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Einige Wochen später kommt es infolge einer Zeitreise der [[USS Defiant (NX-74205)|USS ''Defiant'']] zu einer [[Tribble]]flut an Bord von Deep Space 9. Jones ist einer der vielen Sternenflottenoffiziere auf dem Promenadendeck, die von den pelzigen Tieren umzingelt sind und hält dabei zwei Tribbles in den Händen. ({{DS9|Immer die Last mit den Tribbles}})
In diesem Jahr befindet sich Jones an Bord der USS ''Defiant'', als diese an der [[Schlacht von Sektor 001]] gegen einen [[Borg-Kubus]] teilnimmt. Während der Schlacht nahe der Erde verliert die ''Defiant'' ihre [[Lebenserhaltungssystem]]e und die Situation erscheint aussichtslos. Allerdings trifft kurz darauf die [[USS Enterprise (NCC-1701-E)|USS ''Enterprise''-E]] unter dem Kommando von Captain Picard im [[Sektor 001]] ein, die woraufhin Jones und die anderen Offiziere von der ''Defiant'' an Bord der ''Enterprise'' beamengebeamt werden. Nachdem die ''Enterprise'' -E einer [[Borg-Sphäre]] durch einen [[Zeitwirbel]] in das Jahr [[2063]] folgt, ist Jones teil eines Außenteams, das von Captain Picard persönlich angeführt wird. Der Landetrupp versucht dabei Doktor [[Zefram Cochrane]], den Erfinder des [[Warpantrieb]]s, in [[Bozeman]], [[Montana]] zu finden, da die [[Stadt]] kurz zuvor von der Borg-Sphäre angegriffen wurde. Schließlich kann er lebend gefunden werden und Jones ist Teil eines Technikerteams der ''Enterprise''-E, dass ihn bei der Reparatur der ''[[Phoenix]]'' unterstützt. Als Cochrane später erfährt, dass er in der Zukunft verehrt wird und es sogar eine [[Statue]] von ihm gibt, wird es ihm zuviel und er macht sich aus dem Staub. Daraufhin versuchen unter anderem Riker, La Forge, Jones und [[Kellogg]], Zefram Cochrane wieder aufzuspüren. Es gelingt ihnen, ihn in den Wäldern zu finden, doch er versucht weiterhin seinen Verfolgern zu entkommen. Erst mit Hilfe eines Phasers kann er aufgehalten werden. Cochrane kann nun doch überzeugt werden, den Start der ''Phoenix'' durchzuführen. Nachdem die Crew der ''Enterprise'' die Borg aufgehalten und Zefram Cochrane bei seinem Warpflug geholfen hat, erzeugen sie mit dem [[Deflektorschüssel|Deflektorsystem]] der ''Enterprise'' einen ähnlichen Zeitwirbel, um wieder in das Jahr 2373 zurück zu gelangen. ({{film|8}})
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