Als Katholiken musste Doohans Familie aus dem protestantischen Belfast fliehen. In Kanada wurde er dann zum Kriegsdienst eingezogen und in den Niederlanden stationiert, wo er es bis zum Hauptmann (Captain) gebracht hat. Ferner war Doohan Soldat in einer Kompanie der Alliierten bei der Landung in der Normandie, auch bekannt unter dem Begriff D-Day. Ein deutscher Schütze schoss ihm einen Mittelfinger ab, er bekam auch mehrere Einschüsse in Bein und Brust. Der Umstand, dass er ein silbernes Zigarettenetui in der Brusttasche hatte, rettete ihm wohl das Leben.