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Schon kurz darauf vermittelt er erfolgreich zwischen [[Vulkanier]]n und [[Andorianer]]n, die um einen Planeten im Grenzgebiet stritten und verhinderte so eine Eskalation der Situation, die mit Sicherheit zum Kriegsausbruch geführt hätte. Dabei half ihm sein persönlicher Kontakt zu den beiden Stellvertretern der beiden Völker, [[Shran]] und [[Soval]]. ''([[ENT]]: "[[Waffenstillstand]]")''
Wenige Monate später werden er und sein Verteidiger vor einem [[Klingone|klingonischen]] Gericht zu einer lebenslangen Freiheitsstrafe in der Strafkolonie auf [[Rura Penthe]] verurteilt. Durch eine Rettungsoperation der ''Enterprise'' unter Leitung von [[Lieutenant]] [[Malcolm Reed]] kehrt er jedoch zurück und kann weiterhin seinen Dienst versehen. ''([[ENT]]: [[Das Urteil (ENT)|Das Urteil]])''
Nach einem Angriff der [[Xindi]] auf die Erde, bei dem sieben Millionen Menschen ihr Leben verloren, begaben sich Archer und seine Crew in die [[Delphische Ausdehnung]], um einem weiteren Angriff, der die gesamte Menschheit vernichten sollte, zuvorzukommen (''[[ENT]]: "[[Die Ausdehnung]]"'').