dieser kleinen Probleme besteht Bashir die Abschlussprüfung erfolgreich. Bashir wird beinahe Klassenbester, aber er verwechselt während der Abschlussprüfung eine [[präganglionische Faser]] mit einem [[postganglionischer Nerv|postganglionischen Nerv]]. Doch er gibt später zu, die Frage absichtlich falsch beantwortet zu haben, um die Klasse nicht als Klassenbester abzuschließtabzuschließen. ({{DS9|Q – Unerwünscht|Ferne Stimmen|Die Erforscher}})

Nach diesen Ereignissen werden die [[Führungsoffizier]]e von Deep Space 9 durch eine [[Telepathie|telepatischetelepathische]] [[Matrix]] der [[Saltah'na]] infiziert. Es kommt durch den Einfluss der Matrix zu einem Machtkampf zwischen Kira und Sisko auf der Station. Die Offiziere stellen sich entweder auf die Seite von Sisko oder Kira. Obwohl auch Bashir infiziert ist, verhält sich dieser in diesem Konflikt neutral. Auch Odo bemerkt diese Vorgänge und berichtet dieses Bashir. Bashir beginnt nach einem Heilmittel zu suchen. Er findet schließlich nach langer Forschung ein Gegenmittel. Odo lockt darauf die infizierten Offiziere in die [[Andockschleuse|Andockschleuse 4]]. Dort aktiviert Odo Bashirs Programm, welches die fremde Matrix bekämpft. Die Offiziere werden von der Matrix befreit und Odo lässt diese Matrix in den [[Weltraum]] entweichen. ({{DS9|Meuterei}})

Anfang [[2370]] behandelt Bashir [[Li Nalas]], nachdem er und einige Bajoraner von Kira und O'Brien aus einem Cardassianischen [[Arbeitslager]] befreit worden sind. Zu der Zeit wird die [[Allianz für globale Einheit]] auf Bajor und Deep Space Nine aktiv. Diese Organisation wird auch <q>Der Kreis</q> genannt und hat das Ziel Bajor von allen Nichtbajoranern zu befreien. Einige Mitglieder des Kreises greifen kurz darauf Quark an. Bashir behandelt den verletzten Quark. In der Zwischenzeit übernimmt Li Nalas den Posten von Major Kira ein und Kira wird nach Bajor versetzt. Die Freunde von Kira, darunter auch Bashir verabschieden sich von ihr und wünschen Kira alles gute. Auf Bajor wird Kira vom Kreis entführt und gefoltert. Sisko startet darauf eine Befreiungsaktion und fliegt nach Bajor. Es kommt zu kämpfen im Versteck des Kreises und Bashir findet die schwer verletzte Kira und kann an mit ihr an Bord des Runabout [[beamen]]. Dem Kreis gelingt es die [[Regierung]] von Bajor zu Übernehmen. Die Föderation wird aufgefordert sich von Deep Space 9 zurückzuziehen. Sisko hat mit Hilfe von Odo herausgefunden, dass der Kreis von den Cardassianern mit Waffen beliefert wird. Sisko will verhindern, dass die Cardassianer wieder Bajor übernehmen. Sisko bleib deswegen mit einigen Offizieren auf Deep Space 9 zurück um die Übernahme des Kreises zu verhindern. Kira und Dax bringen währenddessen den Beweis nach Bajor, dass die Bajoraner von den Cardassianern beliefert werden. Es kommt auf der Station zu einigen Kämpfen und die Sternenflotten Offiziere Sternenflottenoffiziere sorgen für genügend Ablenkung. Es gelingt ihnen genügend Zeit zu verschaffen, dass Kira und Dax den Beweis überbringen können. Als die Bajoraner sehen, dass die Cardassianer hinter alldem stecken, wird der [[Putsch]] des Kreises beendet und die Föderationsangehörigen kehren nach Deep Space 9 zurück. Trotz des Siegs wird Li Nalas von [[Colonel]] [[Day Kannu|Day]] erschossen. Bashir kann nichts für ihn tun. ({{DS9|Die Heimkehr|Der Kreis|Die Belagerung}})

Um sich mit O'Brien besser an zu freunden anzufreunden lädt Bashir ihn zu einem Racquetballmatch ein. O'Brien nimmt an, aber verliert gegen den überlegenen Bashir. O'Brien fühlt sich in seiner [[Ehre]] verletzt und fordert Bashir einige weitere Male heraus. Obwohl O'Brien weiterhin verliert versucht er weiter gegen den Arzt zu spielen. Bashir macht sich inzwischen Sorgen um den Chief, da er nicht mehr der jüngste ist. Um O'Brien nicht zu überfordern gelingt es Bashir mit einigen Tricks die Spiele vorzeitig abzubrechen. Zu der Zeit befindet sich der [[El-Aurianer]] [[Martus Mazur]] an Bord der Station. Dieser besitzt ein außerirdischen [[Glücksspiel|Glücksspielgerät]]. Zu der Zeit weiß niemand, dass seine Spielgeräte das Glück jeder Person auf der Station beeinflusst. Mazur eröffnet sein eigenes Lokal und wird somit einen direkter Konkurrent von Quark. Um sein Geschäft wieder aufleben zulassen lässt Quark ein Racquetballmatch zwischen Bashir und O'Brien veranstalten. Quark nimmt die Wetteinsätze auf den Sieger entgegen, um aber selbst zu gewinnen versucht Quark Bashir mit einem Trank außer Gefecht zu setzen. Bashir durchschaut aber Quark und Spiel zwischen O'Brien und Bashir findet ohne Quarks Manipulation statt. Obwohl Bashir wieder überlegen ist, scheint Bashir in diesem Spiel nur Pech zu haben, während O'Brien jeden Ball trifft. Anhand dieses Spiels finden die Führungsoffiziere heraus, dass die Glücksspielgeräte von Mazur für den ganzen Zustand verantwortlich ist. ({{DS9|Rivalen}})

Nog und Jake Sisko benötigen die Hilfe von Bashir. Die beide versuchen von dem Wissenschaftler [[Elias Giger]] eine [[Baseballkarte]] für Jakes Vater zu bekommen. Um die Karte zu bekommen müssen die beiden Jungs von Bashir [[Hydrosaline|Hydrosaline-Lösung]]-Lösung besorgen. Bashir verlangt dafür, dass Jake und Nog ihm seinen Teddy Kukalaka von Leeta zurück holen. Die beiden tun dies und Bashir bekommt seinen Teddy wieder. Mit Hilfe der Hydrosaline-Lösung können Jake und Nog die Baseballkarte für Benjamin Sisko besorgen. ({{DS9|Die Karte}})

2373 lädt Doktor Lewis Zimmerman Bashirs Eltern auf die Station Deep Space 9 ein, damit Zimmerman soviel wie möglich Informationen über Julian Bashir bekommt. Dabei kommt auch herrausheraus, dass diese für die genetische Aufwertung ihres Sohnes verantwortlich sind. Um seinen Sohn zu schützen, damit dieser nicht aus der Sternenflotte entlassen wird, nimmt Richard Bashir die gesamte Schuld, für die genetische Aufwertung seines Sohnes auf sich. Richard Bashir kommt darauf für einige Monate in eine Strafkolonie. Nach diesen Ereignissen versöhnt sich Julian Bashir wieder mit seinen Eltern. ({{DS9|Dr. Bashirs Geheimnis}})